genome.fa.s2536.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2536
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  227166

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213--241	13	2.1	14	93	6	51	37	17	17	27	1.92
7158--7182	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7138--7202	33	2.0	33	85	11	89	35	16	13	33	1.89
7253--7277	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7406--7460	21	2.6	21	85	8	67	43	18	5	32	1.73
8204--8239	19	1.9	18	94	5	63	69	2	0	27	1.02
8306--8374	9	7.2	10	73	22	51	40	0	0	59	0.97
8330--8379	17	2.9	18	70	11	50	44	0	0	56	0.99
8313--8407	34	2.9	34	83	9	108	38	0	3	57	1.14
8849--8970	60	2.0	60	88	6	181	34	2	18	44	1.64
11359--11464	20	5.7	20	77	17	120	32	21	14	32	1.93
11379--11448	33	2.1	33	94	0	122	32	20	15	31	1.94
11358--11464	53	2.0	53	90	3	171	32	21	14	31	1.93
11494--11584	20	4.6	19	82	5	92	34	9	21	34	1.87
14227--14261	18	1.9	18	88	11	54	62	22	0	14	1.31
15500--15536	16	2.3	16	85	0	56	32	10	0	56	1.34
20341--20395	19	2.8	19	86	2	74	38	9	18	34	1.82
21690--22028	168	2.0	168	91	0	552	42	18	11	27	1.84
23549--23594	22	2.1	22	84	4	58	36	15	17	30	1.91
24897--24931	18	1.9	18	100	0	70	57	5	8	28	1.52
24898--24939	18	2.3	18	91	0	66	59	7	7	26	1.50
25461--25509	25	2.1	23	82	14	57	69	8	0	22	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29568--29694	52	2.4	52	96	0	227	28	17	18	36	1.93
29705--29729	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29751--29834	19	4.7	19	80	16	99	39	17	10	32	1.84
29746--29813	32	2.1	32	94	0	118	38	17	10	33	1.84
29770--29794	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30790--31380	43	12.9	43	80	11	633	29	18	27	24	1.98
30743--31380	92	6.9	92	94	1	1089	29	18	26	24	1.98
31378--31683	65	4.8	65	88	5	453	17	16	35	29	1.93
31378--31683	32	9.5	32	87	6	433	17	16	35	29	1.93
31378--31683	97	3.2	97	96	0	544	17	16	35	29	1.93
31690--32242	66	8.3	66	78	9	495	32	14	33	19	1.92
31703--32250	234	2.4	231	87	6	750	32	14	33	19	1.91
31685--32245	133	4.2	133	80	8	518	32	14	33	19	1.91
33515--33556	13	3.3	12	84	15	50	0	2	9	88	0.61
33515--33551	15	2.6	14	87	8	56	0	2	8	89	0.58
33526--33562	17	2.1	18	95	5	67	0	0	13	86	0.57
33522--33563	12	3.8	11	81	9	50	0	0	16	83	0.65
33521--33570	23	2.3	21	79	6	55	2	4	14	80	0.95
42333--42383	20	2.5	20	90	6	77	33	19	13	33	1.91
44883--44967	42	2.0	42	95	0	152	34	11	18	35	1.88
47683--47707	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
53730--53804	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53727--53804	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
54364--55496	28	39.5	28	84	5	1333	22	18	31	27	1.97
54308--55495	57	20.6	57	84	6	1285	23	18	30	28	1.97
56728--56777	1	50.0	1	79	0	55	0	2	8	90	0.54
56717--56777	14	4.4	13	80	19	70	1	3	8	86	0.73
70327--70401	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
70324--70401	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
74178--74234	19	2.9	19	86	2	78	31	15	19	33	1.93
74221--74318	43	2.3	43	100	0	196	34	20	14	30	1.92
74322--74418	13	8.4	13	69	25	83	34	13	16	36	1.88
74306--74439	33	4.1	33	90	1	198	34	12	17	35	1.88
74338--74438	20	5.8	20	65	29	77	34	11	17	35	1.87
82461--82502	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
83091--83147	19	2.9	19	84	2	78	35	15	14	35	1.88
83176--83229	20	2.7	20	80	5	65	35	12	16	35	1.87
84342--84395	22	2.5	21	82	11	65	35	5	11	48	1.62
86877--86938	29	2.1	30	87	3	90	35	8	19	37	1.81
88635--89018	153	2.5	153	83	5	483	39	16	14	29	1.88
91313--91355	22	2.0	21	81	9	50	53	2	6	37	1.41
91833--91992	66	2.5	66	76	2	153	40	13	22	24	1.89
92022--92196	66	2.7	66	88	3	194	47	15	18	18	1.83
92106--92209	34	3.2	34	72	15	101	45	15	19	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92022--92220	64	3.1	65	84	5	249	47	14	19	18	1.82
92692--92743	20	2.6	20	96	0	95	44	11	13	30	1.79
94734--94774	21	2.0	21	90	0	64	63	0	19	17	1.31
101300--101338	20	1.9	21	94	5	71	43	20	15	20	1.88
101328--101377	19	2.5	20	87	3	66	32	16	16	36	1.90
102251--102886	65	9.8	65	72	6	405	43	14	21	20	1.87
103967--104138	88	2.0	87	82	1	209	45	13	15	25	1.83
105861--105892	17	1.9	16	93	6	55	0	12	0	87	0.54
109891--109957	33	2.0	33	91	5	109	34	13	13	38	1.84
109912--109941	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
109986--110058	20	3.7	19	85	3	83	38	13	17	30	1.89
114348--114411	13	5.4	13	73	21	68	31	14	17	37	1.89
114333--114432	33	3.0	32	88	5	139	33	12	18	37	1.87
117353--117416	33	2.0	32	84	3	83	28	15	15	40	1.88
119643--119682	3	13.3	3	89	0	62	40	0	30	30	1.57
122580--122635	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
122694--122719	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124938--124982	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
126786--126816	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
128832--128911	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
128897--128935	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
129058--129100	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131353--131408	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
131467--131492	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
134484--134837	169	2.1	169	96	1	656	35	18	14	32	1.90
134747--134772	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
134842--134868	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
135419--135480	21	3.1	21	71	21	69	30	27	3	38	1.72
135418--135483	22	3.2	22	73	18	70	28	28	3	39	1.72
135427--135490	22	3.1	21	72	18	64	31	26	4	37	1.77
140986--141110	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
140986--141131	52	2.8	51	89	4	213	29	17	18	34	1.94
141150--141219	33	2.1	33	86	0	95	41	14	10	34	1.79
141175--141199	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
142080--142425	49	7.0	52	81	10	300	32	16	25	25	1.96
142143--142431	49	6.0	49	85	6	412	30	16	26	25	1.97
142143--143206	141	7.2	143	75	13	697	31	17	26	24	1.97
142440--143212	49	16.0	49	80	7	794	31	17	26	24	1.97
142497--143212	190	3.8	190	85	4	926	31	17	26	24	1.97
143205--143381	31	5.5	32	83	11	213	16	15	37	30	1.90
143212--143381	32	5.2	33	87	6	242	17	15	37	30	1.91
143383--143718	33	10.0	33	86	5	424	34	12	34	19	1.89
143383--143718	100	3.3	100	91	4	498	34	12	34	19	1.89
149381--149435	20	2.7	21	86	11	78	32	20	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149464--149520	20	2.8	20	82	7	71	35	19	15	29	1.93
149505--149544	13	3.1	13	100	0	80	40	15	15	30	1.87
149610--149658	16	3.1	16	70	5	55	61	0	20	18	1.35
155663--155712	20	2.5	20	93	0	82	30	16	10	44	1.80
156951--157456	31	16.2	31	75	14	303	23	29	13	33	1.93
156956--157202	93	2.7	92	84	5	338	25	28	14	30	1.95
157251--157391	27	4.8	27	82	10	138	19	32	13	34	1.90
157155--157453	92	3.2	91	81	11	329	22	30	13	34	1.92
157118--157484	33	11.6	33	77	13	267	22	29	13	34	1.92
157266--157474	67	3.3	67	82	9	213	20	32	11	35	1.88

Tables:   1   2