genome.fa.s2495.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2495
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186439

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 144 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8482--8665	34	5.4	34	85	0	244	27	7	25	40	1.82
13053--13083	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
13404--13449	16	2.9	16	86	0	56	54	0	0	45	0.99
13407--13456	24	2.2	23	85	7	66	56	2	0	42	1.11
13397--13502	40	2.8	37	80	13	101	53	0	0	44	1.13
15302--15346	14	3.2	13	84	15	54	40	0	0	60	0.97
15289--15344	29	1.9	29	85	7	78	35	0	3	60	1.14
18975--19033	12	4.8	13	76	12	63	45	0	0	54	0.99
18975--19032	24	2.4	25	85	5	75	44	0	0	55	0.99
18990--19070	32	2.5	31	82	13	76	48	0	0	51	1.00
19010--19073	32	2.0	32	90	9	103	50	0	0	50	1.00
19051--19105	26	2.1	26	86	0	74	32	1	0	65	1.03
19010--19073	33	2.0	32	90	9	103	50	0	0	50	1.00
19635--19777	45	3.2	45	94	2	238	46	31	4	16	1.68
21540--21581	16	2.7	16	79	17	52	59	0	0	40	0.97
21540--21612	21	3.3	21	74	12	67	60	0	1	38	1.06
22267--22294	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
25836--25868	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
26804--26845	23	1.9	23	85	9	61	38	4	2	54	1.34
28061--28100	20	2.0	20	85	5	53	50	0	0	50	1.00
28615--28657	12	3.3	13	87	6	61	81	0	18	0	0.69
28992--29046	7	8.0	7	76	17	53	27	0	3	69	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28992--29031	15	2.7	15	92	3	64	27	0	5	67	1.11
29134--29176	20	2.2	19	91	4	68	20	0	0	79	0.74
29133--29176	14	3.2	14	80	3	54	20	0	0	79	0.73
30623--30680	21	3.0	19	77	18	57	51	0	0	48	1.00
30739--30805	13	5.1	13	69	3	53	62	1	0	35	1.04
31246--31300	2	27.5	2	92	0	74	0	45	5	49	1.25
36891--36919	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
36919--36950	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
37366--37416	10	5.1	11	70	29	51	37	0	0	62	0.95
37368--37416	15	3.3	15	75	21	50	38	0	0	61	0.96
37634--37693	26	2.2	26	82	8	66	38	3	1	56	1.26
38391--38421	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
38896--38966	18	3.9	18	76	7	56	38	0	2	59	1.12
47597--47633	2	18.5	2	88	0	56	2	2	45	48	1.30
52149--52175	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
52735--52764	15	2.0	15	93	0	51	10	20	50	20	1.76
55583--55627	15	3.0	15	87	6	56	13	20	46	20	1.83
57212--57243	2	16.5	2	93	6	57	0	50	0	50	1.00
61259--61312	23	2.4	23	87	3	74	50	3	1	44	1.30
61297--61374	16	4.9	16	70	16	63	51	1	0	47	1.09
61686--61767	25	3.2	24	78	11	76	45	0	0	54	0.99
61722--61772	24	2.0	26	88	7	79	45	1	0	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61772--61820	6	7.7	6	78	13	53	38	0	0	61	0.96
61780--61834	21	2.6	21	83	13	69	36	3	0	60	1.15
61959--61999	2	21.5	2	85	9	59	46	0	2	51	1.14
65093--65178	39	2.2	37	81	6	91	48	0	1	50	1.08
65155--65199	16	2.5	20	72	24	53	44	0	0	55	0.99
65166--65203	17	2.3	17	90	4	60	39	0	0	60	0.97
66375--66410	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
68101--68126	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68656--68708	26	2.1	25	89	3	79	37	0	3	58	1.16
70466--70542	21	3.8	21	74	17	74	55	0	0	44	0.99
70482--70625	53	2.7	53	85	3	191	51	1	1	45	1.18
70887--70937	20	2.5	20	81	9	59	58	0	1	39	1.09
71054--71083	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
72044--72078	14	2.3	16	90	9	56	42	0	11	45	1.40
79241--79267	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
80131--80157	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
82495--82584	43	2.1	43	93	2	155	40	3	2	54	1.29
82648--82738	21	4.4	21	72	14	82	51	8	5	34	1.56
82844--82906	21	3.0	20	86	6	90	46	6	9	38	1.62
82844--82920	21	3.5	22	84	7	77	46	5	7	40	1.55
83160--83209	23	2.1	23	81	7	55	26	0	8	66	1.19
83768--83825	20	2.8	21	84	5	91	65	3	5	25	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85184--85229	2	23.0	2	95	0	83	0	47	0	52	1.00
87980--88017	12	3.4	11	85	14	51	44	0	0	55	0.99
87980--88023	22	2.0	22	86	8	63	50	0	0	50	1.00
87952--88006	28	2.0	27	82	3	65	41	0	0	58	0.98
88484--88529	14	3.1	14	79	14	56	50	0	2	47	1.13
88487--88529	16	2.9	14	80	16	50	51	0	2	46	1.13
88489--88541	23	2.2	24	83	3	72	50	0	1	47	1.12
89111--89185	11	7.0	11	71	15	59	45	0	0	54	0.99
89103--89171	26	2.7	27	80	17	92	47	0	0	52	1.00
89099--89185	33	2.5	35	80	16	83	45	0	0	54	1.00
89113--89185	17	4.6	16	72	17	62	45	0	0	54	0.99
89218--89279	17	3.5	17	75	16	54	59	0	0	40	0.97
89611--89655	21	2.2	20	84	8	54	57	0	0	42	0.98
90026--90085	21	3.0	21	72	27	60	41	0	0	58	0.98
95357--95416	21	2.7	22	80	15	61	36	0	1	61	1.06
101130--101168	11	3.5	11	86	6	51	48	0	0	51	1.00
101825--101883	21	2.8	20	79	2	64	35	0	16	47	1.47
102440--102481	19	2.1	19	86	8	57	54	2	0	42	1.13
102463--102509	23	2.0	25	87	8	71	57	4	0	38	1.18
101867--102518	344	1.9	344	80	5	764	44	7	4	43	1.52
104145--104203	19	3.1	19	73	14	59	42	1	1	54	1.20
103721--104180	230	2.0	226	80	5	507	40	5	6	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104857--104917	28	2.1	29	87	6	88	62	0	0	37	0.96
104870--104913	20	2.1	21	83	4	54	65	0	0	34	0.93
107998--108023	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
116122--116151	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
117321--117374	17	3.3	17	69	25	53	55	1	1	40	1.21
118425--118619	97	2.0	97	96	0	363	44	6	11	37	1.66
124035--124059	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
124671--124709	6	6.5	6	93	0	69	79	2	0	17	0.84
124871--124928	6	9.7	6	88	0	71	48	8	1	41	1.44
124871--124928	24	2.4	24	94	0	98	48	8	1	41	1.44
124871--124928	18	3.2	18	87	0	80	48	8	1	41	1.44
125306--125521	112	1.9	112	89	1	335	28	17	26	27	1.97
126758--126842	29	2.8	31	75	12	79	55	0	1	43	1.07
126774--126820	22	2.0	25	84	16	64	53	0	2	44	1.12
126758--126842	32	2.8	31	82	8	95	55	0	1	43	1.07
129682--129983	147	2.0	146	81	7	351	48	5	5	39	1.51
130460--130501	15	2.9	14	83	13	50	64	2	0	33	1.07
130407--130494	21	4.4	20	67	16	67	59	2	0	38	1.10
131085--131167	38	2.2	36	79	12	87	39	0	1	59	1.05
132298--132335	14	2.9	14	84	11	53	44	0	0	55	0.99
134420--134459	15	2.5	17	88	8	57	77	0	0	22	0.77
134772--134817	21	2.2	21	84	0	56	56	10	0	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137365--137402	20	1.9	20	84	10	51	36	0	5	57	1.21
137983--138027	18	2.5	19	85	7	58	28	0	0	71	0.87
138356--138408	21	2.6	21	87	3	72	52	0	5	41	1.25
138362--138423	20	3.0	20	86	6	72	58	0	3	38	1.15
138558--138601	18	2.4	18	88	7	63	54	0	0	45	0.99
140582--140667	33	2.5	32	80	14	93	41	0	1	56	1.06
140969--141011	14	3.1	14	86	6	61	41	0	0	58	0.98
140920--141012	32	2.8	32	73	12	91	41	0	0	58	0.98
142479--142535	25	2.2	25	90	9	89	56	0	0	43	0.99
143468--143525	21	2.7	21	83	2	71	44	0	22	32	1.53

Tables:   1   2