genome.fa.s2411.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2411
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  206453

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1832--1866	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
1832--1866	14	2.5	14	100	0	70	48	5	0	45	1.26
6512--6602	46	2.0	46	89	4	139	34	7	16	41	1.77
9495--9585	29	3.1	28	78	12	85	49	2	8	39	1.46
9505--9585	29	2.7	29	81	14	94	51	2	6	39	1.40
11064--11097	5	6.6	5	89	3	50	0	17	0	82	0.67
13399--13430	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
15052--15076	11	2.3	11	100	0	50	80	0	0	20	0.72
15247--15324	40	2.0	40	84	0	102	38	3	7	50	1.50
15789--15920	71	1.9	71	85	0	183	36	10	9	43	1.73
16671--16712	20	2.1	20	90	0	66	45	9	14	30	1.77
16766--16877	51	2.2	52	91	1	181	26	16	14	42	1.86
19012--19081	29	2.3	31	92	4	117	51	0	7	41	1.29
20336--20425	46	2.0	46	88	0	135	32	3	18	45	1.66
21702--21753	17	3.1	17	97	0	95	25	11	0	63	1.28
22590--22642	20	2.6	21	81	3	63	35	11	18	33	1.87
22679--22796	50	2.3	50	79	2	119	28	15	15	40	1.87
23787--23830	20	2.1	21	88	12	65	20	4	13	61	1.50
24407--24432	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
25057--25095	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
25651--25703	6	9.0	6	83	4	54	49	0	18	32	1.48
28172--28221	14	3.8	14	76	10	52	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29026--29057	15	2.1	15	100	0	64	28	6	25	40	1.79
33139--33172	12	2.8	12	87	12	52	2	8	2	85	0.80
35567--35637	30	2.3	32	90	4	110	49	0	8	42	1.33
35549--35637	32	2.8	30	84	6	106	52	0	8	38	1.33
37676--37764	46	1.9	46	88	0	133	34	4	17	42	1.70
38617--38651	17	2.1	17	88	0	52	25	14	0	60	1.35
44000--44052	20	2.6	21	81	3	63	35	11	18	33	1.87
44089--44206	50	2.3	50	80	2	128	29	15	14	40	1.86
45197--45239	20	2.1	21	87	8	63	23	4	11	60	1.50
45196--45250	17	3.1	17	79	10	56	30	5	9	54	1.54
46845--46882	19	2.0	19	100	0	76	36	36	10	15	1.82
47539--47582	19	2.1	22	88	12	67	20	4	15	59	1.54
47989--48027	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
49861--49896	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
50273--50311	6	6.5	6	81	0	51	51	2	15	30	1.57
52375--52411	2	18.5	2	88	0	56	48	5	0	45	1.25
53673--53702	7	4.3	7	100	0	60	70	0	16	13	1.18
57084--57171	46	1.9	46	88	0	131	34	6	17	42	1.75
59935--60025	29	3.1	28	78	12	85	49	2	8	39	1.46
59945--60025	29	2.7	29	81	14	94	51	2	6	39	1.40
61752--61984	50	4.6	50	91	1	358	28	19	21	30	1.97
66398--66630	50	4.6	50	91	1	358	28	18	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67253--67280	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
67594--67628	12	2.9	12	91	8	54	77	0	22	0	0.78
69002--69045	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
69952--70070	55	2.2	55	78	6	125	37	9	7	45	1.65
70452--70512	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
71417--71441	11	2.3	11	100	0	50	80	0	0	20	0.72
71613--71690	40	2.0	40	84	0	102	38	2	8	50	1.48
72159--72290	71	1.9	71	83	0	174	37	9	9	43	1.70
73041--73082	20	2.1	20	90	0	66	45	9	14	30	1.77
73136--73247	51	2.2	52	91	1	181	26	16	14	42	1.86
75383--75452	29	2.3	31	92	4	117	51	0	7	41	1.29
76673--76762	46	2.0	46	88	0	135	32	3	18	45	1.66
78045--78096	17	3.1	17	85	0	68	23	13	5	57	1.57
78948--79000	20	2.6	21	81	3	63	35	11	18	33	1.87
80147--80190	20	2.1	21	88	12	65	20	4	13	61	1.50
80773--80798	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
81426--81455	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
82007--82059	6	9.0	6	83	4	54	49	0	18	32	1.48
85374--85405	15	2.1	15	100	0	64	28	6	25	40	1.79
89489--89525	13	2.8	13	87	0	56	2	8	2	86	0.76
91937--92006	29	2.3	31	90	4	108	52	0	7	40	1.29
93274--93405	71	1.9	71	88	1	203	37	9	7	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95301--95369	32	2.4	27	70	22	68	46	0	0	53	1.00
99249--99278	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
99360--99551	84	2.3	84	81	3	217	24	16	30	28	1.97
99661--99692	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
99741--99795	2	27.5	2	100	0	110	0	49	0	50	1.00
99873--99922	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
101039--101063	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
100993--101174	89	2.0	89	97	0	346	37	11	6	43	1.67
101797--101843	24	2.0	24	83	8	60	48	0	0	51	1.00
102108--102143	19	1.9	19	88	5	56	25	0	2	72	0.98
102467--102498	17	1.9	16	93	6	55	37	0	0	62	0.95
102585--102619	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
104267--104302	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
104227--104276	25	2.0	25	96	0	91	30	4	16	50	1.63
104862--104886	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
106442--106485	12	3.0	16	75	25	60	45	0	6	47	1.29
106961--107178	34	6.5	34	85	5	282	40	27	7	24	1.82
106959--107178	67	3.3	67	88	1	323	40	27	7	24	1.82
111252--111288	19	1.9	19	94	0	65	35	16	13	35	1.88
111593--111808	34	6.4	34	85	5	278	40	27	7	24	1.83
111591--111808	67	3.2	67	88	1	319	40	27	7	24	1.82
112978--113021	3	14.3	3	90	4	70	34	2	0	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113233--113286	2	27.0	2	88	0	54	40	1	7	50	1.41
113492--113774	34	8.4	34	87	1	401	25	8	26	39	1.84
113492--113774	134	2.1	135	91	2	462	25	8	26	39	1.84
118191--118475	34	8.5	34	87	1	405	25	8	26	39	1.84
118191--118475	134	2.1	135	91	1	466	25	8	26	39	1.84
120424--120448	13	1.9	13	100	0	50	76	8	8	8	1.18
120732--121116	105	3.7	105	90	1	601	18	20	36	24	1.95
125692--125730	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
128523--128561	20	1.9	21	84	5	53	35	7	0	56	1.28
128994--129154	84	1.9	84	84	0	214	23	16	29	29	1.96
129541--129566	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
131697--131737	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
133877--133957	29	2.8	28	74	10	74	48	0	8	43	1.34
134550--134593	18	2.3	20	85	14	67	40	0	0	59	0.98
134586--134627	20	2.2	19	95	4	75	57	2	0	40	1.12
134537--134623	43	2.0	43	82	4	104	45	1	1	51	1.16
134606--134702	35	2.7	36	75	4	97	44	2	1	52	1.19
134811--134862	21	2.5	21	85	14	72	40	3	3	51	1.38
135266--135293	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
136579--136619	20	2.0	20	85	4	55	43	2	0	53	1.13
136968--136998	13	2.5	13	94	5	55	29	0	6	64	1.18
138095--138124	5	5.8	5	96	4	51	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138982--139017	9	4.0	9	86	13	56	66	0	25	8	1.19
139494--139811	34	9.4	34	87	3	419	24	8	27	39	1.83
139494--139811	102	3.1	102	95	1	552	24	8	27	39	1.83
144222--144541	34	9.5	34	87	3	423	24	8	27	39	1.83
144222--144541	102	3.2	102	95	1	556	24	8	27	39	1.83
145194--145218	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
147652--147699	20	2.4	21	86	6	64	39	0	0	60	0.97
155907--155939	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
156580--156628	22	2.2	23	85	10	66	30	4	4	61	1.33
156477--156742	136	1.9	137	91	3	439	37	7	5	48	1.55

Tables:   1   2