genome.fa.s2371.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2371
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  121851

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
367--392	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
349--412	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2468--2508	13	3.2	13	100	0	82	39	17	14	29	1.89
2497--2561	20	3.6	20	65	26	63	27	15	10	46	1.79
2484--2574	33	2.8	33	96	0	173	30	15	12	41	1.83
2550--2587	13	2.9	13	92	0	58	34	18	13	34	1.89
2699--2744	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
3019--3061	20	2.1	20	82	4	50	20	44	25	9	1.81
4387--4473	39	2.3	39	76	11	90	39	5	22	32	1.78
5091--5116	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
5073--5136	32	2.0	33	87	3	94	40	15	15	28	1.88
5977--6320	62	5.6	62	84	2	406	24	23	18	33	1.97
5974--6304	122	2.7	124	85	2	425	24	23	19	32	1.98
6289--6637	42	8.5	41	70	13	191	18	24	14	41	1.88
6282--6498	85	2.6	86	78	8	230	17	26	13	42	1.87
6308--6636	85	4.0	84	71	12	214	17	24	13	43	1.86
9926--10098	79	2.2	80	80	6	183	26	26	15	31	1.96
11698--12039	155	2.2	157	80	5	381	39	14	14	31	1.86
12517--12805	157	1.8	157	84	5	397	40	10	15	34	1.81
13086--14232	158	7.3	157	72	8	729	39	10	17	33	1.83
14404--14444	20	2.0	20	90	0	64	36	17	17	29	1.92
15481--15826	156	2.2	156	80	12	379	39	12	16	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16267--16949	312	2.2	314	90	1	1088	38	11	14	34	1.83
16097--16859	156	4.9	159	75	12	598	38	11	15	34	1.83
16427--16970	156	3.5	153	73	14	484	38	11	14	35	1.82
17807--17835	15	2.0	15	93	6	51	41	17	13	27	1.87
20197--20222	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20178--20242	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
22453--22502	21	2.3	21	82	3	64	56	4	20	20	1.58
26520--26565	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
28963--29020	28	2.1	28	83	6	73	43	17	12	27	1.84
29773--33102	477	7.0	475	82	4	3500	36	13	17	31	1.89
33294--34131	419	2.0	420	82	3	1026	31	16	13	38	1.87
33716--37216	475	7.3	475	79	5	3521	31	17	13	37	1.89
35999--36072	37	2.0	37	86	0	103	33	22	5	37	1.77
37557--38431	453	1.9	454	85	3	1201	35	14	18	31	1.91
38199--38989	415	1.9	416	81	4	963	36	12	16	33	1.87
39736--39793	13	5.0	13	71	26	58	31	15	13	39	1.86
39747--39834	19	4.9	19	72	17	71	34	15	14	35	1.89
39717--39813	32	3.0	32	89	1	131	30	16	13	39	1.87
39879--39908	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
39864--39928	33	2.0	33	90	6	105	33	13	18	33	1.90
46218--46257	21	2.0	21	90	5	64	32	20	0	47	1.50
48581--48657	33	2.3	33	97	0	145	32	18	10	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48641--48697	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
48727--48789	33	1.9	33	87	6	92	33	11	19	36	1.87
51584--51637	28	1.9	28	85	7	74	24	12	16	46	1.82
53721--53763	20	2.1	20	86	4	59	11	27	44	16	1.82
54205--54243	13	3.0	13	92	0	60	35	17	17	28	1.94
58162--58226	33	2.0	33	84	6	87	27	13	15	43	1.85
59105--62536	476	7.3	474	86	3	3665	36	13	18	31	1.89
64179--64216	7	5.6	7	87	6	51	86	7	0	5	0.69
64180--64242	13	4.9	12	78	5	54	84	6	6	3	0.87
64179--64216	20	1.9	20	94	0	67	86	7	0	5	0.69
64186--64237	12	4.2	12	80	11	52	84	5	5	3	0.86
65209--65987	62	12.6	62	83	4	889	25	26	18	29	1.98
65207--65986	125	6.3	125	83	5	892	25	26	18	29	1.98
65984--66174	42	4.5	40	75	14	127	19	21	10	47	1.81
65963--66224	41	6.2	42	73	11	180	20	21	11	45	1.83
69136--69259	50	2.5	50	85	6	153	29	23	11	36	1.89
69198--69502	79	3.9	78	78	5	290	27	24	14	34	1.94
71321--71345	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
72708--76347	475	7.7	474	81	4	3987	32	18	13	36	1.89
72209--76347	951	4.4	948	82	4	4638	32	17	13	36	1.89
77103--77127	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77178--77215	20	1.9	20	94	0	67	42	15	15	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85864--85929	33	2.0	33	87	0	96	39	16	15	28	1.89
86221--90589	476	9.2	474	80	4	4561	31	18	13	36	1.90
90975--91261	159	1.8	158	79	8	341	32	16	13	36	1.89
91933--91972	19	2.1	19	95	0	71	57	20	17	5	1.58
90584--93117	476	5.3	470	79	7	2455	32	17	14	36	1.89
93259--94303	476	2.2	476	85	3	1385	32	18	13	36	1.89
94239--94360	62	2.0	62	83	0	154	33	18	14	33	1.91
95828--95891	33	1.9	33	87	6	94	31	17	14	37	1.89
95922--95974	19	2.7	21	88	8	76	41	16	15	26	1.88
100104--100153	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
104034--104058	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
104172--104214	20	2.2	19	84	16	52	30	18	6	44	1.76
105893--105983	39	2.3	40	79	9	105	37	5	23	34	1.78
112693--112757	33	2.0	33	87	6	96	32	16	13	36	1.89
112787--112840	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
113205--121851	476	18.3	474	81	5	8051	31	18	13	36	1.90
113222--121851	951	9.1	947	80	6	8153	31	18	13	36	1.90

Tables:   1

The End!