genome.fa.s257.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold257
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  204476

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 167 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3096--3425	61	5.4	61	88	6	467	26	28	19	26	1.99
3102--3424	121	2.7	119	89	5	495	26	27	19	26	1.99
3340--3523	99	1.9	98	94	4	325	27	29	17	25	1.98
3591--4463	350	2.5	351	93	3	1441	27	27	19	25	1.99
3439--4468	295	3.5	291	85	8	1225	26	28	19	25	1.99
4385--4660	103	2.8	100	87	8	363	23	27	18	30	1.98
4592--4782	57	3.3	59	81	10	234	25	27	20	26	1.99
4765--4897	42	3.2	41	77	14	139	21	28	12	38	1.89
5714--5974	27	9.1	27	82	13	319	46	6	30	16	1.73
5767--5887	62	2.0	62	96	0	224	46	6	30	16	1.73
5741--5974	89	2.7	89	97	1	445	46	6	30	16	1.73
5856--5974	62	1.9	61	94	1	211	45	6	31	16	1.74
7208--7331	53	2.4	50	82	12	144	29	25	13	31	1.94
7262--7569	79	3.9	79	93	0	483	26	25	15	32	1.95
14177--14236	22	2.6	22	80	15	59	36	0	1	61	1.06
16674--16968	143	2.1	143	97	0	554	38	6	7	47	1.57
17255--17310	17	3.4	17	75	9	62	23	8	7	60	1.51
21627--21664	2	19.0	2	94	0	67	52	0	47	0	1.00
24517--24548	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
25282--25324	21	2.0	22	90	4	70	58	0	4	37	1.19
26370--26412	22	2.0	22	86	9	61	51	18	9	20	1.74
26458--26519	32	1.9	32	83	0	79	50	20	14	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33637--33740	42	2.5	42	88	1	147	43	0	42	13	1.50
33680--33725	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
45896--45954	10	5.8	10	82	9	75	86	11	1	0	0.65
45896--45948	5	10.6	5	80	15	56	86	13	0	0	0.56
45896--45954	24	2.4	25	88	5	84	86	11	1	0	0.65
47031--48075	62	17.1	62	84	3	1183	25	25	19	29	1.98
47031--48075	123	8.6	123	83	3	1139	25	25	19	29	1.98
48152--48340	41	4.5	41	78	9	155	21	24	9	43	1.82
48241--48356	41	2.8	41	78	2	99	22	21	12	43	1.85
48975--49026	20	2.6	20	93	0	86	32	17	7	42	1.77
51366--51525	50	3.2	48	87	7	207	25	19	11	43	1.85
51481--51824	79	4.4	79	78	5	329	27	21	14	36	1.92
51481--51856	158	2.4	157	79	7	377	27	22	14	35	1.93
53085--53123	15	2.7	14	84	4	51	79	0	0	20	0.73
53137--53341	103	2.0	103	97	1	385	52	7	28	11	1.65
53137--53341	26	8.0	26	95	1	369	52	7	28	11	1.65
53492--53524	13	2.5	13	100	0	66	72	6	15	6	1.24
53722--53827	18	6.1	18	70	19	73	33	38	21	6	1.80
53737--53802	31	2.1	31	97	0	123	33	39	21	6	1.78
54755--54875	51	2.4	50	90	4	181	31	28	10	29	1.91
54889--55111	51	4.4	51	84	4	245	28	26	13	31	1.94
54940--55111	51	3.3	52	87	5	251	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55043--55423	79	4.8	79	91	0	611	27	24	14	33	1.95
55043--55426	157	2.4	158	90	0	617	27	24	15	33	1.95
55358--55472	51	2.2	52	86	4	153	28	19	13	39	1.89
67878--67932	12	4.6	12	78	15	51	80	10	7	1	0.99
68924--69755	59	14.2	59	85	7	902	25	28	20	25	1.99
68924--69759	118	7.2	118	86	6	1022	25	28	20	25	1.99
68923--69759	177	4.8	178	85	9	1046	25	28	20	25	1.99
70379--70405	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
70527--70761	26	9.1	26	95	0	409	52	8	27	11	1.66
70527--70757	103	2.2	104	95	2	421	52	7	27	11	1.65
72259--72533	51	5.4	50	86	5	318	28	25	13	33	1.93
72297--72533	104	2.3	102	85	5	307	28	26	12	32	1.92
72465--72849	79	4.9	79	91	0	635	28	25	14	32	1.94
72781--72916	51	2.6	52	79	6	143	27	22	13	36	1.91
76645--76710	20	3.7	20	73	26	83	33	15	15	36	1.88
76665--76697	13	2.5	13	95	0	57	33	15	15	36	1.88
76645--76711	33	2.0	33	100	0	134	34	14	14	35	1.88
77325--77399	17	4.1	17	76	18	71	30	32	1	36	1.66
77342--77409	22	3.3	22	76	19	92	26	35	0	38	1.57
77325--77413	39	2.3	40	96	3	164	26	34	1	37	1.64
79160--79187	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
83740--83775	3	12.0	3	93	0	63	33	36	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85377--85433	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
85418--85444	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
85399--85463	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
89156--89368	20	9.7	20	66	19	104	42	12	15	29	1.84
89208--89367	40	3.7	40	70	18	115	41	13	15	29	1.86
89156--89379	91	2.5	90	88	3	328	42	12	16	28	1.85
94817--95128	79	3.9	78	82	5	326	27	24	13	34	1.93
94817--95128	78	3.9	80	82	5	332	27	24	13	34	1.93
94817--95708	158	5.5	159	72	15	409	28	22	12	36	1.91
95087--95158	28	2.6	28	84	4	92	20	27	23	27	1.99
94928--95280	185	1.9	186	82	7	441	27	23	13	34	1.93
95011--95234	106	2.1	106	83	4	283	27	24	14	33	1.94
94861--95393	264	2.0	264	83	2	687	28	23	12	35	1.92
95115--95708	79	7.5	78	77	7	576	28	22	12	36	1.91
103762--103809	21	2.3	20	82	10	53	79	2	10	8	1.02
105749--106140	44	8.7	44	78	8	360	20	18	16	44	1.86
105779--106122	88	3.8	88	80	8	424	19	17	16	46	1.85
105725--106233	44	11.2	45	74	10	337	21	17	16	44	1.87
106164--106261	48	2.1	47	82	1	115	22	17	19	40	1.91
107928--108368	169	2.6	170	80	6	506	28	9	7	53	1.62
111366--111390	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111347--111411	33	2.0	32	87	3	94	38	16	15	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116570--116609	13	3.1	13	92	0	71	32	15	15	37	1.88
119069--119093	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
119048--119112	33	2.0	33	88	8	98	29	15	16	38	1.90
119128--119271	76	1.9	76	86	0	207	35	21	13	29	1.91
119239--119292	20	2.7	21	82	8	67	38	14	14	31	1.87
122826--122852	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
122838--122883	19	2.4	19	85	3	56	34	10	15	39	1.82
123243--123316	20	3.7	19	85	7	94	29	16	12	41	1.84
125684--125748	28	2.3	28	86	5	87	27	33	12	26	1.92
125665--126017	106	3.3	104	83	6	384	26	26	15	32	1.95
125787--125858	28	2.6	28	88	0	99	22	33	20	23	1.97
125898--125966	28	2.5	28	85	0	84	21	31	15	30	1.95
125684--125972	106	2.7	106	86	5	386	25	25	15	33	1.95
138404--138461	12	4.8	12	83	10	73	86	13	0	0	0.58
138396--138464	20	3.6	19	86	5	88	85	13	1	0	0.66
138406--138464	16	3.6	17	86	13	88	86	13	0	0	0.57
138404--138464	1	61.0	1	73	0	50	86	13	0	0	0.56
138396--138464	32	2.2	32	87	7	97	85	13	1	0	0.66
139483--139818	55	6.0	54	86	6	456	27	28	21	23	1.99
139922--140024	36	3.2	36	62	32	95	27	28	17	27	1.98
139857--140107	61	4.1	61	88	1	333	26	28	17	28	1.97
139575--140323	277	2.8	276	91	3	1175	25	28	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139680--140519	216	3.9	215	83	7	941	25	28	18	26	1.98
140135--140323	61	3.1	61	88	2	256	24	28	18	29	1.98
139979--140262	155	1.8	155	89	1	444	25	28	17	27	1.98
140169--140457	155	1.9	152	86	8	413	26	28	19	25	1.99
140330--140526	55	3.5	55	84	8	268	27	27	20	23	1.99
140725--140754	13	2.3	13	100	0	60	36	16	6	40	1.75
140770--140819	20	2.5	20	87	6	66	28	14	16	42	1.86
143177--143247	28	2.6	27	82	11	81	26	28	18	26	1.98
143202--143412	83	2.6	80	80	8	239	26	24	16	32	1.96
143367--143437	28	2.5	28	81	4	81	21	28	23	26	1.99

Tables:   1   2