genome.fa.s2641.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2641
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217293

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
451--489	13	2.9	13	92	3	60	30	12	20	35	1.90
4225--4351	65	1.9	66	90	4	204	49	18	15	16	1.80
4959--5393	32	13.8	32	77	6	336	28	29	18	23	1.98
4959--5393	63	6.9	63	75	7	348	28	29	18	23	1.98
4959--5377	95	4.4	93	80	5	405	28	29	19	22	1.98
5386--5473	43	2.0	43	82	0	104	28	25	17	29	1.97
5572--5726	52	3.0	52	77	3	177	21	30	15	32	1.95
6265--6541	32	8.8	32	75	7	201	30	29	19	20	1.97
6251--6541	95	3.1	94	82	4	291	29	30	19	20	1.97
6250--6541	63	4.6	61	75	9	209	29	30	19	20	1.97
6741--6919	52	3.4	52	81	9	238	24	27	15	32	1.95
6719--6963	104	2.4	104	93	0	409	24	26	15	33	1.95
6723--6983	52	5.0	51	77	7	224	23	26	14	34	1.94
7438--7855	32	13.2	31	78	8	366	28	30	19	21	1.98
7438--7855	127	3.3	126	82	6	420	28	30	19	21	1.98
7452--7871	95	4.4	95	82	6	474	29	30	19	21	1.97
8031--8566	52	10.2	52	73	11	385	23	24	13	37	1.92
8030--8290	103	2.5	102	85	2	324	24	24	13	37	1.91
8129--8431	165	1.8	165	89	0	471	23	25	13	37	1.92
8233--8350	61	2.0	60	86	1	164	22	26	13	38	1.91
8294--8558	103	2.6	103	85	3	336	23	25	15	36	1.93
8014--8599	268	2.2	268	85	1	789	23	24	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9046--9437	32	12.4	31	75	8	299	29	27	19	23	1.98
9082--9397	95	3.3	94	81	5	354	29	28	18	23	1.98
9018--9364	127	2.8	126	83	4	407	29	27	19	23	1.98
9441--9533	43	2.1	43	88	2	132	26	27	13	31	1.94
9486--9610	61	2.0	61	82	8	148	22	26	11	40	1.87
9622--9818	52	3.8	52	77	5	209	23	26	15	34	1.95
9612--9829	104	2.1	103	87	1	319	22	26	14	36	1.93
9616--9856	52	4.6	51	73	10	175	23	26	15	34	1.94
9638--9868	104	2.2	104	84	0	291	23	27	14	33	1.94
10332--10753	32	13.3	32	77	5	374	28	29	19	23	1.98
10453--10743	63	4.6	63	79	5	239	28	30	18	22	1.97
10332--10753	95	4.4	95	80	3	445	28	29	19	23	1.98
10760--10849	43	2.1	43	89	0	135	25	25	17	31	1.97
10804--10925	60	2.0	60	80	3	138	23	25	11	39	1.88
10950--11131	52	3.5	52	73	5	179	23	25	15	35	1.95
10927--11146	104	2.1	104	87	1	316	24	24	15	36	1.93
11650--12003	32	11.2	32	73	10	232	29	31	19	20	1.97
11650--11977	63	5.2	63	75	8	202	29	31	18	20	1.96
11700--12002	95	3.2	95	85	2	369	30	31	18	20	1.96
12011--12097	43	2.0	43	88	0	129	28	27	16	27	1.97
12179--13007	52	15.7	52	71	12	510	23	26	14	35	1.93
12157--12703	269	2.0	268	89	1	835	23	26	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12441--13024	104	5.6	104	77	7	588	23	26	14	35	1.93
12361--13035	319	2.1	320	88	3	993	23	26	14	36	1.93
13487--13902	32	13.2	31	74	4	287	29	29	18	22	1.97
13487--13896	95	4.3	95	81	3	432	29	30	18	21	1.97
13489--13922	63	6.9	63	75	7	319	29	30	18	21	1.97
14072--14520	52	8.5	52	75	12	385	23	26	15	34	1.95
14108--14420	165	1.9	165	91	0	518	22	26	15	35	1.94
14212--14327	61	1.9	61	85	0	160	20	26	16	36	1.94
14273--14520	103	2.4	104	91	0	390	23	26	15	35	1.94
15290--15343	20	2.7	20	94	0	90	37	16	9	37	1.81
16230--16270	21	2.0	21	90	4	66	14	12	19	53	1.72
19553--19719	80	2.0	80	89	7	255	35	11	11	41	1.78
21837--21892	22	2.6	21	78	10	60	17	5	8	67	1.36
22328--22905	308	1.9	308	93	0	994	33	11	16	38	1.85
23889--23961	33	2.2	33	95	0	128	16	30	2	50	1.59
26608--26655	18	2.7	18	73	0	51	50	4	10	35	1.56
28055--28089	17	2.0	18	94	5	63	34	5	20	40	1.76
28306--28404	41	2.4	40	86	6	128	41	11	5	42	1.62
28288--28417	41	3.2	39	72	16	102	38	13	8	39	1.76
29750--29862	51	2.2	51	90	0	181	34	9	26	29	1.88
29802--30163	79	4.6	79	76	6	304	34	10	24	30	1.89
29801--30130	156	2.1	157	80	5	373	34	11	24	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32505--32641	51	2.7	51	84	0	175	44	13	13	28	1.82
32608--32665	21	2.8	21	84	7	75	48	10	12	29	1.73
33235--33280	20	2.2	20	84	3	56	43	10	13	32	1.78
45134--45171	19	2.0	19	85	10	51	42	10	15	31	1.81
45556--45611	25	2.2	25	84	6	69	33	3	21	41	1.70
51786--51810	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
51839--51925	34	2.6	33	82	12	115	24	22	9	43	1.82
56273--56299	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
56992--57032	21	2.0	21	86	9	59	43	0	0	56	0.99
57260--57312	16	3.3	16	79	10	72	45	0	0	54	0.99
57310--57352	20	2.0	22	82	8	54	13	6	11	67	1.41
58303--58342	21	1.9	21	84	0	53	50	12	12	25	1.75
62069--62106	19	2.1	19	90	9	62	55	2	0	42	1.14
62150--62192	19	2.4	17	81	14	50	34	9	0	55	1.32
62223--62248	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62688--62726	14	2.7	15	77	22	55	64	0	0	35	0.94
63196--63235	17	2.3	18	80	20	50	12	15	0	72	1.12
63223--63276	14	3.7	15	83	11	67	0	18	1	79	0.82
63208--63301	23	4.1	23	77	14	79	3	19	2	75	1.04
63221--63276	7	8.0	7	77	15	53	0	17	1	80	0.80
64265--64300	17	2.1	17	100	0	72	52	5	11	30	1.59
64316--64347	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69827--69865	21	1.9	21	89	5	62	20	20	12	46	1.83
74205--74271	33	2.0	33	85	0	89	34	10	14	40	1.81
74313--74337	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74346--74470	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
82722--82752	16	1.9	16	93	0	53	41	0	35	22	1.54
85395--85449	24	2.3	24	84	6	67	41	0	0	58	0.98
88321--88379	14	3.9	15	77	20	61	33	1	1	62	1.15
88323--88362	21	1.9	21	84	0	53	30	0	2	67	1.04
88322--88375	23	2.3	23	78	6	56	33	1	1	62	1.16
88325--88396	29	2.5	31	80	11	80	36	2	2	58	1.27
88587--88644	29	2.0	30	82	3	73	62	0	0	37	0.96
88614--88656	21	2.2	20	88	12	63	58	0	0	41	0.98
89623--89667	18	2.5	19	78	10	58	53	0	0	46	1.00
89630--89680	23	2.2	24	86	13	72	58	0	0	41	0.98
89630--89680	22	2.2	23	86	13	70	58	0	0	41	0.98
89623--89678	21	2.9	18	73	21	51	55	0	0	44	0.99
89630--89692	24	2.8	24	81	13	71	53	0	0	46	1.00
90381--90561	100	1.8	100	85	4	258	40	1	4	53	1.30
92293--92387	36	2.7	35	70	19	83	55	0	3	41	1.15
92346--92452	37	2.8	39	83	5	123	53	0	2	42	1.22
94887--94913	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
94968--94992	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95512--95557	20	2.3	20	85	7	58	34	2	2	60	1.21
95823--95848	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
96277--96314	20	1.9	19	94	5	67	2	0	15	81	0.80
97837--98182	183	1.9	182	84	1	469	36	13	12	36	1.83
98514--98553	20	2.1	19	90	4	62	77	2	17	2	0.99
99985--100029	19	2.4	19	84	0	54	75	0	20	4	0.97
103498--103566	22	3.1	22	77	8	77	34	7	2	55	1.43
105731--105811	32	2.6	32	74	21	89	50	2	0	46	1.14
105736--105792	16	3.6	16	73	19	57	50	3	0	45	1.18
105768--105855	37	2.5	36	78	12	101	53	1	1	44	1.15

Tables:   1   2