genome.fa.s2641.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2641
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217293

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 237 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108588--108720	71	1.9	71	88	3	205	33	13	9	44	1.75
108653--108898	89	2.8	89	85	6	347	33	16	8	41	1.78
108833--109038	70	3.0	69	91	2	340	31	16	9	41	1.81
108966--109145	93	1.9	93	89	1	281	31	18	7	42	1.78
109129--109177	23	2.1	23	92	0	80	32	16	8	42	1.77
109065--109264	110	1.8	110	91	0	328	33	17	8	41	1.78
109158--109316	85	1.8	86	89	5	250	34	15	8	41	1.78
109340--109517	92	1.9	91	96	1	329	34	14	7	43	1.73
110157--110516	123	2.9	122	83	8	412	52	1	2	42	1.25
110474--110507	15	2.3	15	89	0	50	52	0	2	44	1.16
110810--110897	23	3.8	23	79	10	90	32	2	2	62	1.20
110809--110864	22	2.5	23	82	2	69	30	3	3	62	1.29
110855--111004	32	4.3	32	66	19	93	42	0	0	57	1.03
110888--110957	31	2.1	35	82	10	85	48	0	0	51	1.00
110837--111103	109	2.4	109	84	6	328	41	0	1	56	1.12
110837--111135	108	2.8	105	78	11	320	42	0	1	55	1.11
111028--111158	67	1.9	68	82	11	162	44	1	0	53	1.15
111203--111229	14	1.9	14	100	0	54	29	29	7	33	1.85
111689--111747	28	2.1	28	93	0	100	52	1	0	45	1.10
111992--112019	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
112011--112123	33	3.6	32	69	29	82	53	0	1	44	1.10
112073--112131	15	3.9	15	76	12	66	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112461--112501	3	13.7	3	94	0	73	0	36	0	63	0.95
113370--113399	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
116321--116376	22	2.6	21	83	16	62	41	0	3	55	1.17
116321--116376	23	2.5	23	86	11	73	41	0	3	55	1.17
116344--116447	28	3.8	28	77	14	101	43	0	1	53	1.18
116333--116462	53	2.4	56	79	13	130	43	0	2	53	1.18
117864--117918	20	2.9	19	74	23	53	50	7	1	40	1.40
119669--119702	17	2.0	17	88	0	50	26	8	20	44	1.81
121090--121128	18	2.2	18	100	0	78	43	30	0	25	1.55
121859--121949	37	2.5	37	90	0	137	36	20	15	27	1.93
121859--121969	37	3.0	37	84	5	118	36	21	16	26	1.94
125568--125626	2	29.5	2	85	0	82	47	3	3	45	1.36
125568--125626	20	3.0	20	92	0	91	47	3	3	45	1.36
126397--126506	2	55.0	2	83	7	134	46	0	6	47	1.28
126862--126896	18	1.9	18	100	0	70	45	0	0	54	0.99
132631--132664	14	2.3	15	95	5	61	32	0	8	58	1.29
133269--133323	23	2.4	23	84	0	74	21	14	20	43	1.87
133315--133359	16	2.8	16	93	0	72	26	20	13	40	1.89
134855--134906	23	2.2	24	83	10	63	51	1	3	42	1.31
136430--136468	20	1.9	21	84	5	53	46	2	5	46	1.38
137041--137110	36	1.9	35	83	11	88	50	1	2	45	1.25
137629--137669	16	2.6	16	84	11	57	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137726--137776	11	4.8	10	81	11	57	0	21	3	74	0.98
137722--137777	5	10.8	5	81	9	60	0	19	3	76	0.93
137906--137949	9	4.9	9	78	10	54	84	2	0	13	0.73
138155--138183	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
138152--138195	16	2.8	15	86	6	61	79	0	4	15	0.89
139732--139762	10	3.1	10	100	0	62	38	19	0	41	1.51
140279--140322	22	2.0	23	95	4	81	47	9	0	43	1.35
141452--141489	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
143600--144003	130	3.1	129	86	4	526	32	12	26	28	1.92
143516--143740	79	2.8	79	76	7	244	33	12	26	27	1.92
143678--143791	51	2.2	52	83	6	135	32	7	28	32	1.84
143600--144007	131	3.1	128	86	4	523	32	12	26	28	1.92
145040--145122	20	3.7	20	70	25	67	28	16	15	38	1.90
145774--146030	89	3.0	84	84	6	327	44	12	25	18	1.84
145713--146003	45	6.7	43	74	13	222	43	11	25	18	1.84
145771--145995	89	2.6	89	90	2	341	45	11	24	17	1.82
146000--146387	61	6.4	60	85	4	457	28	20	27	24	1.99
146013--146366	183	1.9	185	88	3	536	28	20	26	24	1.99
147475--147567	1	93.0	1	77	0	78	0	2	10	87	0.64
147458--147565	10	10.2	10	77	19	64	0	5	9	84	0.82
147475--147566	9	9.9	9	80	17	100	0	2	10	86	0.64
147461--147566	25	4.2	26	81	7	96	0	4	9	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147476--147567	40	2.4	36	89	7	130	0	2	10	86	0.64
159974--160172	79	2.5	79	77	2	229	32	10	27	30	1.90
160099--160225	51	2.5	51	84	2	146	36	11	23	28	1.90
160153--160303	80	1.9	77	82	4	185	31	11	27	28	1.92
160236--160353	51	2.3	51	82	1	128	29	9	29	31	1.88
160028--160433	130	3.1	129	85	3	537	32	10	27	30	1.90
162793--162817	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163324--163353	6	5.0	6	100	0	60	33	0	50	16	1.46
164635--164670	18	2.0	18	89	10	56	77	2	13	5	1.05
171525--171564	17	2.4	16	84	12	53	30	12	0	57	1.36
171883--171928	15	2.8	16	87	9	58	60	0	2	36	1.09
171895--171940	15	3.0	15	87	3	56	67	0	0	32	0.91
172168--172216	16	3.5	14	78	21	50	69	0	0	30	0.89
175755--175809	2	27.5	2	88	0	83	50	0	3	45	1.19
177234--177311	41	1.9	41	94	0	138	38	16	20	24	1.93
178000--178042	3	14.0	3	95	4	77	34	0	0	65	0.93
178490--178574	22	3.6	23	70	17	59	38	0	0	61	0.96
178497--178568	16	4.7	16	73	19	64	36	0	0	63	0.94
178483--178602	26	4.7	24	74	12	89	42	0	0	56	1.05
178777--178816	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
181561--181585	6	4.2	6	100	0	50	52	0	16	32	1.44
182670--182772	52	2.0	52	82	3	127	39	15	18	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182771--183411	52	12.3	52	76	4	461	33	15	24	26	1.95
182770--183463	156	4.5	155	77	6	661	33	15	23	27	1.95
183657--183763	52	2.1	52	80	7	119	35	15	21	27	1.94
184091--184230	52	2.7	51	79	7	144	37	15	20	26	1.92
184822--184968	29	5.1	29	82	4	172	27	16	27	29	1.97
184822--184968	58	2.5	57	86	3	213	27	16	27	29	1.97
184972--185063	29	3.1	28	80	13	87	26	11	26	35	1.91
184827--185053	29	7.9	29	75	12	101	28	14	25	31	1.95
193066--193105	15	2.9	14	85	7	55	22	20	10	47	1.79
193462--193508	23	2.1	23	88	4	69	55	19	19	6	1.64
197768--197792	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
197781--197830	19	2.6	19	93	0	82	34	12	16	38	1.85
197884--197908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203570--203639	33	2.1	34	89	7	108	35	18	11	34	1.87
203668--203723	19	2.9	19	86	2	67	32	19	19	28	1.97
209443--209540	34	3.0	33	88	4	101	26	17	30	25	1.97
209459--209585	34	3.8	34	83	8	154	22	17	30	29	1.97
209575--210127	28	19.4	28	76	6	414	25	16	27	30	1.97
209589--210068	258	1.9	258	82	3	617	26	16	26	30	1.97
213123--213168	22	2.1	22	91	0	74	6	28	17	47	1.72
213539--213571	10	3.4	10	87	4	50	45	12	21	21	1.84
213526--213562	15	2.6	14	91	8	58	45	13	21	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213681--213763	43	2.0	41	85	4	112	27	21	22	27	1.99
214321--215151	84	9.8	84	79	4	584	33	17	28	20	1.95
214341--215151	168	4.8	168	78	4	652	34	16	28	20	1.94
214951--215141	85	2.2	85	96	0	364	27	15	31	26	1.95
214951--215136	43	4.4	43	86	4	270	26	15	31	25	1.96
214361--215222	42	20.4	42	71	8	354	33	16	28	20	1.95
214994--215235	85	2.9	84	83	4	202	28	16	30	23	1.96

Tables:   1   2

The End!