genome.fa.s2344.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2344
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  384062

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6796--6981	50	3.7	50	83	2	221	27	16	15	40	1.88
7297--7338	21	2.0	20	82	13	50	14	28	16	40	1.88
9369--9441	28	2.6	28	95	0	128	23	27	20	28	1.99
9398--9769	79	4.7	79	81	4	412	29	25	12	31	1.93
9319--9520	107	1.9	107	86	0	287	26	26	16	30	1.97
13207--13271	33	2.0	33	87	6	96	33	18	12	35	1.88
13301--13358	19	3.0	20	85	7	84	34	17	15	32	1.91
13342--13367	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22073--22130	19	3.0	20	85	7	84	34	17	15	32	1.91
22114--22138	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22095--22160	33	2.0	32	88	2	96	36	15	16	31	1.90
22217--22268	20	2.6	20	96	0	95	40	19	9	30	1.83
23700--23737	20	1.9	20	94	0	67	44	21	13	21	1.85
27250--27355	3	35.3	3	94	0	149	32	5	0	61	1.26
28766--28838	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
28766--28860	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
28899--28924	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
31137--31181	21	2.1	21	84	8	56	53	4	17	24	1.62
32984--33014	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
35036--35113	20	3.6	21	73	15	70	28	14	14	43	1.83
35102--35139	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
36958--37088	66	2.0	66	100	0	262	38	7	30	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37650--37722	20	3.6	20	78	10	94	34	13	20	31	1.92
37650--37744	41	2.3	42	94	1	165	38	12	18	29	1.88
37783--37808	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
44937--44983	20	2.3	20	88	0	67	68	0	12	19	1.21
46251--46417	91	1.8	92	83	6	223	35	9	22	32	1.87
46459--46613	85	1.8	84	81	1	193	34	10	21	33	1.88
49370--49421	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
50304--50339	17	2.1	17	100	0	72	25	44	11	19	1.83
52975--53037	19	3.6	19	76	24	84	36	19	15	28	1.92
52993--53050	13	4.0	13	76	23	62	37	17	15	29	1.90
52975--53070	32	3.0	32	95	1	165	38	18	14	28	1.90
55269--55313	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
57116--57146	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
59225--59250	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
61770--61821	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
62704--62739	17	2.1	17	100	0	72	25	44	11	19	1.83
72012--72075	32	2.0	33	87	3	94	29	12	18	39	1.88
74619--74656	13	2.9	13	88	0	58	36	15	15	31	1.90
78549--78593	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
78538--78593	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
79176--79209	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
80792--80862	19	4.0	18	69	25	53	28	12	21	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86859--86888	14	2.1	14	93	0	51	13	43	26	16	1.85
88115--88278	32	5.2	32	78	8	149	31	27	17	23	1.97
93862--94231	79	4.7	79	79	7	408	32	12	26	28	1.93
93851--94231	158	2.4	158	84	3	498	32	12	26	28	1.93
94175--94232	29	1.9	30	89	10	91	29	15	31	24	1.95
94746--94802	20	2.8	20	97	0	105	29	17	10	42	1.83
98949--98989	20	2.2	19	86	8	57	46	19	9	24	1.80
99062--99113	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
103161--103191	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
105402--105447	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
107071--107154	39	2.2	39	100	0	168	27	4	23	44	1.73
113111--113136	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
119447--119493	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
121933--121970	20	1.9	20	100	0	76	44	13	10	31	1.77
127939--128006	11	6.5	11	72	14	54	83	11	2	1	0.82
127943--128003	28	2.1	29	87	3	88	81	13	3	1	0.88
127939--128006	10	6.6	10	76	8	66	83	11	2	1	0.82
129230--129714	28	16.9	28	85	5	544	29	29	17	22	1.97
129230--129714	229	2.1	230	88	2	715	29	29	17	22	1.97
134003--134038	13	2.8	13	95	0	63	33	13	19	33	1.91
140257--140282	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
142498--142542	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146454--146479	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
149015--149040	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
150132--150199	33	2.1	33	86	2	93	30	14	17	36	1.90
150253--150316	20	3.5	20	70	27	70	29	14	18	37	1.90
150271--150332	13	5.2	13	74	18	55	33	14	17	33	1.90
150253--150325	33	2.2	33	97	0	137	30	13	19	36	1.90
150700--151069	79	4.7	78	81	6	377	31	13	25	28	1.93
150755--151052	158	1.9	159	87	2	438	33	12	24	28	1.92
154698--154756	29	2.0	31	90	6	95	33	15	25	25	1.95
154674--154867	80	2.5	78	85	4	264	35	11	24	27	1.91
160618--160814	79	2.5	78	80	5	184	44	13	13	28	1.81
163939--163988	21	2.4	21	96	0	91	26	8	28	38	1.84
163881--164051	93	1.8	92	85	8	240	26	11	18	43	1.83
165503--165529	12	2.2	12	100	0	54	22	33	0	44	1.53
167132--167169	13	2.9	13	88	0	58	34	13	15	36	1.87
167197--167268	20	3.7	19	76	12	74	38	15	15	30	1.88
167364--167415	19	2.7	18	78	18	52	34	9	5	50	1.59
171708--171976	106	2.5	106	80	3	283	23	13	30	32	1.93
171924--172062	72	2.0	72	81	5	167	28	12	27	31	1.92
174426--174518	36	2.8	32	80	11	98	29	24	13	32	1.94
174886--174938	20	2.7	20	100	0	106	39	18	11	30	1.86
174980--175023	20	2.2	20	87	0	61	34	20	11	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175083--175132	19	2.5	20	90	3	75	38	14	16	32	1.88
175201--175256	20	2.8	20	91	0	85	35	17	10	35	1.85
175262--175305	22	2.1	21	87	8	63	38	9	9	43	1.68
177266--177320	20	2.8	20	100	0	110	38	18	10	32	1.85
177306--177359	20	2.7	21	80	8	67	40	18	14	25	1.89
179385--179445	21	3.0	20	81	11	70	21	21	1	55	1.52
180501--180544	22	2.1	21	87	8	63	38	11	6	43	1.67
182790--182863	30	2.5	30	88	0	103	25	18	18	36	1.94
185876--185926	10	5.1	10	76	7	50	84	3	9	1	0.83
187128--187949	62	13.4	62	84	3	921	24	25	19	30	1.98
187932--188373	41	10.5	42	72	14	279	20	26	13	40	1.89
187958--188373	169	2.5	168	86	5	551	19	26	13	41	1.88
187932--188401	86	5.7	87	76	10	393	20	26	13	39	1.90
188969--189042	30	2.5	30	100	0	148	29	16	16	37	1.90
189027--189083	20	2.8	21	86	7	91	29	19	10	40	1.85
191494--191564	28	2.5	28	97	0	133	22	30	19	26	1.98
191439--191641	107	1.9	107	82	6	259	28	25	16	30	1.96
191521--191896	79	4.8	78	82	3	450	28	25	14	32	1.94
191520--191899	158	2.4	158	85	4	525	28	24	14	32	1.94
192616--192674	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
192954--192979	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
192934--192997	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195536--195573	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
197655--197685	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
199488--199532	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
201414--201472	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
201752--201777	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
201732--201795	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
209315--209423	3	36.3	3	94	0	155	32	5	0	61	1.25
221150--221201	13	4.0	13	97	0	95	30	17	15	36	1.91
226108--226148	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
226188--226258	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86

Tables:   1   2   3