genome.fa.s259.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold259
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  329074

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535--3087	157	3.5	154	78	6	556	38	17	15	28	1.90
3877--3903	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
3952--4006	20	2.7	21	86	11	78	34	12	20	32	1.90
12668--12724	19	2.9	19	81	2	69	33	15	15	35	1.90
12774--12822	13	4.2	13	75	24	63	32	12	18	36	1.88
12753--12822	33	2.1	34	92	7	117	34	11	18	35	1.87
15038--15582	153	3.6	153	86	3	722	50	8	8	32	1.62
15049--15623	305	1.9	307	83	3	757	50	8	8	32	1.63
16559--17236	65	10.4	67	76	6	325	43	15	21	18	1.87
16796--16906	33	3.5	33	78	9	124	41	18	18	20	1.91
16683--17112	195	2.2	193	79	4	447	43	16	21	18	1.87
16766--17203	65	6.8	65	80	5	422	43	17	20	18	1.88
17002--17103	32	3.2	31	75	8	105	48	18	18	14	1.82
16766--17239	130	3.7	129	81	4	533	43	16	21	18	1.87
17673--17853	76	2.4	74	77	6	186	44	13	15	26	1.83
17821--18063	76	3.2	76	84	0	288	46	11	13	27	1.79
17714--18057	152	2.3	153	78	6	344	46	10	15	27	1.79
19407--19731	110	2.9	109	83	5	404	37	13	14	34	1.85
21475--21702	120	1.9	121	79	6	257	46	8	17	27	1.76
22882--22931	19	2.5	20	83	3	66	36	18	18	28	1.94
30019--30043	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
31643--31680	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33983--34568	157	3.7	156	86	2	748	39	19	14	26	1.90
33983--34568	313	1.9	314	84	3	795	39	19	14	26	1.90
34727--35194	163	2.9	162	86	9	607	40	12	11	36	1.78
34727--35271	163	3.3	161	81	8	543	40	12	12	34	1.81
34727--35335	328	1.9	327	79	7	698	40	12	11	34	1.81
36218--36283	3	22.0	3	96	0	123	31	0	1	66	1.01
36789--37076	155	1.9	155	87	2	427	38	18	19	24	1.93
37158--37512	190	1.9	190	95	0	647	43	11	15	29	1.81
38615--38646	11	2.9	11	90	0	55	0	28	0	71	0.86
39293--39730	166	2.6	165	87	2	610	50	6	10	32	1.62
41379--41435	6	9.8	6	78	14	50	64	0	3	31	1.10
41379--41435	23	2.5	21	78	15	60	64	0	3	31	1.10
41606--41872	135	2.0	135	80	6	308	48	8	10	32	1.68
51628--51676	22	2.2	21	89	7	71	2	14	0	83	0.73
51637--51674	10	3.6	10	86	13	58	0	13	0	86	0.56
51640--51689	21	2.3	22	86	3	66	2	20	0	78	0.86
51639--51688	22	2.3	22	86	6	66	2	18	0	80	0.82
52057--52432	161	2.3	165	80	7	412	50	9	9	30	1.66
56680--56829	52	2.9	52	90	4	232	31	17	17	34	1.93
56867--56924	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
57349--57392	22	1.9	24	86	9	65	45	11	6	36	1.67
57455--57493	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59716--59740	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
60319--60466	64	2.3	64	92	1	251	35	16	11	36	1.85
68555--68606	19	2.7	20	81	3	61	36	15	17	30	1.91
68576--68638	32	2.0	32	84	6	83	38	15	15	30	1.89
69448--69810	180	2.0	180	97	0	690	34	15	19	30	1.93
72687--72999	79	3.9	79	79	7	312	34	14	23	27	1.93
72853--73238	130	3.0	127	78	8	429	35	11	23	30	1.90
72921--73048	51	2.5	51	84	6	159	37	9	21	31	1.85
78179--78426	20	11.3	20	67	21	90	29	16	12	42	1.84
78179--78474	91	3.3	91	91	2	481	29	16	11	42	1.83
81123--81270	61	2.4	61	91	0	251	28	22	18	30	1.97
90938--91004	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
91474--91512	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
92724--92793	11	5.6	11	71	22	50	81	10	4	4	0.96
92724--92773	20	2.6	20	78	6	59	82	12	2	4	0.90
94018--94209	64	3.0	64	90	3	291	31	29	18	20	1.96
94008--94550	84	6.1	92	79	9	346	30	28	18	23	1.97
93981--94495	28	17.4	29	85	5	409	30	28	17	22	1.97
94576--94735	49	3.3	49	86	6	204	21	26	18	33	1.97
95281--95383	40	2.6	40	96	0	188	30	14	16	38	1.89
95281--95386	20	5.3	20	76	8	108	29	15	16	39	1.88
95400--95565	20	7.8	20	68	14	107	31	13	11	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95309--95616	91	3.4	91	89	1	467	29	14	12	43	1.83
102314--102354	20	2.0	22	90	9	68	39	19	19	21	1.93
102471--102500	13	2.3	13	94	0	51	33	10	16	40	1.82
107161--107200	20	2.0	21	95	5	73	40	12	15	32	1.84
108742--108811	33	2.1	33	94	0	122	27	20	12	40	1.88
108742--108811	20	3.8	20	66	24	64	27	20	12	40	1.88
111054--111375	51	6.3	51	76	6	294	29	24	12	33	1.92
111055--111338	102	2.8	102	93	0	496	28	25	11	33	1.91
111527--111645	51	2.3	51	83	0	157	31	26	12	29	1.93
111496--111774	130	2.1	130	81	3	312	28	26	13	31	1.94
113277--113312	16	2.2	16	90	0	54	13	16	11	58	1.63
114162--114204	20	2.0	22	91	8	72	44	23	16	16	1.86
115700--115901	61	3.3	61	69	13	178	49	8	9	31	1.67
115658--115900	124	2.0	123	90	2	382	48	9	10	30	1.70
116637--116689	16	3.2	16	75	15	54	33	5	0	60	1.20
117078--117117	21	1.9	21	85	10	55	50	2	0	47	1.14
117600--117640	19	2.1	20	90	4	66	46	0	2	51	1.14
117614--117680	25	2.8	25	80	12	72	44	0	0	55	0.99
117639--117680	21	2.0	21	90	9	68	45	0	0	54	0.99
117646--117713	28	2.4	27	76	13	68	51	0	0	48	1.00
117692--117744	20	2.7	20	78	0	61	50	0	3	45	1.19
117919--117955	18	2.1	18	90	5	58	45	0	0	54	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119562--119620	27	2.1	27	81	9	66	45	5	0	49	1.24
124733--124812	33	2.4	33	100	0	160	33	18	15	32	1.92
124748--124813	20	3.7	20	67	26	65	34	18	15	31	1.92
128760--128797	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
134645--134703	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
139781--139805	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
141398--141462	33	2.0	33	87	0	94	32	16	13	36	1.89
141492--141564	20	3.7	19	83	7	76	38	17	16	27	1.91
141492--141545	19	2.8	20	88	2	74	37	18	16	27	1.93
144687--144783	39	2.5	39	89	1	142	22	12	20	44	1.85
147190--147218	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
150587--150672	39	2.2	39	78	2	91	39	12	10	37	1.78
154928--154956	13	2.2	13	100	0	58	17	20	6	55	1.65
166912--167615	49	14.4	49	79	7	664	32	16	25	24	1.96
166988--167570	248	2.4	242	83	4	690	32	16	25	24	1.96
167424--167615	43	4.0	50	80	12	222	32	15	27	25	1.96
167284--167615	143	2.3	140	88	4	468	31	15	26	25	1.96
167660--167983	83	3.9	83	87	6	406	20	16	29	33	1.95
167660--167978	28	11.4	27	81	9	313	19	17	28	34	1.95
168422--168457	18	2.0	18	100	0	72	38	27	16	16	1.90
169429--169493	24	2.7	23	80	15	78	0	1	16	81	0.77
169429--169486	15	3.8	15	84	13	66	0	0	18	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174272--174296	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
174305--174433	52	2.5	52	93	0	222	35	18	17	27	1.94
185356--185386	15	2.1	15	100	0	62	58	19	0	22	1.40
187219--187257	18	2.2	18	100	0	78	41	5	30	23	1.76
195264--195314	20	2.6	20	90	3	86	31	15	13	39	1.87
195223--195313	20	4.6	19	78	5	83	30	17	14	37	1.90
195359--195384	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
195343--195409	33	2.0	33	85	5	91	32	13	19	34	1.91
197003--197034	3	10.7	3	93	0	55	37	0	31	31	1.58
197800--197825	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2