genome.fa.s268.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold268
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  336603

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 241 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13770--13844	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
13767--13844	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
19466--19508	13	3.3	13	81	18	54	72	0	0	27	0.85
19484--19552	13	5.3	14	73	23	53	57	1	0	40	1.07
19487--19558	25	2.9	25	71	17	62	58	1	0	40	1.07
19514--19555	15	2.9	14	82	17	50	57	0	0	42	0.99
22460--23210	377	2.0	376	99	0	1484	26	14	19	39	1.90
31015--31048	17	1.9	18	88	5	52	38	0	2	58	1.13
31055--31146	8	11.0	8	67	13	51	34	0	2	63	1.07
31009--31150	76	1.9	74	88	5	214	37	0	3	59	1.15
31197--31221	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
40767--40798	13	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
42549--42586	15	2.5	15	83	12	51	52	0	0	47	1.00
51304--51347	19	2.4	19	88	3	72	36	0	0	63	0.95
55623--55716	21	4.6	20	75	11	73	15	8	35	40	1.78
55644--55716	21	3.5	20	83	5	92	16	9	34	39	1.81
57547--57577	15	2.1	15	100	0	62	32	19	6	41	1.77
60199--60297	21	4.7	22	73	19	77	26	10	14	49	1.74
60479--60505	11	2.5	11	100	0	54	33	0	11	55	1.35
61138--61216	21	3.8	21	72	12	65	37	8	12	40	1.75
61583--61627	21	2.1	21	83	0	54	33	8	17	40	1.81
61601--61686	21	4.2	20	77	7	91	27	8	17	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61607--61704	21	4.7	21	71	10	76	25	7	17	50	1.71
61601--61699	41	2.4	42	84	1	128	27	7	18	47	1.74
61692--61748	22	2.6	23	78	10	66	29	5	10	54	1.56
61842--61885	21	2.1	21	91	4	72	25	4	15	54	1.60
61985--62013	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
62750--62796	18	2.7	18	78	15	53	34	0	10	55	1.35
66728--66774	24	1.9	25	82	4	60	53	4	19	23	1.63
68483--68654	51	3.3	51	78	5	191	32	11	26	29	1.91
68637--68712	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
71179--71204	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
71158--71224	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
71244--71311	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
71266--71290	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
71247--71309	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
71367--71423	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
71428--71467	1	40.0	1	92	0	53	5	2	0	92	0.45
71435--71470	18	2.0	18	100	0	72	11	5	0	83	0.80
73256--73473	110	2.0	111	89	3	341	44	11	9	34	1.72
73859--73933	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
73859--73936	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
74844--74899	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
74852--74906	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81316--81388	37	1.9	38	84	13	98	45	1	0	53	1.09
81351--81387	18	2.1	18	89	0	56	45	0	0	54	1.00
82376--82406	13	2.5	13	94	5	55	9	35	25	29	1.88
86136--86165	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
86489--86529	10	4.2	10	76	17	50	48	7	2	41	1.44
86496--86532	19	1.9	19	100	0	74	48	5	2	43	1.40
86709--86764	22	2.6	21	80	5	67	51	0	1	46	1.11
88726--88755	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
92049--92764	154	4.6	152	72	10	427	40	16	15	27	1.89
92169--92784	154	4.0	152	73	9	440	41	16	14	27	1.87
94229--94261	15	2.1	16	94	5	59	45	0	6	48	1.27
99078--99613	84	6.2	85	82	5	614	22	17	30	29	1.97
99153--99613	28	16.2	28	86	2	564	22	17	31	29	1.96
100824--100916	1	93.0	1	71	0	51	3	3	9	83	0.86
100824--100916	11	8.3	11	76	7	89	3	3	9	83	0.86
100822--100917	43	2.2	44	80	12	110	3	3	11	82	0.90
100824--100916	23	4.1	21	77	10	87	3	3	9	83	0.86
100836--100916	30	2.8	29	80	15	87	2	3	9	83	0.85
100824--100914	26	3.4	25	77	15	76	3	3	9	83	0.87
110081--110206	20	5.8	20	69	18	90	40	11	16	30	1.85
110837--110862	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
111234--111262	13	2.1	14	93	6	51	62	0	37	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111834--111872	7	5.3	7	88	11	60	82	0	0	17	0.68
119912--119937	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
119997--120069	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
119976--120052	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
119976--120069	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
120620--120715	48	2.0	48	97	0	183	25	28	8	38	1.84
122556--122594	13	3.0	13	88	0	60	35	12	17	33	1.88
124673--124703	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
128765--128790	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
128850--128922	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
128829--128922	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
128829--128905	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
137135--137429	164	1.8	161	81	7	364	32	10	7	49	1.64
137166--137591	164	2.6	163	82	8	476	31	10	6	51	1.62
138060--138091	9	3.7	9	95	4	57	81	0	12	6	0.87
139637--140089	155	2.9	154	80	5	500	26	15	18	39	1.90
143107--143211	20	5.7	19	77	19	89	28	14	16	40	1.87
143126--143153	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
143107--143172	33	2.0	33	100	0	132	27	15	15	42	1.86
143137--143212	39	1.9	39	86	5	109	28	14	17	39	1.89
143241--143294	20	2.7	20	85	8	74	35	11	18	35	1.86
150990--151043	20	2.7	21	82	8	76	35	14	12	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151072--151127	19	2.9	19	83	2	67	35	19	14	30	1.91
159499--159523	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
159480--159544	32	2.0	33	88	8	98	41	15	12	30	1.84
163690--163737	21	2.3	22	78	10	64	29	16	18	35	1.93
163768--163821	19	2.8	19	97	0	99	35	11	16	37	1.84
166105--166146	10	4.1	10	85	14	50	88	7	4	0	0.64
166086--166162	34	2.1	35	81	9	84	80	11	5	2	0.97
167303--167340	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
167476--167966	34	15.1	33	78	10	324	20	30	12	36	1.90
167445--167631	31	5.8	31	79	10	173	22	32	14	31	1.94
167537--167674	31	4.6	29	80	12	120	23	33	13	29	1.93
167599--167674	28	2.7	29	84	10	104	23	35	13	27	1.92
167685--167974	102	2.9	101	86	7	360	21	27	10	40	1.86
167970--168051	33	2.5	33	88	3	114	30	35	18	15	1.92
167989--168051	33	1.9	33	96	0	117	30	34	19	15	1.93
168054--169054	49	20.8	49	83	7	1205	25	25	17	31	1.97
168054--169054	98	10.4	97	91	2	1477	25	25	17	31	1.97
169788--169855	19	3.9	18	75	23	74	36	10	16	36	1.82
169790--169850	32	1.9	32	96	0	113	34	11	18	36	1.86
169809--169833	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183699--183775	20	3.8	20	77	0	82	29	14	14	41	1.85
197716--197789	32	2.3	34	86	9	109	83	10	4	1	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197716--197789	33	2.3	33	86	6	98	83	10	4	1	0.83
197716--197774	11	5.5	11	86	13	79	88	8	3	0	0.63
197708--197774	1	67.0	1	75	0	62	88	7	2	1	0.68
197716--197789	22	3.5	20	78	12	76	83	10	4	1	0.83
199009--200082	28	36.8	28	80	8	854	31	30	17	21	1.96
199009--200135	180	6.4	176	81	9	962	30	29	17	21	1.96
199009--200173	212	5.7	207	81	8	1126	30	29	17	21	1.96
199699--199762	30	2.4	25	71	24	67	28	31	18	21	1.97
204379--204555	51	3.7	49	79	16	219	39	12	19	28	1.88
204427--204554	20	6.8	20	73	20	125	39	11	19	29	1.87

Tables:   1   2   3