genome.fa.s252.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold252
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  304253

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1249--1279	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
3082--3126	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
5345--5370	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5983--6038	28	2.0	27	83	10	69	44	1	0	53	1.11
6853--6914	29	2.1	29	81	0	70	19	20	4	54	1.62
8264--8330	20	3.3	20	73	8	73	31	14	23	29	1.95
10667--10707	20	2.0	20	100	0	82	29	9	19	41	1.83
17089--17115	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
18113--18162	15	3.3	15	74	2	55	56	0	0	44	0.99
18372--18408	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
19794--19827	17	2.0	17	88	0	50	14	8	26	50	1.72
19964--20008	22	2.0	23	82	4	56	40	6	4	48	1.49
28753--28782	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
29565--29590	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29547--29611	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
35758--35796	13	2.9	14	80	3	53	28	17	12	41	1.87
38338--38363	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
38320--38384	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
47261--47344	42	2.0	42	100	0	168	33	14	30	21	1.93
49060--49094	15	2.3	15	90	0	52	45	2	2	48	1.32
50112--50212	46	2.2	46	94	1	177	48	8	19	22	1.77
50275--50346	35	2.1	34	84	7	92	61	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50316--50370	19	2.9	18	78	8	56	58	0	0	41	0.98
50333--50401	16	4.3	16	77	12	70	52	0	0	47	1.00
50348--50399	14	3.4	15	76	19	54	50	0	0	50	1.00
50329--50416	33	2.7	33	77	10	92	52	0	0	47	1.00
50338--50407	18	4.1	18	69	14	58	52	0	0	47	1.00
51707--51740	17	2.1	17	94	5	61	14	0	0	85	0.60
59024--59106	31	2.6	31	81	10	98	42	2	1	54	1.21
68916--69057	39	3.7	39	77	6	119	42	7	12	38	1.70
69111--69458	165	2.1	167	81	6	395	41	7	19	31	1.80
69554--69726	92	1.9	92	85	2	240	43	5	18	32	1.72
82243--82297	20	2.8	20	94	0	101	47	14	12	25	1.80
82282--82309	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
82360--82433	19	3.8	19	85	5	94	32	17	12	37	1.87
82362--82411	19	2.6	19	100	0	100	36	20	12	32	1.89
83146--83867	52	14.7	49	76	8	513	32	16	25	25	1.96
83146--83867	101	7.3	100	78	9	615	32	16	25	25	1.96
83439--83611	87	2.0	87	94	0	301	28	19	25	26	1.98
83658--83867	98	2.1	102	84	7	268	36	15	22	25	1.93
83887--84067	27	6.2	30	74	15	123	22	12	34	29	1.91
83961--84387	34	13.8	32	76	17	204	31	11	33	23	1.90
83995--84312	27	10.7	27	77	18	226	29	11	35	23	1.90
83954--84199	61	4.1	60	74	19	226	30	10	34	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83932--84071	30	4.6	30	74	15	128	25	13	33	27	1.93
83995--84346	122	2.9	118	82	10	403	29	11	35	23	1.90
84015--84346	61	5.4	61	79	14	346	31	11	34	22	1.90
83954--84291	91	3.7	95	90	5	377	31	10	34	22	1.89
86103--86147	21	2.1	21	91	0	72	33	20	4	42	1.72
86484--86550	33	2.0	33	85	5	91	26	14	31	26	1.95
87865--87914	21	2.4	21	80	9	59	50	0	20	30	1.49
88033--88057	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
92587--92629	3	14.3	3	95	0	77	30	34	0	34	1.58
94313--94368	19	2.9	19	86	2	76	37	16	16	30	1.90
94353--94392	13	3.1	13	100	0	80	40	15	15	30	1.87
97796--97842	4	12.2	4	84	8	62	0	21	0	78	0.75
97781--97842	15	4.2	15	85	2	81	0	20	0	79	0.74
97796--97850	19	3.0	19	86	5	78	0	21	0	78	0.76
97788--97852	15	4.4	15	83	11	64	0	23	0	76	0.78
98562--98611	24	2.0	25	81	14	59	62	10	0	28	1.27
98433--98763	73	4.5	72	79	4	349	53	13	2	30	1.52
98430--98763	147	2.3	146	84	4	422	52	14	2	30	1.52
98433--98813	73	5.2	72	76	9	289	54	13	2	30	1.51
98865--98914	23	2.1	25	82	14	61	58	8	0	34	1.28
104307--104331	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104798--104826	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105002--105043	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
105710--105738	14	2.1	14	93	6	51	6	10	6	75	1.17
106650--106685	17	2.1	17	100	0	72	47	5	11	36	1.63
110032--110105	28	2.7	28	89	6	116	20	32	22	24	1.98
110089--110206	51	2.3	51	88	0	173	29	26	11	32	1.92
110058--110393	130	2.6	129	79	7	410	27	25	12	34	1.92
116558--116949	55	6.9	55	79	9	358	28	26	18	27	1.98
116558--116953	117	3.5	110	79	8	337	28	26	18	26	1.98
116593--116955	172	2.1	172	91	0	582	28	25	18	26	1.98
116623--116952	55	5.9	56	83	6	371	29	25	19	25	1.98
116822--117096	149	1.8	148	85	4	383	28	25	19	26	1.99
116973--118019	61	17.3	61	81	8	1033	25	26	19	27	1.99
116994--118018	243	4.2	243	83	7	1210	25	26	19	28	1.99
117662--117719	26	2.2	26	81	0	62	24	29	20	25	1.99
119067--119132	20	3.3	19	83	12	80	30	15	10	43	1.80
121483--121557	28	2.7	29	89	4	109	21	33	20	25	1.97
121541--121659	51	2.3	51	78	5	125	30	24	11	33	1.91
121513--121816	129	2.4	130	81	5	330	28	24	12	34	1.91
125033--125227	94	2.1	95	84	4	261	27	24	11	36	1.89
125054--125263	97	2.2	94	83	4	251	27	22	10	40	1.86
126681--126915	35	6.7	36	69	10	130	34	7	19	38	1.80
126842--126929	35	2.5	35	81	7	106	35	6	20	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126896--126957	26	2.3	26	77	2	70	40	8	16	35	1.78
127598--127666	32	2.2	32	83	0	84	36	13	26	24	1.92
127606--127667	32	1.9	32	90	0	97	33	14	25	25	1.94
132253--132306	19	2.8	19	97	0	99	35	11	16	37	1.84
136141--136217	38	2.0	38	100	0	154	29	23	5	41	1.76
138064--138102	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
138163--138236	32	2.3	32	92	0	121	35	13	16	35	1.88
138163--138223	19	3.5	19	72	25	71	36	11	16	36	1.85
151185--151383	28	7.2	27	75	8	125	30	26	18	24	1.98
151184--151383	110	1.8	111	85	4	287	30	26	18	24	1.98
151332--151418	28	3.1	28	78	6	104	26	18	24	31	1.98
151255--151708	166	2.7	165	77	5	461	30	24	18	25	1.98
153470--153504	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
153866--153902	16	2.3	17	86	9	51	56	5	2	35	1.36
153925--154020	51	1.9	50	93	2	165	37	10	6	45	1.64
154436--154470	8	4.4	8	100	0	70	40	0	0	60	0.97
157734--157809	32	2.4	32	97	0	143	31	19	21	27	1.97
163041--163258	115	1.9	115	86	7	318	47	6	5	40	1.51
169628--169667	13	3.3	12	83	10	55	15	5	0	80	0.88
179017--179053	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
180576--180681	45	2.2	48	81	6	128	29	21	30	18	1.97
180714--181298	32	18.8	32	89	3	801	18	18	32	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181281--182020	27	27.0	27	93	2	1246	27	14	35	21	1.93
181281--182020	55	13.5	54	93	2	1246	27	14	35	21	1.93
181281--182020	82	9.0	81	94	1	1246	27	14	35	21	1.93
181979--182072	46	2.0	46	95	0	170	36	10	28	24	1.89
182040--182097	30	1.9	31	89	3	91	32	15	27	24	1.95
189446--189484	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
189864--189904	11	3.5	11	81	12	55	2	19	0	78	0.87
189864--189918	24	2.3	22	77	17	56	9	20	0	70	1.13
192319--195859	591	6.0	591	95	0	6313	37	13	21	27	1.91
196409--196433	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77

Tables:   1   2