genome.fa.s2456.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2456
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  193328

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46--85	2	20.5	2	84	5	55	52	0	2	45	1.14
916--952	2	18.5	2	88	0	56	43	0	0	56	0.99
1259--1510	124	2.0	124	90	2	391	42	7	9	40	1.65
2671--2741	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
2712--2847	53	2.5	53	85	1	200	36	18	17	27	1.94
2871--2901	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2889--2944	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
4403--4427	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
5726--5756	16	1.9	16	100	0	62	0	25	0	74	0.82
5876--5921	24	1.9	24	82	8	58	21	0	15	63	1.31
5999--6106	35	3.3	35	71	19	113	23	0	14	62	1.32
6011--6106	20	4.6	20	72	10	84	23	0	14	61	1.33
5963--6053	20	4.9	18	70	16	62	30	0	14	54	1.40
6029--6086	29	2.0	29	86	6	82	25	0	10	63	1.26
7040--7078	2	20.0	2	89	5	62	53	0	0	46	1.00
7638--7684	6	7.7	6	78	21	53	48	0	0	51	1.00
8346--8386	18	2.3	18	91	8	66	63	0	0	36	0.95
9088--9114	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
9386--9421	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
11042--11088	22	2.1	23	96	4	87	70	8	17	4	1.29
13294--13320	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
13306--13361	19	2.8	21	86	8	80	33	14	17	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15172--15197	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
15875--15918	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
20969--21009	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
21043--21101	20	2.9	21	82	10	77	40	15	15	28	1.87
21214--21268	21	2.5	22	91	5	94	29	25	10	34	1.90
21345--21370	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
25302--25327	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
39606--39880	40	6.9	39	71	9	144	48	13	20	17	1.81
39755--39937	79	2.3	80	81	7	228	48	12	22	16	1.79
40071--40239	40	4.2	39	72	16	114	46	12	23	17	1.82
41683--41863	79	2.3	79	83	7	242	31	13	27	27	1.94
41799--41915	51	2.3	51	85	2	146	30	14	24	29	1.95
41848--42318	79	6.0	81	79	7	418	34	13	23	29	1.93
41695--42073	209	1.8	209	85	4	532	32	13	24	29	1.94
41848--42322	159	3.0	156	81	6	544	34	13	22	29	1.92
41847--42311	238	2.0	238	83	7	588	33	13	23	29	1.93
45373--45467	41	2.3	42	85	1	120	37	13	26	22	1.91
45450--45643	59	3.2	59	78	6	196	26	20	26	26	1.99
46621--46681	18	3.4	18	86	2	79	1	3	6	88	0.67
46621--46694	25	2.7	27	83	12	89	5	2	6	85	0.83
46621--46681	1	61.0	1	76	0	59	1	3	6	88	0.67
53132--53158	14	1.9	14	100	0	54	14	7	51	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56024--56596	61	9.8	61	85	4	520	27	20	26	26	1.99
56074--56620	55	9.6	55	85	6	496	27	20	25	26	1.99
57684--57736	11	4.7	11	81	4	52	0	7	7	84	0.76
61941--62006	20	3.7	20	69	26	74	25	18	16	39	1.91
61943--62038	33	2.9	33	93	4	160	28	16	14	40	1.88
62009--62141	20	6.6	19	70	16	72	34	15	17	33	1.91
65134--65332	79	2.5	79	77	8	208	36	12	22	29	1.91
65275--65381	51	2.1	51	82	6	128	38	12	20	28	1.89
65190--65541	130	2.7	130	82	3	422	35	12	22	30	1.91
65400--65512	50	2.2	51	84	1	147	32	10	23	32	1.89
65302--65574	129	2.1	130	82	4	329	36	11	22	29	1.89
68023--68077	20	2.8	20	97	0	101	45	7	14	32	1.72
67926--68056	50	2.6	50	84	2	165	42	14	14	28	1.85
69028--69076	24	2.0	24	100	0	98	34	16	8	40	1.78
73445--73628	67	2.7	67	81	1	226	44	11	19	24	1.84
75813--75865	26	2.0	26	85	7	72	28	28	7	35	1.84
75865--76180	80	4.0	80	80	5	325	27	28	11	32	1.92
75865--76180	160	2.0	160	80	5	361	27	28	11	32	1.92
79373--79402	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
79350--79418	33	2.1	33	88	0	102	33	20	13	33	1.91
79447--79493	20	2.4	20	89	3	78	34	14	19	31	1.92
86680--86713	9	3.8	9	88	0	50	29	26	0	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88886--88928	18	2.4	18	84	0	59	32	18	13	34	1.90
90237--90261	12	2.1	12	100	0	50	40	0	28	32	1.57
94816--94852	13	2.8	13	87	0	56	35	18	10	35	1.86
97301--97327	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
97282--97346	32	2.0	32	90	3	103	26	16	18	38	1.92
97312--97367	19	2.8	20	91	2	87	28	16	19	35	1.93
97425--97467	20	2.2	20	91	0	68	32	9	16	41	1.80
97396--97495	33	3.0	33	89	5	141	36	12	17	35	1.86
101292--101366	20	3.8	20	78	0	69	34	10	12	42	1.77
103589--103819	97	2.4	96	89	2	345	28	28	11	31	1.92
109670--109835	20	7.8	20	75	14	152	42	12	14	30	1.83
109619--109846	91	2.5	92	93	0	386	42	11	16	28	1.83
110602--111709	28	38.0	28	82	5	919	23	18	28	29	1.98
110999--111703	32	23.7	31	84	7	513	21	19	28	31	1.97
111719--112143	27	15.6	27	87	5	552	28	14	33	23	1.94
111749--112144	82	4.8	82	93	0	614	28	13	33	23	1.93
111719--112143	55	7.8	54	87	4	577	28	14	33	23	1.94
112694--112805	49	2.3	50	90	1	172	29	18	12	39	1.88
115287--115357	28	2.6	27	86	8	90	23	30	18	26	1.97
115311--115644	79	4.3	78	81	4	334	27	25	14	32	1.94
116246--116311	33	2.0	33	88	5	98	33	15	10	40	1.81
125104--125184	39	2.1	39	95	0	144	25	35	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125729--125863	20	6.6	20	78	4	135	38	14	19	28	1.90
125747--125863	21	5.7	21	79	4	148	40	12	18	28	1.88
125729--125863	41	3.3	41	98	0	261	38	14	19	28	1.90
128125--128169	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
132077--132114	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
134567--134660	20	4.6	20	80	4	98	38	13	19	28	1.90
134585--134660	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
134567--134660	41	2.3	41	98	0	179	38	13	19	28	1.90
134699--134724	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
140978--141016	12	3.2	12	86	10	53	10	0	5	84	0.76
141814--142320	252	2.0	253	98	0	980	32	23	21	22	1.98
153270--153418	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
153407--153431	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
153451--153517	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
153473--153497	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
154577--154630	9	5.9	9	76	10	56	87	11	1	0	0.63
154577--154631	18	3.4	17	75	17	62	87	10	1	0	0.63
154579--154631	14	3.6	14	84	5	70	86	11	1	0	0.64
154577--154630	23	2.4	22	85	14	74	87	11	1	0	0.63
154577--154620	11	4.0	11	88	8	63	88	11	0	0	0.51
155727--155890	55	2.9	54	83	7	157	26	26	20	26	1.99
155728--156140	61	6.9	61	85	5	468	25	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156737--156805	30	2.3	30	87	2	104	26	15	18	39	1.91
159159--159255	51	1.9	51	87	4	142	30	20	11	37	1.88
159239--159293	28	2.0	28	96	0	101	21	29	18	30	1.97
159267--159550	158	1.8	157	85	5	403	26	26	14	32	1.95
159271--159596	79	4.1	80	80	7	319	27	25	13	33	1.93
166297--166322	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166277--166340	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
166277--166340	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
166464--166505	21	2.0	21	86	9	59	40	9	11	38	1.75
168118--168142	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2