genome.fa.s259.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold259
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  329074

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 218 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197782--197845	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
204224--204264	21	2.0	21	85	9	57	41	12	7	39	1.70
204304--204374	20	3.6	19	75	7	61	40	16	12	29	1.86
204344--204480	53	2.6	53	94	1	229	37	18	17	27	1.93
204510--204566	10	5.5	10	71	8	51	26	26	7	40	1.81
204512--204648	32	4.1	32	83	10	184	29	23	9	37	1.86
204638--204674	13	2.8	13	87	0	56	35	16	13	35	1.88
206603--206641	20	1.9	21	94	5	71	41	15	15	28	1.87
206659--206714	19	2.9	19	86	2	76	30	19	14	35	1.91
210800--210830	14	2.1	15	94	5	55	54	0	0	45	0.99
210827--210878	25	2.1	24	82	3	59	48	1	9	40	1.47
212188--212243	21	2.7	21	97	0	103	35	12	14	37	1.84
212341--212417	20	3.8	20	80	10	75	31	12	12	42	1.81
221926--221984	21	2.9	20	82	7	75	77	15	3	3	1.02
221926--221984	20	2.8	20	78	12	66	77	15	3	3	1.02
222295--222324	12	2.6	11	90	10	51	90	10	0	0	0.47
223376--224379	34	30.8	32	80	12	932	19	32	12	36	1.89
223656--223708	27	2.0	27	92	0	88	24	33	13	28	1.93
223987--224039	27	2.0	27	92	0	88	22	35	13	28	1.92
223376--224379	99	10.3	99	82	9	1019	19	32	12	36	1.89
224376--225479	39	24.9	45	71	16	642	26	26	18	28	1.98
224731--225338	82	7.0	82	80	11	604	26	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224455--225338	256	3.4	257	86	7	1090	26	26	19	27	1.99
224853--225338	178	2.7	178	89	1	720	26	26	18	28	1.98
224370--225479	139	8.3	137	75	13	702	26	26	18	28	1.98
226325--226365	13	3.2	13	92	0	73	29	12	17	41	1.85
228564--228628	27	2.4	27	81	0	85	29	41	9	20	1.83
229382--229679	157	1.9	155	84	4	402	24	26	20	28	1.99
231070--231123	20	2.7	21	77	8	58	40	1	1	55	1.21
231115--231163	21	2.4	21	86	10	66	53	2	0	44	1.12
238921--238962	20	2.1	20	86	0	57	45	2	0	52	1.13
238930--238996	34	1.9	35	84	3	91	53	0	0	46	1.00
238973--239008	18	2.1	17	89	5	54	55	0	0	44	0.99
247724--248012	84	3.5	84	77	6	259	18	30	9	41	1.83
247915--248118	105	1.9	105	84	0	273	15	30	9	43	1.79
247999--248046	21	2.3	21	96	0	87	6	37	10	45	1.64
249733--249791	15	3.8	15	76	14	57	54	5	0	40	1.23
249772--249821	22	2.3	22	86	6	66	58	2	2	38	1.21
251261--251838	285	2.0	285	98	0	1120	24	12	14	48	1.79
252217--252291	20	3.8	19	80	7	87	30	14	14	40	1.86
261498--261566	20	3.8	20	69	25	71	37	14	8	39	1.77
261520--261606	13	7.2	13	78	15	96	33	16	12	37	1.86
261500--261579	33	2.4	33	100	0	160	35	15	10	40	1.80
275707--275762	23	2.4	22	82	11	67	83	7	7	1	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275708--275762	26	2.2	26	87	9	78	85	5	7	1	0.80
276785--276869	37	2.3	37	93	0	152	27	16	14	42	1.86
277234--277575	29	11.9	28	85	7	379	28	30	17	22	1.97
277695--278025	52	6.5	49	72	10	220	26	25	15	32	1.96
277695--277917	101	2.2	101	81	3	261	26	26	15	31	1.96
278625--278679	19	2.7	21	83	5	78	41	10	14	32	1.81
278727--278752	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
283882--283949	34	2.0	34	100	0	136	29	11	29	29	1.92
286798--286874	12	6.5	11	74	21	50	84	7	1	6	0.83
286796--286874	19	4.2	19	79	9	90	84	7	1	6	0.82
286795--286903	9	11.7	9	73	18	82	81	11	1	5	0.93
286796--286838	1	43.0	1	80	0	50	90	2	2	4	0.59
288096--289042	28	32.9	28	84	5	1070	28	30	17	23	1.97
288096--289042	57	16.4	57	84	5	1115	28	30	17	23	1.97
288096--289042	347	2.7	345	86	3	1259	28	30	17	23	1.97
289900--290013	20	5.7	20	82	8	142	33	15	11	39	1.84
289900--290010	40	2.8	40	95	0	195	34	15	11	38	1.84
293375--293436	31	2.0	31	96	0	115	24	6	11	58	1.56
295121--295205	32	2.7	32	94	0	143	31	11	18	37	1.87
295154--295178	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
295252--295277	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
301889--302017	52	2.5	52	96	0	231	29	18	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302026--302050	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
302093--302191	13	5.8	18	67	29	65	37	17	12	33	1.86
302088--302189	32	3.1	32	91	2	159	36	17	11	34	1.87
303566--303952	52	7.4	53	70	15	178	29	26	11	32	1.92
303731--303953	51	4.3	51	80	5	196	29	27	12	31	1.92
303968--304200	79	2.9	78	77	5	218	27	26	12	32	1.93
305974--306068	19	5.6	19	72	27	106	40	15	15	28	1.89
305992--306081	13	6.0	13	73	26	72	40	15	15	28	1.88
305974--306101	32	4.0	32	96	1	229	41	15	14	28	1.87
310138--310168	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
312248--312273	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
314762--314787	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
314744--314807	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
317986--318116	52	2.5	52	91	0	208	32	16	17	33	1.93
317986--318136	52	2.9	51	86	3	196	33	16	17	32	1.93
318125--318149	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
318194--318246	25	2.1	26	92	3	90	37	16	11	33	1.85
322490--322557	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
322511--322535	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
322492--322554	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
322598--322622	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
324413--324488	27	2.8	27	88	9	102	22	34	22	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324471--324692	52	4.3	51	80	2	228	28	24	13	33	1.93
324304--324692	52	7.4	50	70	14	205	29	25	13	31	1.93
324680--324751	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
324705--324905	78	2.6	78	82	0	222	24	28	16	29	1.97
327129--327496	55	6.4	55	83	10	407	27	29	20	22	1.99
327129--327498	120	3.2	110	82	12	433	27	29	20	22	1.99
327414--327590	94	1.8	97	85	9	254	25	32	19	22	1.97
327509--327595	26	3.3	26	66	21	72	27	31	19	21	1.98
327514--328551	55	18.3	55	86	7	1257	26	28	21	23	1.99
328194--328279	27	3.1	27	62	15	68	25	31	20	22	1.98

Tables:   1   2

The End!