genome.fa.s268.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold268
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  336603

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 241 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204379--204554	91	1.9	91	95	0	316	39	12	19	28	1.88
207019--207082	29	2.2	30	83	8	78	26	1	1	70	1.05
207440--207562	63	2.0	63	87	4	178	38	14	3	43	1.62
209376--209400	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
210337--210562	42	5.7	39	81	8	233	20	36	6	36	1.79
212903--212936	11	3.3	11	84	16	54	58	0	0	41	0.98
212929--212968	21	2.0	20	85	14	55	40	0	0	60	0.97
212909--212969	10	5.9	11	78	12	51	47	0	0	52	1.00
212909--213033	41	3.1	40	76	20	125	48	0	0	50	1.06
212899--212993	51	1.9	48	83	10	120	48	0	0	51	1.00
213170--213222	20	2.7	20	91	5	81	28	0	5	66	1.15
213223--213282	26	2.2	26	79	5	66	63	0	1	35	1.05
221276--221515	59	4.1	58	76	6	234	47	13	10	28	1.75
221289--221515	118	1.9	118	81	8	275	46	13	10	29	1.76
222901--222945	22	2.0	23	86	8	65	77	0	4	17	0.92
222909--222951	19	2.3	19	80	11	54	76	0	2	20	0.89
223513--223562	25	2.0	25	100	0	100	40	16	8	36	1.77
230106--230188	30	2.9	29	82	5	96	27	26	15	30	1.96
230154--230294	28	5.0	28	84	0	183	31	32	17	19	1.94
230141--230294	84	1.8	84	85	2	220	32	32	16	18	1.93
230170--230419	28	8.6	28	81	6	169	28	31	22	18	1.97
230280--230487	93	2.3	90	81	5	240	26	29	24	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230272--230592	31	10.5	31	72	11	193	28	30	23	18	1.98
231461--231512	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
232212--232255	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
233493--233531	20	1.9	20	84	5	51	10	30	43	15	1.80
233967--234005	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
234225--234250	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
236101--236131	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
237935--237979	22	2.1	21	84	8	56	26	17	4	51	1.65
240190--240241	19	2.7	20	84	6	70	30	11	15	42	1.82
240688--240982	32	9.1	32	72	12	181	29	25	17	27	1.98
240683--240981	66	4.6	64	74	10	232	29	25	17	27	1.98
240683--240783	34	3.0	34	82	7	134	25	28	17	27	1.98
240692--240976	98	2.9	96	79	11	280	30	25	18	25	1.98
241844--241877	9	3.8	9	88	0	50	82	2	0	14	0.79
242971--243020	22	2.2	23	86	10	68	80	0	2	18	0.82
244886--244959	27	2.7	26	78	13	78	10	12	1	75	1.10
246325--246367	22	2.0	22	86	9	61	48	6	6	37	1.57
246498--246547	20	2.5	20	83	0	55	44	12	12	32	1.78
250165--250206	21	2.0	21	86	4	59	59	2	16	21	1.48
252862--252910	21	2.4	20	75	3	53	38	28	2	30	1.68
255400--255424	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
255378--255443	33	2.0	33	90	0	105	34	15	16	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255986--256053	35	2.0	34	88	2	100	30	13	26	29	1.94
260387--260423	11	3.5	11	85	7	58	35	5	0	59	1.20
260382--260423	21	2.1	21	91	8	70	33	4	0	61	1.17
271447--271569	59	2.1	59	100	0	246	24	17	14	43	1.87
273021--273046	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
278127--278199	21	3.5	21	80	0	83	13	8	36	41	1.75
278963--279221	129	2.0	129	96	1	484	38	14	19	26	1.91
281727--281765	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
281763--281797	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
282007--282410	207	2.0	204	92	1	673	32	11	24	32	1.90
283270--283307	18	2.1	18	85	9	51	2	18	0	78	0.86
284320--284351	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
284491--284607	59	2.0	59	100	0	234	31	13	23	30	1.93
286308--286346	19	2.1	19	95	0	69	35	10	12	41	1.77
290866--290926	28	2.2	28	82	14	81	29	21	26	22	1.99
290877--290931	28	2.0	28	92	0	92	30	16	29	23	1.96
290911--291079	51	3.3	51	83	6	184	33	11	24	30	1.90
290860--291324	212	2.2	208	84	3	617	33	13	25	27	1.94
291214--291454	83	3.0	80	90	5	351	39	12	21	25	1.89
291494--291561	28	2.4	28	97	0	127	27	22	26	23	1.99
291575--291756	52	3.4	52	77	9	172	35	12	22	29	1.90
294110--294404	55	5.2	56	80	7	280	26	20	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294118--294408	110	2.6	111	79	8	313	27	19	24	28	1.98
294430--294594	55	3.0	54	87	3	240	24	20	26	27	1.99
294281--294552	149	1.8	149	85	3	386	25	21	26	26	2.00
294223--294591	204	1.8	204	88	1	569	26	20	26	27	1.99
297603--297716	51	2.2	51	84	6	151	31	27	10	30	1.90
297699--297753	28	2.0	28	88	0	83	27	27	12	32	1.93
297535--297826	158	1.8	158	81	1	361	27	26	14	32	1.94
297704--297767	28	2.3	27	84	10	76	25	25	17	32	1.96
297651--297849	107	1.9	107	81	4	249	27	25	14	32	1.95
298141--298172	15	2.2	14	94	5	55	9	25	34	31	1.87
298209--298272	28	2.3	28	86	0	83	31	20	26	21	1.98
298222--298277	28	2.0	28	89	0	85	32	16	28	23	1.96
298260--298426	51	3.3	50	81	10	162	31	10	26	31	1.90
298470--298654	55	3.4	55	87	3	250	35	14	22	28	1.93
299836--299970	35	3.9	35	91	0	216	20	31	5	42	1.74
299840--299887	21	2.2	21	78	10	53	22	37	4	35	1.74
299977--300011	6	5.7	6	96	3	61	28	0	2	68	1.04
301596--301621	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
301576--301639	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
304998--305049	16	3.3	16	71	12	54	46	1	0	51	1.12
304983--305098	32	3.7	31	78	8	119	49	5	0	45	1.24
304978--305098	63	2.0	60	83	4	152	48	4	0	46	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304996--305098	31	3.3	31	82	5	120	50	3	0	45	1.20
306033--306072	18	2.3	17	87	8	62	52	0	0	47	1.00
306255--306299	21	2.1	21	84	8	56	44	0	15	40	1.47
306521--306565	18	2.5	19	75	20	51	66	2	0	31	1.04
306505--306597	43	2.1	45	80	11	104	64	1	1	33	1.08
306547--306625	29	3.0	26	74	15	81	67	0	1	31	0.99
311142--311225	33	2.6	32	83	5	96	21	22	9	46	1.80
311620--311752	14	9.7	14	69	19	84	44	9	21	25	1.81
311648--311740	29	3.5	26	73	22	77	43	8	21	26	1.81
311619--311752	52	2.5	52	84	6	169	44	9	20	25	1.82
311948--312028	8	10.4	8	75	10	51	30	1	1	66	1.07
312549--313098	127	4.3	126	79	5	518	34	19	29	16	1.94
312518--313098	42	13.8	42	73	5	384	35	19	28	16	1.94
312547--313098	169	3.3	169	80	5	467	34	19	28	16	1.94
319434--319557	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
319434--319577	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
319566--319590	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
319631--319697	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
319653--319677	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
320478--320763	49	5.7	52	83	10	289	33	16	24	25	1.95
320607--320675	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
320541--320769	49	4.7	49	87	8	326	31	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320775--321006	30	7.9	29	81	8	256	21	17	28	32	1.96
320774--321008	58	4.0	58	83	6	278	20	17	29	32	1.96
320774--321006	88	2.7	87	89	3	326	21	17	28	32	1.96
322446--322504	10	5.9	10	76	20	52	1	1	13	83	0.81
322447--322548	21	4.9	20	75	20	77	4	3	9	81	0.97
322445--322548	42	2.5	44	79	19	116	4	3	9	81	0.95
322444--322549	15	7.0	14	71	17	70	4	3	10	81	0.97
322450--322545	18	4.9	18	75	18	77	5	4	9	81	0.98
332238--332264	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
336440--336540	51	2.0	52	86	5	143	29	18	19	31	1.96

Tables:   1   2   3