genome.fa.s2505.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2505
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  232574

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360--2440	33	2.4	33	85	2	108	38	27	8	25	1.85
9943--9996	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
10025--10072	20	2.5	20	89	3	71	33	18	16	31	1.94
10776--10801	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
10758--10821	32	2.0	33	87	3	94	40	17	12	29	1.86
16956--16993	13	2.9	13	96	0	67	31	18	15	34	1.92
18094--18174	39	2.0	40	86	6	112	33	4	27	34	1.78
21610--21648	21	1.9	21	89	5	62	46	0	20	33	1.51
21774--21813	13	3.1	13	88	0	62	42	20	12	25	1.86
21846--21883	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
22943--23400	79	5.8	78	79	10	414	34	13	23	28	1.92
22943--23400	158	2.9	157	77	7	469	34	13	23	28	1.92
22978--23400	159	2.7	158	78	7	401	35	13	23	27	1.92
23335--23452	51	2.3	51	88	0	173	29	11	27	31	1.91
23254--23530	130	2.1	130	84	4	353	34	12	24	28	1.92
25824--25943	62	1.9	63	89	5	190	41	16	13	28	1.86
26034--26580	272	2.0	272	99	0	1085	31	23	17	27	1.97
26804--27182	45	8.8	42	74	11	288	41	12	24	21	1.87
26834--27043	83	2.4	89	80	9	240	42	11	23	22	1.85
26936--27183	89	2.8	89	82	6	254	43	12	25	18	1.85
27174--27909	61	12.1	61	84	5	893	30	18	26	25	1.98
27174--27909	245	3.0	243	88	2	1036	30	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27174--27903	184	4.0	184	85	5	923	30	18	25	25	1.98
29003--29069	8	8.5	8	73	14	50	0	8	7	83	0.81
42890--42998	54	2.0	55	94	1	193	37	17	13	31	1.89
43618--43728	55	2.0	55	98	0	213	38	18	13	29	1.89
46537--46571	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
48245--48298	19	2.8	19	82	2	63	38	14	14	31	1.87
48269--48317	19	2.5	19	80	3	53	48	14	8	28	1.72
48842--48866	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
49033--49088	11	4.8	12	75	20	55	66	1	1	30	1.12
49033--49088	6	9.5	6	79	14	55	66	1	1	30	1.12
50387--57405	474	14.8	476	84	2	8494	36	14	18	30	1.91
50387--57405	950	7.4	949	84	3	8333	36	14	18	30	1.91
58178--58203	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
58158--58221	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
58892--58968	40	2.0	40	97	2	147	36	24	5	33	1.78
60804--60841	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
67274--68418	158	7.2	158	67	10	482	35	14	18	31	1.91
66954--68094	158	7.2	153	68	11	520	35	13	18	31	1.91
66954--68422	473	3.1	472	91	1	2361	35	14	18	31	1.91
68799--68967	51	3.5	50	69	17	151	28	15	12	43	1.84
68851--69036	20	8.8	20	70	14	95	31	14	11	43	1.81
68771--69018	91	2.7	91	90	1	399	29	15	12	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68859--69128	111	2.4	111	85	2	328	30	15	11	42	1.83
68941--69126	40	4.9	39	67	18	113	30	13	11	43	1.81
68985--69038	20	2.7	20	97	0	99	31	14	7	46	1.73
68962--69178	91	2.4	92	85	2	231	28	16	11	43	1.83
68983--69129	20	6.8	20	72	18	98	28	15	11	44	1.82
68892--69129	111	2.1	111	89	0	368	29	15	11	43	1.82
69003--69178	92	1.9	91	91	1	289	26	16	11	44	1.82
83010--83076	24	2.8	24	84	8	82	83	10	4	1	0.85
83011--83053	18	2.4	18	88	0	68	88	9	2	0	0.60
84298--84815	94	5.8	87	81	7	372	30	27	18	23	1.97
84298--84815	62	8.7	56	79	8	310	30	27	18	23	1.97
84496--84815	84	3.7	83	83	6	336	29	28	18	24	1.98
84294--84815	32	17.6	28	84	6	332	30	27	18	23	1.97
84881--85015	49	2.8	49	89	4	218	20	28	20	31	1.97
85602--85676	20	3.8	20	76	0	78	32	13	13	41	1.83
85743--85799	20	2.8	20	94	0	96	29	19	10	40	1.85
85643--85779	50	2.7	51	87	2	204	28	17	10	43	1.81
85695--85848	72	2.2	72	88	2	222	26	16	11	45	1.81
85622--85848	121	1.9	123	87	1	341	28	17	11	43	1.83
89017--98977	475	21.0	472	82	4	10824	36	14	18	30	1.91
102305--102343	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
102329--102407	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106254--106298	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
108512--108537	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
108576--108628	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
108923--113088	476	8.8	474	83	3	4997	36	14	17	31	1.90
108923--118613	159	61.2	158	64	14	1401	36	14	18	30	1.90
112770--113390	324	1.9	321	83	3	798	36	13	16	32	1.89
112294--113888	800	2.0	799	84	3	2053	37	14	17	31	1.89
113091--117503	476	9.3	476	82	4	4807	36	14	18	30	1.91
113093--117503	951	4.6	951	82	4	4968	36	14	18	30	1.91
117371--117661	156	1.9	156	89	1	458	34	13	19	32	1.91
116922--118134	630	1.9	629	86	2	1747	36	14	18	30	1.91
117373--118192	156	5.2	156	69	13	423	35	14	18	31	1.90
117508--120508	474	6.2	476	76	7	2649	36	14	18	30	1.91
117073--118360	630	2.0	629	82	5	1476	36	13	17	31	1.90
122217--122242	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
122198--122260	33	1.9	33	87	6	92	41	12	14	31	1.83
124464--124515	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
124441--124508	21	3.2	21	74	15	61	57	4	13	25	1.54
126310--126340	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
128553--128598	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
130271--130351	39	2.0	40	86	6	112	33	4	27	34	1.78
130798--130996	91	2.2	91	100	0	398	39	14	16	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131088--131114	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
133587--134686	159	6.9	160	67	14	475	35	13	17	33	1.90
132948--134687	474	3.7	473	84	4	2236	36	14	17	31	1.90
135800--136964	587	2.0	571	86	3	1596	36	15	19	28	1.92
137901--138082	99	1.9	94	91	7	296	11	26	15	46	1.80
139576--139793	62	3.5	60	76	4	195	38	15	22	23	1.92
139866--139955	32	2.9	30	86	8	117	20	17	30	32	1.95
139936--140619	61	11.3	62	82	6	665	30	18	24	26	1.98
140612--140683	29	2.5	29	77	8	85	20	15	30	33	1.94
141572--141604	7	4.7	7	88	11	50	0	9	3	87	0.63
141572--141605	13	2.5	14	90	4	52	0	8	2	88	0.62
141875--141966	23	4.2	21	74	13	62	6	11	10	70	1.33
141897--141966	23	3.1	22	79	8	70	7	11	8	72	1.27
142230--147465	476	11.0	478	82	4	5815	36	14	17	31	1.90
142230--147475	951	5.5	946	83	3	6115	36	14	17	31	1.90
147044--147848	426	1.9	425	85	2	1123	35	15	18	31	1.91
147469--148567	475	2.3	478	84	3	1397	37	14	17	30	1.90
148576--152614	475	8.5	473	83	5	4407	37	14	17	30	1.90
149730--152609	474	6.1	476	84	3	3391	36	14	18	30	1.90
152620--152854	130	1.8	130	86	6	341	34	17	15	32	1.91
151961--153368	758	1.9	755	87	2	2054	36	14	17	30	1.91
152718--157900	476	10.9	475	78	7	3777	36	14	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153854--154088	130	1.8	130	86	6	341	34	17	15	32	1.91
154936--155224	152	1.9	150	82	6	361	33	15	18	32	1.92
155751--156896	159	7.3	157	67	12	443	37	14	17	30	1.89
155088--157900	475	5.9	474	83	5	3259	37	14	17	30	1.90
160719--160770	27	2.0	26	84	3	68	25	30	15	28	1.96
170468--170515	24	2.0	24	95	0	87	27	20	20	31	1.98
172951--173172	63	3.5	65	67	18	182	34	15	18	32	1.92
172913--173108	61	3.2	61	66	18	152	36	14	16	32	1.90
172913--173171	124	2.1	124	95	0	464	35	15	17	32	1.91
173160--173184	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2