genome.fa.s244.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold244
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  271570

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273--366	16	5.9	16	70	16	79	53	2	0	44	1.12
270--356	22	4.1	22	69	18	67	54	2	0	43	1.13
403--454	17	2.9	17	80	8	59	57	1	0	40	1.10
8411--8447	19	1.9	19	94	0	65	64	16	10	8	1.47
9299--9493	69	2.8	72	80	4	261	34	8	19	37	1.83
10952--11008	28	2.0	28	83	6	71	12	12	1	73	1.17
19764--19845	41	2.0	41	100	0	164	26	19	21	31	1.97
20870--20926	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
21973--22029	2	28.5	2	85	0	51	40	1	10	47	1.48
23270--23311	19	2.3	19	88	8	61	71	0	0	28	0.86
24870--24907	2	19.0	2	94	0	67	2	47	0	50	1.15
24862--24909	14	3.4	15	83	13	66	6	43	0	50	1.27
29236--29277	17	2.5	17	80	7	50	69	0	11	19	1.19
29703--29734	10	3.2	10	95	0	55	9	6	9	75	1.20
29720--29765	15	3.1	15	81	6	58	17	8	6	67	1.39
35356--36565	302	4.0	302	94	1	2095	34	15	7	41	1.77
38140--38210	30	2.5	29	86	11	94	50	0	1	47	1.09
38145--38215	28	2.5	29	82	13	94	49	0	0	50	1.00
40310--40363	25	2.2	25	84	15	69	50	0	1	48	1.11
42258--42285	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
43038--43093	22	2.5	22	76	2	58	32	5	8	53	1.55
46909--46982	28	2.6	28	86	0	94	21	20	33	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46933--47013	28	2.9	29	83	8	96	23	18	33	24	1.97
46996--47218	52	4.3	51	81	6	241	32	12	25	30	1.92
46996--47218	105	2.1	103	82	3	259	32	12	25	30	1.92
47201--47273	27	2.6	28	83	14	98	20	20	34	24	1.97
49749--49774	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
49728--49794	33	2.0	33	85	0	89	41	16	14	26	1.87
49814--49879	19	3.8	18	77	22	79	34	15	12	37	1.84
49836--49861	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
49817--49879	32	2.0	32	93	6	110	34	15	12	36	1.86
50128--50171	21	2.1	21	86	0	61	27	6	6	59	1.49
50232--50271	21	1.9	21	89	0	62	27	12	0	60	1.33
53166--53209	24	1.9	22	86	9	61	31	0	0	68	0.90
54550--54574	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
56218--56260	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
57509--57539	15	2.1	15	100	0	62	35	6	19	38	1.77
57543--57596	27	2.0	27	100	0	108	44	0	14	40	1.46
58438--59110	154	4.4	153	74	10	527	27	13	18	41	1.87
60385--60433	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
62128--62223	44	2.4	39	72	23	90	50	0	1	48	1.07
62892--62917	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
68476--68545	6	11.3	6	74	19	56	62	2	0	34	1.10
68444--68540	11	9.5	11	67	18	66	59	2	0	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68712--68769	25	2.3	25	88	5	82	41	0	0	58	0.98
68728--68769	14	3.2	14	77	19	54	45	0	0	54	0.99
68713--68753	20	2.0	22	90	9	68	41	0	0	58	0.98
70360--70390	13	2.4	13	100	0	62	12	9	22	54	1.67
71539--71578	19	2.1	19	85	4	53	40	7	2	50	1.44
77854--77879	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
80115--80159	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
81963--81993	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
84053--84090	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
84211--84257	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
84213--84255	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
86639--86664	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
93461--93489	11	2.5	12	88	11	51	68	0	0	31	0.89
108448--108518	20	3.5	20	78	0	79	33	11	12	42	1.79
108487--108524	20	1.9	20	100	0	76	31	13	10	44	1.77
116549--116582	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
116959--117012	20	2.6	22	75	21	62	55	1	0	42	1.10
120098--120141	2	22.0	2	90	0	70	50	4	0	45	1.22
124284--124342	31	1.9	31	86	6	84	50	5	6	37	1.51
124329--124376	22	2.3	20	75	7	51	54	0	2	43	1.12
124405--124438	17	1.9	18	88	5	52	52	2	5	38	1.41
125029--125102	15	4.4	17	74	16	66	50	1	0	48	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125026--125063	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
125054--125091	13	2.9	13	77	14	51	44	2	0	52	1.14
125118--125184	25	2.6	25	79	13	66	43	2	8	44	1.50
125274--125307	18	1.9	17	88	5	50	55	5	0	38	1.24
125476--125519	24	1.9	22	81	9	52	45	0	0	54	0.99
127807--127927	62	2.0	62	88	0	179	29	13	11	45	1.78
129043--129104	30	2.1	30	100	0	124	41	22	3	32	1.70
130318--130355	17	2.3	17	86	4	51	39	2	0	57	1.12
130502--131332	368	2.3	359	82	8	1017	41	5	6	46	1.51
130513--131332	183	4.5	178	75	9	684	42	5	6	46	1.51
131255--131315	21	2.8	22	80	11	81	57	0	1	40	1.08
131762--131808	14	3.4	14	81	0	67	55	0	2	42	1.12
132348--132407	25	2.4	25	80	2	75	63	3	6	26	1.35
132681--132726	25	1.9	25	86	8	69	56	0	2	41	1.11
133601--133743	37	3.7	39	77	12	125	48	7	2	41	1.43
133607--133947	20	17.4	20	64	20	98	49	6	2	41	1.43
133653--133908	87	2.9	87	79	11	247	49	6	2	41	1.43
133634--133978	126	2.7	130	81	9	370	48	6	3	41	1.46
133833--133947	59	2.0	58	91	1	185	52	5	2	40	1.38
133748--133947	39	4.9	39	76	11	143	50	5	3	41	1.41
139115--139165	21	2.3	23	83	12	63	41	3	0	54	1.19
139810--139866	22	2.5	22	75	8	53	38	10	1	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139817--139896	26	3.2	26	73	18	80	33	13	2	50	1.56
139821--139897	24	3.2	23	74	16	75	36	12	2	48	1.56
144701--144731	15	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
144718--144764	12	4.0	12	75	5	51	55	0	2	42	1.12
144711--144758	23	2.2	21	92	7	78	52	0	0	47	1.00
144711--144828	53	2.2	53	78	10	125	47	0	2	50	1.14
144762--144809	20	2.6	18	86	6	60	43	0	4	52	1.20
144764--144809	18	2.4	20	85	7	60	43	0	4	52	1.21
148217--148306	45	2.0	45	95	4	164	44	7	5	42	1.56
148685--148709	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
149481--149507	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
154377--154436	29	2.0	30	84	9	79	23	21	6	48	1.74
158996--159047	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
160212--160242	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
160845--160898	17	3.3	17	74	25	62	59	0	0	40	0.98
161619--161649	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
163051--163107	28	2.2	26	84	9	71	42	7	7	43	1.58
164171--164219	25	2.0	25	84	8	64	24	0	8	67	1.18
164697--164768	29	2.5	27	72	16	65	26	13	13	45	1.81
166371--166420	21	2.4	21	83	3	66	42	16	14	28	1.86
166481--166506	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166461--166528	33	2.1	32	89	8	102	35	17	13	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172438--172463	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
172713--172754	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
174412--174478	22	3.0	21	89	8	98	35	0	26	37	1.57
175034--175058	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
175140--175211	20	3.7	20	94	1	119	38	22	11	27	1.88
179967--180591	330	1.9	322	79	6	704	38	12	12	36	1.81
183403--183514	55	1.9	57	89	8	174	47	10	17	24	1.79
183585--183648	25	2.7	23	81	9	74	12	3	9	75	1.16
183602--183648	9	5.3	9	82	12	53	14	2	8	74	1.15
183589--183637	16	3.2	16	82	5	66	12	2	10	75	1.13

Tables:   1   2