genome.fa.s252.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold252
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  304253

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 206 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199803--199950	74	2.0	74	100	0	296	29	16	10	43	1.82
200031--200081	20	2.5	20	87	0	75	35	9	13	41	1.78
205126--205179	20	2.6	21	88	2	74	42	12	14	29	1.83
205224--205320	20	4.8	21	77	5	83	38	12	11	38	1.79
210321--210372	22	2.4	22	93	3	88	46	15	19	19	1.85
211052--211128	31	2.4	32	84	2	93	42	15	14	27	1.85
216994--217393	155	2.6	155	77	9	333	39	16	18	26	1.91
217250--217528	155	1.8	155	80	3	337	40	14	16	28	1.88
218182--218252	29	2.4	30	79	6	83	49	11	7	32	1.65
218842--218875	12	2.9	12	91	4	52	26	0	0	73	0.83
219025--219051	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
219292--219316	13	1.9	13	100	0	50	60	8	8	24	1.52
221774--221799	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
221754--221817	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
221890--221914	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
221872--221937	33	2.0	33	93	0	114	36	18	16	28	1.93
230571--230596	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
230551--230614	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
230669--230721	20	2.7	20	87	0	88	35	18	16	28	1.93
233993--234108	59	2.0	59	96	3	216	39	8	6	44	1.62
236451--236487	14	2.4	16	86	8	51	56	2	0	40	1.13
242316--242377	31	2.0	31	96	0	115	32	20	6	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242566--242598	2	16.5	2	93	0	57	0	0	45	54	0.99
251845--251875	16	2.0	15	93	6	53	38	9	0	51	1.35
253862--253901	20	2.0	20	95	4	73	35	10	15	40	1.80
253954--253979	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
254039--254111	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
254018--254111	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
254018--254093	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
254719--254825	53	2.0	53	98	0	205	33	25	5	35	1.79
256611--256649	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
256635--256713	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
258728--258758	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
262728--262767	20	2.0	20	95	4	73	35	10	15	40	1.80
262820--262845	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
262905--262977	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
262884--262977	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
262884--262959	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
265781--265954	71	2.5	71	96	1	314	34	16	17	32	1.92
265922--265994	20	3.7	20	80	9	87	30	16	17	35	1.92
266024--266088	33	2.0	33	84	0	85	36	13	15	33	1.87
266044--266068	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
266852--266915	33	1.9	33	90	6	103	29	18	14	37	1.90
271504--271567	18	3.7	17	76	21	62	78	3	12	6	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277950--278012	6	10.5	6	85	0	54	12	0	66	20	1.24
277949--277996	3	16.0	3	86	0	69	6	0	66	27	1.15
278319--278350	16	2.0	16	100	0	64	50	25	18	6	1.70
279701--279735	18	1.9	18	88	0	52	82	8	5	2	0.91
285590--286145	290	1.9	290	97	0	1049	32	33	13	20	1.92
287141--287184	24	1.9	23	86	9	63	70	11	11	6	1.33
287153--287199	16	3.1	16	79	17	55	70	10	14	4	1.31
288503--288929	27	15.6	27	90	3	631	24	33	14	28	1.94
288503--288929	82	5.2	82	89	3	628	24	33	14	28	1.94
288504--288929	137	3.1	136	90	4	660	24	33	14	28	1.94
288949--289445	32	16.4	28	85	9	291	30	30	18	19	1.96
289002--289534	32	17.2	32	86	4	602	31	30	17	20	1.96
289002--289450	94	4.9	92	88	6	578	30	31	18	19	1.95
290767--290813	20	2.3	20	85	0	58	74	2	21	2	1.03
293631--293660	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
294195--294463	71	3.8	72	73	11	250	34	1	9	54	1.42
294203--294463	142	1.8	143	84	4	357	34	1	9	54	1.41
294483--295537	71	14.7	73	73	11	636	53	11	3	31	1.53
295856--296106	71	3.5	71	76	13	228	56	10	0	32	1.40
296382--296911	73	7.4	72	76	9	460	53	11	3	31	1.52
296324--296636	144	2.2	145	82	9	374	55	12	2	29	1.51
296383--296800	144	2.9	144	80	10	386	54	12	2	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296906--297167	108	2.5	108	91	4	417	35	9	5	48	1.60
297556--297691	71	1.9	71	81	11	163	56	7	2	33	1.39
297014--298286	670	1.9	666	84	8	1726	39	7	7	45	1.59
298156--298204	25	2.0	24	88	4	71	53	0	6	40	1.26
298170--298422	137	1.8	137	81	10	320	57	6	3	32	1.42
298580--298647	23	3.0	23	75	14	77	64	7	0	27	1.20
298608--298872	143	1.8	143	80	7	322	56	9	3	31	1.47
298603--299215	72	8.7	72	72	12	375	53	10	3	32	1.51
299634--299894	71	3.8	69	79	11	227	56	8	2	32	1.43
299744--299873	32	3.9	32	70	16	84	56	7	3	33	1.43
300591--300651	28	2.1	28	84	3	77	60	4	1	32	1.28
301144--301379	68	3.4	69	70	11	198	55	10	1	31	1.44
301144--301407	139	1.9	139	85	6	365	55	10	1	32	1.44
301582--301646	19	3.4	19	70	6	51	53	9	1	35	1.42
301553--301611	24	2.5	22	86	8	73	62	5	0	32	1.17
301558--301624	22	3.0	23	74	23	70	59	5	0	34	1.22
301580--302159	72	8.2	72	73	14	365	53	9	3	32	1.51
302295--302385	33	2.7	34	77	8	105	37	13	3	46	1.59
302190--302453	107	2.5	105	82	7	302	36	10	5	47	1.61
302986--303042	25	2.3	24	82	8	71	61	7	1	29	1.32

Tables:   1   2

The End!