genome.fa.s2681.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2681
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141227

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24--431	49	9.0	47	69	20	278	30	18	25	26	1.98
242--474	39	5.5	39	68	18	133	27	20	26	26	1.99
24--487	88	5.2	88	91	2	660	29	18	25	26	1.98
487--553	33	2.0	33	94	0	116	19	17	35	26	1.94
557--734	61	3.0	59	77	16	199	28	13	37	20	1.91
593--693	27	3.8	27	88	7	161	18	15	41	23	1.89
783--1216	95	4.6	93	84	7	545	32	15	30	22	1.94
769--1216	126	3.6	125	85	3	589	32	15	29	22	1.94
783--1216	31	13.8	31	85	8	513	32	15	30	22	1.94
2443--2493	6	8.5	6	79	16	52	1	0	13	84	0.71
2429--2488	13	4.5	13	81	8	68	1	0	15	83	0.73
9485--9509	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
9466--9529	33	1.9	33	90	6	103	37	10	17	34	1.85
10303--11231	49	19.4	49	77	9	808	31	17	25	24	1.97
10303--11246	101	9.9	101	86	4	928	31	17	25	25	1.97
10303--11231	150	6.5	147	77	8	799	31	17	25	24	1.97
11042--11274	39	5.5	39	68	18	142	27	19	26	27	1.99
10800--11287	88	5.5	88	90	1	672	28	18	26	26	1.98
11287--11353	33	2.0	33	97	0	125	19	17	34	28	1.95
11387--11494	27	4.0	27	88	0	162	24	14	38	22	1.91
11481--11554	33	2.2	33	80	4	85	33	12	33	20	1.89
11571--12017	95	4.7	93	85	6	578	31	14	31	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11561--12017	126	3.6	126	88	2	652	31	14	30	22	1.94
11571--12017	31	14.2	31	84	7	546	31	14	31	22	1.94
12865--12904	14	2.9	13	82	10	53	77	0	0	22	0.77
12902--13001	14	8.2	14	62	28	50	41	6	33	20	1.76
12895--13030	35	3.9	34	98	1	254	44	5	30	19	1.74
12922--12987	21	3.5	21	69	26	74	43	6	30	19	1.75
12899--13047	35	4.6	29	89	7	129	44	6	30	18	1.73
14245--14320	27	2.8	25	84	9	89	25	32	19	22	1.97
14272--14512	79	3.1	79	92	0	410	27	25	14	31	1.95
15545--16219	55	12.0	54	83	8	834	27	29	20	22	1.99
15452--17103	149	10.2	164	79	12	1521	26	29	20	24	1.99
16136--16311	94	1.9	94	91	2	291	25	30	19	24	1.98
16239--16428	55	3.4	54	82	8	245	28	28	20	22	1.99
16028--17044	209	4.9	208	81	8	1188	25	29	20	24	1.99
15453--16834	264	5.1	270	79	13	1095	26	29	20	23	1.99
16448--16577	55	2.4	55	88	2	190	28	26	23	21	1.99
16494--16668	94	1.9	94	86	2	253	26	28	20	25	1.99
16597--16836	55	4.4	55	87	1	347	27	28	23	20	1.99
16597--16836	110	2.2	110	93	1	410	27	28	23	20	1.99
16850--17103	54	4.4	56	87	5	300	25	27	20	25	1.99
17230--17333	42	2.5	41	80	9	113	16	28	11	43	1.83
17763--17790	6	4.7	6	100	0	56	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17763--17795	18	1.9	17	88	11	50	72	0	0	27	0.85
17803--17937	14	11.2	14	60	30	53	41	5	32	20	1.76
17796--18033	35	6.9	35	96	3	441	43	5	31	19	1.74
17823--17958	21	7.5	21	64	30	98	43	5	30	19	1.75
19255--19327	27	2.6	28	85	12	98	24	34	20	20	1.97
19283--19615	79	4.2	79	92	0	567	26	26	15	31	1.96
19547--19693	51	2.8	51	78	7	163	26	23	13	36	1.92
19547--19693	52	2.9	50	77	10	154	26	23	13	36	1.92
21101--21150	6	8.3	6	79	20	52	2	0	14	84	0.72
21086--21150	12	5.3	11	81	18	67	4	0	13	81	0.84
22347--22374	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
22329--22394	33	2.0	33	85	5	89	40	13	16	28	1.87
22426--22488	19	3.6	19	68	24	66	36	17	11	34	1.85
22420--22488	32	2.2	32	94	0	120	37	17	10	34	1.83
24652--24694	22	2.0	22	90	0	68	37	9	9	44	1.69
27141--27195	19	2.8	19	86	5	74	38	12	12	36	1.82
27141--27194	20	2.8	20	88	2	74	38	12	12	35	1.82
27396--27424	12	2.4	12	100	0	58	58	24	0	17	1.38
31089--31137	21	2.3	21	89	0	71	20	6	4	69	1.27
31626--31665	18	2.2	18	95	0	71	20	40	7	32	1.80
33382--33438	13	3.8	13	72	27	51	33	15	15	35	1.90
33375--33459	33	2.6	33	100	0	170	34	15	15	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33395--33458	20	3.5	20	72	27	79	31	15	15	37	1.89
34208--34242	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
35680--36163	167	2.9	164	76	9	469	48	8	11	30	1.70
35980--36004	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
38781--39153	157	2.4	155	80	1	379	38	19	18	24	1.93
39394--39661	148	1.8	148	83	4	362	36	14	13	35	1.85
40710--40738	10	3.0	10	95	5	51	0	17	0	82	0.66
42061--42085	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
42041--42105	33	2.0	33	88	11	98	30	18	15	35	1.92
42248--42297	21	2.3	22	80	10	59	48	16	8	28	1.74
42515--42938	167	2.5	168	81	5	477	51	7	10	30	1.65
45572--45597	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
45785--45828	23	1.9	23	81	9	54	45	13	2	38	1.56
46218--46258	20	2.0	22	90	9	68	34	26	2	36	1.70
47964--48010	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
48132--48170	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
54354--54379	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
54913--55237	97	3.4	96	82	3	361	25	20	15	39	1.91
64198--64241	16	3.1	13	79	20	52	77	0	18	4	0.94
65529--65713	30	6.1	30	82	4	185	27	28	12	31	1.93
65745--66048	33	9.3	32	79	6	263	33	27	15	23	1.95
65745--66095	65	5.4	65	80	4	345	33	27	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65752--66048	98	3.0	98	78	2	312	32	27	15	23	1.95
65752--66095	32	10.6	33	79	5	308	32	27	16	22	1.96
66097--66437	58	5.9	58	88	3	438	25	24	14	34	1.94
66413--66605	52	3.7	52	78	1	190	26	20	14	38	1.91
67475--67590	51	2.2	52	86	1	153	27	16	14	41	1.87
70784--70833	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
71218--71308	20	4.6	19	78	13	87	36	14	18	30	1.91
71217--71308	39	2.3	40	83	9	109	35	15	18	30	1.92
78350--78396	15	3.1	15	93	0	76	27	27	2	42	1.67
80041--80096	19	2.9	19	86	2	76	37	12	17	32	1.88
81233--81263	10	3.1	10	100	0	62	19	9	0	70	1.14
80977--81427	165	2.8	162	79	9	486	30	11	9	48	1.71
82903--82928	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
87104--87179	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
87103--87188	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
87094--87212	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
95136--95200	33	2.0	32	82	11	78	36	20	12	30	1.89
95251--95276	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
95849--95892	23	2.0	23	86	8	65	40	20	4	34	1.73
97589--97638	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
97596--97638	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
102304--102346	3	14.3	3	95	0	77	30	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102306--102351	9	5.1	9	94	0	56	26	32	2	39	1.68
103961--103985	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103939--103999	20	3.4	20	68	29	64	29	18	18	34	1.94
104035--104089	19	2.8	20	80	5	67	36	18	14	30	1.91
104905--104962	11	5.7	10	77	18	50	79	5	0	15	0.90
104905--104947	20	2.2	20	91	0	68	79	6	0	13	0.93
106244--106403	31	5.3	31	77	9	100	28	26	11	33	1.91
106275--106403	31	4.3	29	81	11	127	27	26	11	34	1.91
106394--106769	33	11.7	32	74	6	260	31	26	17	24	1.97
106411--106767	65	5.6	63	77	6	252	31	27	17	23	1.97

Tables:   1   2