genome.fa.s2356.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2356
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  118393

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5851--5876	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14667--14729	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
14686--14743	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
14665--14742	32	2.4	32	97	0	147	34	14	17	33	1.90
22661--22694	14	2.3	15	90	5	52	85	14	0	0	0.60
23019--23085	9	7.6	9	82	14	86	89	10	0	0	0.48
23022--23085	8	7.8	8	83	13	85	89	10	0	0	0.50
23019--23085	18	3.7	18	90	5	100	89	10	0	0	0.48
23017--23091	27	2.9	25	86	9	105	88	10	1	0	0.59
23017--23085	26	2.6	27	93	4	115	88	11	0	0	0.52
23019--23091	1	73.0	1	77	0	74	89	9	1	0	0.56
24035--24413	62	6.0	62	77	13	319	23	30	13	32	1.94
24035--24501	33	14.7	32	77	12	317	22	30	14	31	1.94
24415--24562	27	5.2	26	80	12	143	20	34	14	30	1.93
24388--24535	61	2.4	61	89	1	235	20	35	14	30	1.92
24359--24596	88	2.6	88	85	7	293	19	34	14	31	1.92
24664--25650	92	10.6	95	88	5	1047	26	23	17	32	1.96
30701--30831	50	2.7	50	81	2	158	31	16	25	27	1.96
30859--30953	29	3.3	29	78	10	106	16	16	32	33	1.92
30959--31153	27	6.2	32	75	18	133	34	12	32	20	1.89
31020--31177	34	4.8	34	78	12	168	33	13	29	22	1.93
30960--31142	62	3.0	61	92	4	289	32	12	33	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31020--31213	96	2.0	97	83	3	248	32	13	29	23	1.94
31157--31243	28	3.1	28	83	3	120	20	17	28	33	1.95
32665--32712	11	4.3	11	84	5	69	0	14	0	85	0.60
32648--32712	10	6.1	10	79	13	58	0	10	4	84	0.75
32658--32711	23	2.5	22	85	8	74	0	12	1	85	0.69
47859--48487	61	10.4	61	82	5	668	26	24	17	31	1.97
49122--49213	30	3.4	30	66	27	96	26	19	15	39	1.91
49100--49214	50	2.3	49	90	3	185	26	20	13	40	1.89
49100--49234	50	2.7	50	84	6	184	25	20	14	40	1.90
49689--49854	43	3.9	43	85	0	199	36	19	28	15	1.92
49931--50053	44	2.8	44	82	7	151	43	17	18	20	1.88
50373--50694	92	3.5	92	84	6	372	28	13	29	28	1.94
52933--52958	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
53895--53933	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
57247--57726	79	6.1	79	78	8	379	27	22	12	37	1.91
57245--57727	158	3.1	158	79	7	509	27	22	13	37	1.91
58747--58831	44	1.9	44	83	9	111	48	11	17	22	1.80
58800--58973	87	2.0	88	82	5	210	44	16	17	22	1.87
58807--59008	88	2.3	87	78	7	205	45	15	15	23	1.84
59956--60045	36	2.6	35	82	8	96	8	20	2	68	1.27
60023--60053	9	3.4	9	90	0	53	0	12	0	87	0.55
62168--62222	23	2.4	23	75	3	58	61	3	3	30	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63527--64476	155	6.1	154	77	8	720	38	20	17	23	1.93
63494--64371	311	2.8	307	77	8	733	38	20	16	23	1.92
63472--64475	156	6.5	154	77	5	624	38	20	16	23	1.92
70205--70272	24	2.9	23	78	8	73	79	14	2	2	0.97
70234--70272	13	2.8	14	88	7	53	82	17	0	0	0.68
70214--70272	25	2.4	25	80	8	75	79	16	1	1	0.89
70516--70573	18	3.4	16	81	11	62	82	12	5	0	0.82
70530--70568	9	4.2	9	93	6	69	87	12	0	0	0.55
70530--70568	19	2.1	18	95	4	69	87	12	0	0	0.55
70530--70580	11	4.5	11	80	11	50	84	13	1	0	0.71
71577--72076	30	15.7	30	78	8	334	23	28	15	32	1.95
71771--71930	32	4.7	36	83	13	180	20	32	12	35	1.90
71575--72286	34	22.1	33	81	10	394	21	29	14	34	1.93
72222--72274	27	2.0	27	92	0	88	22	32	15	30	1.94
72370--72437	21	3.2	21	66	25	61	25	25	19	30	1.98
72365--72428	22	3.0	22	64	27	55	25	23	21	29	1.99
72337--73005	92	7.0	92	89	5	946	25	24	18	30	1.98
72337--73005	49	14.1	49	84	7	826	25	24	18	30	1.98
72337--73005	189	3.5	188	88	7	992	25	24	18	30	1.98
72651--72719	21	3.2	21	64	18	52	26	26	18	28	1.98
73750--73817	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
73752--73814	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73771--73795	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
79243--79372	41	3.1	41	64	8	93	42	12	25	20	1.86
79168--79929	168	4.5	166	80	3	654	44	12	24	18	1.84
79198--79807	84	7.3	84	68	8	278	44	12	24	19	1.84
79194--79810	336	1.8	335	83	3	819	44	12	23	19	1.84
79163--79890	335	2.2	333	80	4	836	44	12	24	18	1.84
79975--80092	42	2.8	42	78	5	112	31	19	32	16	1.94
83560--83613	20	2.7	20	88	2	72	38	12	16	31	1.87
83659--83736	20	3.8	20	75	12	68	32	14	12	41	1.83
87462--87503	19	2.2	19	100	0	84	38	42	4	14	1.66
91832--91952	52	2.3	52	91	0	206	28	16	18	36	1.92
91832--91972	52	2.7	52	83	4	178	29	16	19	34	1.93
91961--91985	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92027--92093	33	2.0	33	85	0	89	40	11	11	35	1.79
93828--93866	19	2.1	19	100	0	78	23	0	20	56	1.42
96395--96598	97	2.1	97	81	4	245	37	13	20	28	1.91
96377--96622	94	2.6	94	79	5	251	38	13	21	27	1.90
110172--110296	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
110172--110316	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
110305--110329	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
110358--110420	33	1.9	33	86	0	90	42	14	9	33	1.78
111298--111363	22	3.0	22	62	33	52	28	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111307--111375	22	3.2	22	65	19	63	31	17	24	26	1.97
111293--111845	49	11.7	49	84	8	697	31	18	25	25	1.97
111284--111796	92	5.5	92	88	3	749	31	17	25	25	1.97
111845--111913	33	2.0	35	94	5	124	20	17	36	26	1.94
111919--112541	34	18.8	34	83	11	644	31	12	35	20	1.90
112051--112110	27	2.2	27	87	0	84	28	15	38	18	1.91
111952--112536	127	4.4	129	85	11	669	31	12	35	20	1.90
112178--112237	27	2.2	27	87	0	84	28	15	38	18	1.91
112533--112795	31	8.3	31	86	8	377	27	16	30	25	1.97
111919--112799	34	26.9	33	82	12	424	30	13	33	21	1.92
112533--112797	65	4.2	62	84	9	363	27	16	30	24	1.97
112455--112802	96	3.6	96	93	2	558	28	15	31	24	1.96

Tables:   1

The End!