genome.fa.s249.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold249
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  858763

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710389--710419	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
712496--712533	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
712644--712689	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
715038--715096	13	4.0	13	73	26	55	42	15	13	28	1.85
715052--715116	20	3.6	20	73	26	81	44	15	12	27	1.82
715020--715116	33	3.0	33	93	1	160	42	15	13	28	1.85
719028--719174	52	2.8	51	90	4	231	27	18	17	36	1.94
719195--719279	19	4.7	19	79	18	101	37	16	11	34	1.85
719233--719257	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
719214--719277	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
725634--725678	21	2.1	21	83	0	54	42	24	0	33	1.55
729218--729261	2	22.0	2	100	0	88	0	0	50	50	1.00
729547--729623	40	1.9	39	82	12	95	50	1	0	48	1.09
729658--729814	35	4.4	33	68	16	107	54	1	0	43	1.13
729556--729830	115	2.4	113	86	5	362	54	2	1	42	1.20
729802--729859	22	2.5	24	80	8	75	63	5	3	27	1.31
729805--729856	23	2.3	23	86	3	70	67	5	3	23	1.29
729646--729854	110	1.9	110	85	5	289	54	2	1	42	1.22
730152--730513	123	2.9	124	83	10	472	41	2	1	54	1.21
731097--731300	91	2.2	93	86	6	288	41	7	16	33	1.77
731242--731360	57	2.1	58	91	1	195	37	10	21	31	1.86
731299--731830	91	5.9	91	83	6	588	40	9	17	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731299--731830	275	2.0	267	82	5	649	40	9	17	32	1.81
731761--732023	69	3.8	70	89	3	388	39	11	19	30	1.86
731971--732147	92	1.9	92	83	4	232	44	7	15	32	1.74
735595--735644	11	4.6	11	77	2	57	62	0	0	38	0.96
735851--735988	36	3.7	36	70	17	118	55	5	2	36	1.36
735418--735979	296	1.9	286	90	4	883	47	7	8	35	1.64
735903--735928	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
736566--736625	20	3.3	18	71	17	52	58	3	0	38	1.15
736453--736800	120	2.9	121	87	8	475	53	1	1	42	1.21
737093--737182	23	3.9	23	76	11	76	33	2	4	60	1.29
737093--737149	22	2.5	23	82	5	71	29	1	7	61	1.32
737122--737418	110	2.7	109	84	10	354	42	2	3	51	1.30
737321--737453	71	1.9	67	82	8	160	44	0	3	52	1.16
739047--739072	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
748734--748758	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
749285--749315	6	5.2	6	96	0	53	0	48	19	32	1.49
749819--749845	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
751370--751401	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
751509--751539	9	3.4	9	90	0	53	3	48	9	38	1.52
753262--753326	22	2.8	24	77	15	73	36	0	0	63	0.95
753262--753342	8	10.1	8	70	18	53	38	0	0	61	0.96
753262--753326	23	2.8	23	76	19	64	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754481--754532	23	2.2	24	89	3	79	28	0	1	69	0.99
754575--754624	11	4.5	11	83	11	57	30	2	0	68	1.01
754576--754612	6	6.5	6	84	9	51	27	2	0	70	1.01
754576--754624	17	3.0	17	82	11	50	30	2	0	67	1.02
754640--754734	27	3.6	26	74	5	75	38	1	1	58	1.12
754708--754804	38	2.5	38	83	6	115	26	2	4	67	1.20
755698--755743	19	2.3	21	81	7	60	34	0	0	65	0.93
755686--755742	26	2.2	26	90	0	87	29	0	1	68	1.00
757125--757391	116	2.3	112	77	8	245	38	8	9	43	1.68
757451--757510	28	2.1	30	84	6	79	48	1	0	50	1.11
762916--762944	5	5.8	5	100	0	58	37	0	0	62	0.96
763155--763180	5	5.2	5	100	0	52	0	80	0	19	0.71
772304--772557	126	2.0	128	81	8	295	32	5	6	55	1.48
775533--775568	15	2.4	15	85	0	54	52	8	5	33	1.55
778770--778813	16	2.8	16	82	0	52	11	6	27	54	1.61
778959--779026	16	4.2	16	75	14	59	44	0	2	52	1.16
778974--779012	20	2.0	19	90	5	60	48	0	0	51	1.00
780814--780854	21	2.0	21	90	4	66	48	4	4	41	1.46
782264--782326	31	2.0	31	100	0	126	34	6	12	46	1.68
784355--784401	3	16.0	3	77	4	51	2	38	0	59	1.09
785359--785400	2	22.0	2	90	9	70	50	0	0	50	1.00
785353--785400	16	2.9	17	90	6	73	50	0	2	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786002--786041	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
786185--786220	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
787583--787664	36	2.3	36	80	14	89	41	0	1	57	1.06
787584--787660	37	2.1	37	83	9	95	40	0	1	58	1.06
791277--791322	21	2.1	22	84	4	58	32	17	28	21	1.96
793201--793271	28	2.6	27	81	2	79	23	4	23	47	1.69
797149--797203	15	3.6	15	73	20	51	40	3	0	56	1.17
808905--808932	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
811237--811277	21	2.0	21	100	0	82	60	4	4	29	1.38
812715--812745	14	2.3	13	94	5	53	6	3	6	83	0.88
812800--812852	12	4.8	11	80	15	65	41	0	0	58	0.98
812799--812837	14	3.1	14	75	24	50	43	0	0	56	0.99
812799--812846	23	2.0	24	88	4	71	41	0	0	58	0.98
813004--813039	18	2.0	18	100	0	72	55	0	0	44	0.99
813239--813294	16	3.5	16	80	0	67	48	16	12	23	1.80
814072--814110	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
823767--823794	12	2.3	12	100	0	56	92	0	7	0	0.37
830487--830512	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
831018--831042	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
831516--831602	21	4.2	20	72	21	63	58	4	2	34	1.31
831521--831586	21	3.1	21	76	16	66	62	1	1	34	1.14
851643--851682	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851643--851685	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
852610--852661	12	4.5	11	79	11	59	73	1	0	25	0.94
852615--852658	23	1.9	23	95	0	79	72	2	0	25	0.96
853012--853082	7	10.0	7	77	17	67	0	16	0	83	0.66
853012--853072	23	2.6	24	85	12	83	0	16	0	83	0.64
853013--853081	14	4.9	14	86	12	88	0	15	0	84	0.63
855291--855380	13	6.9	13	74	20	64	0	0	53	46	1.00
855652--855687	9	4.1	9	92	7	65	11	0	33	55	1.35
853570--858301	7	672.3	7	79	14	3542	9	1	44	43	1.47
858302--858354	8	6.9	8	87	8	65	13	0	67	18	1.22
858320--858760	7	65.0	6	71	23	155	13	1	75	10	1.11
858302--858470	15	11.9	16	73	21	87	13	0	73	12	1.14
858304--858760	14	32.0	14	70	21	196	13	1	74	10	1.12
858330--858761	21	20.9	20	73	19	220	13	1	75	10	1.12
858385--858446	8	8.0	8	73	12	58	12	0	82	4	0.82
858388--858698	75	4.3	74	78	8	270	12	1	76	9	1.08
858388--858713	126	2.6	123	77	15	300	12	1	76	9	1.08
858371--858740	26	14.2	25	69	21	119	13	1	75	10	1.09

Tables:   1   2   3   4

The End!