genome.fa.s2345.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2345
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  147438

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743--3309	158	16.2	156	64	12	674	31	18	14	35	1.91
2--3809	475	8.1	475	91	1	5837	31	18	15	35	1.91
2--3809	949	4.0	945	93	1	6157	31	18	15	35	1.91
4557--4582	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6957--7002	22	2.2	21	75	24	53	43	4	17	34	1.69
7125--7163	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
7149--7227	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
11076--11120	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
13334--13359	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
13742--15870	475	4.5	476	88	1	3168	30	19	14	35	1.92
13772--15868	158	13.3	158	66	13	666	30	19	15	34	1.92
13742--15870	951	2.2	944	90	1	3356	30	19	14	35	1.92
19297--19346	18	2.8	18	77	17	50	6	40	4	50	1.46
19327--19412	24	3.8	24	70	17	76	11	44	2	41	1.53
19314--19421	42	2.6	42	89	0	162	10	43	1	44	1.48
19319--19388	18	3.6	18	68	20	50	10	42	2	44	1.52
21794--33867	158	76.4	157	65	12	1513	31	18	14	34	1.92
21030--33922	949	13.6	949	97	0	23524	31	18	14	35	1.92
21395--33921	475	26.4	474	90	0	19493	31	18	14	34	1.92
37210--37234	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
43070--43128	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
43412--43437	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43906--45114	158	7.6	157	66	9	556	31	18	14	34	1.92
46017--46042	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
46416--48508	475	4.4	473	91	1	3247	30	18	14	35	1.92
46738--48364	158	10.3	158	65	13	392	30	18	15	35	1.92
50126--50200	12	6.8	11	79	15	68	41	0	45	13	1.43
50145--50205	9	6.1	9	78	17	59	44	0	42	13	1.43
50126--50229	42	2.5	42	93	0	172	42	0	44	12	1.49
55327--57398	158	13.1	159	64	15	460	31	18	14	35	1.91
55457--57089	159	10.3	157	65	13	486	30	17	14	36	1.91
55184--71354	476	34.0	476	95	0	26983	31	19	15	33	1.93
55184--71354	951	17.0	951	95	0	26974	31	19	15	33	1.93
72023--72062	20	2.1	19	90	4	62	35	7	15	42	1.75
72116--72141	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
72843--72886	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
76795--76825	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
78629--78673	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
80763--98569	474	37.6	474	95	1	31101	31	19	15	33	1.93
80763--98569	950	18.8	948	95	1	31046	31	19	15	33	1.93
92573--92627	28	2.0	28	100	0	110	23	3	25	47	1.68
98722--99672	476	2.0	475	95	0	1697	32	19	14	33	1.92
99825--103635	475	8.0	475	95	0	6621	32	19	15	33	1.93
99825--103635	951	4.0	950	94	0	6675	32	19	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99862--103352	158	22.1	156	64	15	412	31	19	15	33	1.93
104356--106435	475	4.4	475	93	1	3453	32	19	15	33	1.93
106911--111943	689	7.3	689	97	0	9411	32	18	15	32	1.93
102968--105010	689	3.0	689	96	0	3650	32	19	15	32	1.93
111289--113370	475	4.4	475	93	0	3519	32	19	15	33	1.93
113191--113582	212	1.8	214	84	5	544	33	18	14	33	1.91
113613--114252	157	4.1	155	66	15	331	31	19	15	33	1.93
113392--114533	474	2.4	475	91	1	1855	32	19	15	33	1.93
114354--114745	212	1.8	214	84	5	544	33	18	14	32	1.91
114568--115692	474	2.4	475	91	2	1787	32	19	15	33	1.93
115937--116579	158	4.1	158	64	14	359	31	19	16	33	1.93
115731--116860	475	2.4	475	92	2	1849	31	19	15	33	1.93
116882--118498	475	3.4	475	93	1	2715	31	19	15	33	1.93
118319--118710	212	1.8	214	84	5	544	33	18	14	33	1.91
118520--119657	474	2.4	475	91	2	1822	32	19	15	33	1.92
119696--120825	475	2.4	475	91	2	1849	31	19	15	33	1.93
121809--122200	212	1.8	214	84	6	537	34	18	14	33	1.91
121321--126119	689	7.0	689	97	0	8930	32	18	15	32	1.92
123876--124267	212	1.8	214	84	6	537	34	18	14	33	1.91
125674--126315	158	4.1	155	66	14	342	31	18	16	33	1.93
126417--126808	212	1.8	214	84	5	544	33	18	14	33	1.91
125929--127970	689	3.0	688	95	1	3632	32	19	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127106--127497	212	1.8	214	85	5	562	33	18	15	32	1.92
127307--131260	473	8.3	473	97	0	7133	31	18	15	33	1.92
128909--130968	158	13.1	155	64	15	425	31	19	15	33	1.92
131285--132888	477	3.4	475	89	2	2507	31	18	15	34	1.92
134006--134087	28	2.9	29	83	3	96	25	15	32	25	1.96
134070--134292	52	4.3	51	82	6	259	31	11	26	30	1.92
134070--134292	105	2.1	103	84	3	277	31	11	26	30	1.92
134278--134350	27	2.6	28	87	6	96	24	20	30	24	1.99
136767--136792	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
136746--136812	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
136832--136899	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
136854--136878	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136835--136897	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
137722--138435	55	13.0	55	87	5	1016	21	19	29	28	1.98
139446--139515	1	70.0	1	76	0	50	0	7	7	85	0.73
139446--139515	13	5.5	12	78	17	70	0	7	7	85	0.73
139429--139515	41	2.2	40	83	8	106	0	10	6	82	0.83
139431--139515	38	2.2	40	81	12	97	0	10	5	83	0.80
139446--139515	25	2.9	23	81	8	77	0	7	7	85	0.73
139462--139515	20	2.7	19	83	8	72	0	7	5	87	0.68

Tables:   1

The End!