genome.fa.s2644.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2644
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  180694

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986--1024	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1010--1088	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
3107--3137	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
7199--7224	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7284--7356	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
7263--7356	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
7263--7338	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
11622--11731	58	1.9	58	82	0	139	26	11	11	50	1.74
14231--14275	6	7.5	6	92	0	63	33	44	15	6	1.73
18837--19154	79	4.1	77	79	5	323	31	14	28	26	1.95
18837--19154	157	2.0	157	81	3	363	31	14	28	26	1.95
19108--19205	51	1.9	51	89	0	151	30	10	30	28	1.90
19190--19289	28	3.6	26	83	11	119	28	22	28	22	1.99
21762--21818	20	2.8	20	81	0	69	50	8	12	28	1.69
21788--21972	102	1.8	102	92	0	316	35	12	17	35	1.87
22486--22665	75	2.4	77	83	3	222	37	16	26	20	1.93
22599--22784	42	4.3	43	82	4	198	40	11	24	23	1.88
22773--22945	61	2.8	61	87	3	233	30	17	26	25	1.98
34232--34259	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
36321--36511	78	2.4	79	83	4	235	32	14	26	26	1.95
36472--36541	28	2.5	28	86	2	106	28	15	31	24	1.96
38932--39067	50	2.7	51	85	3	177	41	15	16	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45336--45366	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
45985--46070	27	3.2	26	79	14	95	47	4	3	44	1.40
45984--46070	26	3.3	26	80	12	95	48	4	3	43	1.40
45999--46086	26	3.3	25	74	15	70	48	5	5	39	1.50
46834--46999	84	2.0	83	90	1	260	34	13	20	31	1.92
47258--47298	16	2.6	16	84	0	55	51	0	0	48	1.00
47532--47845	135	2.3	132	80	6	333	41	9	10	38	1.71
48461--48499	7	5.4	7	84	6	51	48	30	0	20	1.50
48459--48492	15	2.3	15	89	0	50	50	29	0	20	1.49
48459--48499	14	2.8	15	88	3	57	48	29	0	21	1.50
49256--49301	3	15.7	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
49644--49685	22	2.0	21	85	4	57	33	2	9	54	1.46
49696--49744	14	3.4	14	80	8	53	63	0	2	34	1.06
51470--51521	26	2.0	27	84	3	70	42	1	1	53	1.23
56876--56953	39	2.0	39	100	0	156	38	33	17	10	1.84
58123--58152	14	2.1	15	93	6	53	33	6	0	60	1.23
59410--59515	38	2.8	38	72	16	112	36	1	16	45	1.58
59486--59539	20	2.6	20	82	11	56	44	0	9	46	1.35
62525--62558	16	2.1	16	94	0	59	44	5	8	41	1.60
65828--65925	48	2.0	49	82	4	117	36	2	5	56	1.33
65837--65936	48	2.1	48	80	0	110	35	3	6	56	1.39
66017--66071	24	2.4	23	79	11	60	43	0	3	52	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67296--67349	17	2.9	18	74	15	56	55	1	5	37	1.34
67590--67629	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
69139--69165	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
72299--72336	15	2.5	15	87	8	51	31	5	2	60	1.33
72561--72614	25	2.3	21	77	22	54	48	1	1	48	1.23
73655--73741	39	2.2	39	100	0	174	35	2	6	55	1.40
73660--73724	22	3.2	22	66	20	68	38	3	9	49	1.51
77319--77360	7	6.0	7	100	0	84	14	42	14	28	1.84
77607--77637	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
78869--78928	2	30.0	2	91	0	93	48	1	0	50	1.11
79541--79567	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
81161--81218	13	4.0	13	76	23	62	29	15	15	39	1.88
81174--81236	19	3.6	19	76	24	84	28	15	15	39	1.89
81141--81236	32	3.0	32	95	1	165	28	14	15	41	1.86
83743--83781	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
85861--85892	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
89863--89888	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
89843--89906	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
90837--90996	80	2.0	80	98	0	311	32	11	18	36	1.88
91033--91079	20	2.3	20	85	3	58	40	14	17	27	1.89
91049--91146	20	4.8	20	85	1	124	35	9	19	35	1.84
91179--91295	50	2.3	50	76	4	119	34	15	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92891--92966	28	2.7	28	85	0	107	23	26	19	30	1.98
92843--93041	107	1.9	107	81	4	249	28	22	14	35	1.93
92921--93326	157	2.6	158	82	1	467	26	23	12	37	1.91
92921--93353	79	5.5	78	80	3	411	26	23	12	36	1.91
96355--96420	28	2.2	31	78	10	75	40	4	3	51	1.38
99642--99666	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
99619--99686	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
108367--108439	20	3.6	20	90	1	110	27	16	16	39	1.90
108427--108451	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
111089--111445	165	2.2	159	79	10	370	52	6	9	31	1.59
112474--112953	247	2.0	244	83	3	606	34	17	20	27	1.95
113432--113484	20	2.7	20	100	0	106	32	15	15	37	1.88
113536--113600	33	2.0	32	87	3	94	40	15	16	27	1.89
114124--114187	17	3.5	17	75	19	65	26	37	0	35	1.57
120717--120911	49	3.9	49	82	6	223	28	17	28	25	1.98
120718--120998	93	2.9	99	81	7	278	29	16	26	27	1.97
120764--120942	49	3.9	43	75	17	162	28	17	27	26	1.98
121020--121127	28	3.8	28	77	7	103	20	17	31	30	1.96
121061--121147	27	3.1	27	82	11	104	26	17	32	24	1.97
121020--121147	56	2.3	56	81	5	134	22	15	32	29	1.95
121122--121349	34	6.6	34	75	8	176	36	11	29	21	1.89
121115--121308	103	1.9	101	80	10	225	37	11	31	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121115--121356	70	3.5	69	89	2	335	37	10	30	21	1.87
122831--122868	10	3.8	10	86	10	51	0	0	13	86	0.56
122831--122871	14	3.0	14	89	3	57	0	0	12	87	0.53
127058--127113	21	2.6	22	94	5	96	28	25	8	37	1.86
127186--127210	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
127681--127747	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
129280--129453	84	2.1	84	81	8	203	53	3	18	24	1.60
132662--132686	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
132723--132778	21	2.6	22	94	5	96	28	25	8	37	1.86
140067--140115	9	4.7	10	85	14	64	85	14	0	0	0.59
140064--140117	11	4.8	11	86	4	81	87	12	0	0	0.56
140063--140114	8	6.5	8	78	12	54	86	13	0	0	0.57
140063--140096	14	2.4	14	90	9	52	88	11	0	0	0.52
140353--140405	15	3.3	16	86	7	81	84	7	7	0	0.76
140355--140411	23	2.4	24	82	5	71	84	7	8	0	0.79
140355--140412	15	3.7	15	84	13	73	84	6	8	0	0.78
141420--141534	30	3.7	31	83	3	115	22	29	18	29	1.97
141602--142084	34	13.9	34	84	8	589	20	33	11	34	1.89
141450--142089	104	6.3	102	82	11	648	20	32	12	34	1.90
141448--142102	138	4.8	138	84	9	711	20	33	12	33	1.90
142156--142704	49	11.4	49	83	8	639	24	25	17	32	1.97
142156--142704	92	5.7	94	87	7	632	24	25	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142677--142733	29	2.0	29	89	0	87	21	26	17	35	1.95
142708--142847	43	3.0	46	76	12	160	25	23	18	32	1.97
142589--142825	121	1.9	124	83	5	309	23	24	18	32	1.97
142701--142847	49	3.1	49	76	12	173	23	23	19	33	1.97
142799--142973	67	2.9	58	72	15	149	23	25	14	37	1.92
142756--143139	172	2.2	170	82	5	427	22	25	16	36	1.94
143687--143711	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
143667--143733	33	2.0	33	85	0	89	35	11	11	40	1.79
143776--143800	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
147126--147192	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92

Tables:   1   2