genome.fa.s2685.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2685
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  205725

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3631--3691	13	5.2	13	68	22	53	42	14	11	31	1.81
3613--3711	33	3.0	33	94	2	164	43	13	12	31	1.80
3645--3713	20	3.8	20	69	25	71	42	11	11	34	1.78
6794--6848	20	2.8	20	74	0	56	36	10	14	38	1.81
6744--6879	71	1.9	71	84	0	182	42	10	16	30	1.82
7307--7333	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
7317--7373	19	2.9	19	84	2	78	33	14	17	35	1.90
7403--7455	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
10582--10652	15	4.9	14	75	18	65	83	11	2	2	0.87
10581--10647	14	4.9	13	75	12	55	82	10	2	4	0.93
10582--10652	9	7.4	9	76	12	54	83	11	2	2	0.87
10582--10645	28	2.4	25	87	7	83	84	9	3	3	0.84
11366--11637	61	4.3	61	80	10	271	25	22	17	34	1.96
11532--11750	113	1.9	112	88	4	325	26	23	14	35	1.94
11709--12126	62	6.6	62	83	7	446	26	24	15	33	1.95
11636--12120	190	2.5	190	84	4	584	26	23	15	33	1.95
11644--12126	128	3.8	124	81	8	506	26	23	15	33	1.95
13838--13973	50	2.7	51	85	7	181	38	13	19	27	1.89
15141--15175	15	2.3	15	85	0	52	82	11	0	5	0.82
15875--16034	62	2.6	61	84	5	189	26	21	16	35	1.94
15963--16183	113	1.9	115	88	5	333	24	21	17	36	1.94
16075--16567	62	7.7	62	82	7	524	25	23	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16079--16567	128	3.8	126	82	7	508	25	23	16	34	1.95
16069--16567	190	2.6	189	86	5	655	25	23	16	34	1.96
17457--17577	51	2.4	51	85	1	172	41	12	17	28	1.86
17457--17592	50	2.7	51	80	3	159	39	13	18	28	1.88
18737--18805	14	4.8	14	77	16	70	82	8	5	2	0.92
18735--18810	26	2.8	26	79	11	82	82	7	6	2	0.91
18734--18814	19	4.3	18	76	14	67	82	7	7	2	0.91
19489--19761	66	4.3	62	81	7	282	26	22	18	32	1.97
19489--20248	127	6.1	124	73	13	490	26	21	17	34	1.96
19662--19874	113	1.9	113	87	0	309	25	20	19	34	1.96
19592--19936	175	2.0	171	81	9	403	25	22	17	34	1.96
19760--20220	62	7.3	64	74	11	312	26	21	16	35	1.94
19766--20253	189	2.6	191	78	11	498	26	22	16	35	1.95
21678--21796	51	2.3	51	88	4	168	31	17	12	37	1.87
24156--24692	79	6.8	79	79	6	536	27	21	13	37	1.90
24163--24692	161	3.4	157	82	7	610	27	21	13	37	1.90
28263--28559	146	2.0	146	81	4	341	31	19	11	37	1.88
29294--29603	159	2.0	160	78	1	336	31	16	14	37	1.88
33689--33873	76	2.4	76	84	6	234	28	24	9	37	1.87
37851--37981	52	2.5	52	91	0	208	29	17	19	32	1.95
37851--38001	52	2.9	51	86	3	196	31	17	19	31	1.95
37990--38014	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38077--38101	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
38055--38121	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
38967--39260	52	6.1	49	82	10	306	32	18	25	23	1.97
39079--39261	43	4.1	43	80	8	213	31	18	26	24	1.98
39033--39270	92	2.6	92	88	4	338	31	18	25	23	1.97
39266--39419	32	4.7	32	86	5	202	18	18	33	29	1.94
39266--39419	66	2.4	65	89	7	224	18	18	33	29	1.94
39434--40103	31	20.7	31	79	10	566	32	13	32	21	1.92
39429--40100	109	6.9	93	78	13	510	32	13	32	21	1.92
39434--39940	126	4.0	123	83	8	565	31	13	33	21	1.92
39791--40018	39	6.2	38	83	10	278	39	10	31	19	1.85
40031--40139	31	3.5	30	82	7	121	33	14	29	22	1.94
41085--41143	17	3.7	15	75	20	57	0	5	11	83	0.81
41085--41142	27	2.2	27	84	3	73	0	5	10	84	0.77
48347--48371	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48358--48402	21	2.1	21	100	0	90	35	8	17	37	1.81
51832--51857	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54058--54102	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
55906--55936	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
62440--62489	17	2.8	18	79	11	59	82	4	10	4	0.94
64606--64819	103	2.1	103	85	3	288	29	19	11	39	1.86
66871--67029	68	2.3	68	95	0	291	44	23	10	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74504--74915	156	2.6	155	79	7	413	38	21	16	23	1.93
75051--75084	17	2.1	16	89	10	52	44	11	14	29	1.81
76123--76167	19	2.3	19	88	3	63	0	15	2	82	0.77
76123--76169	21	2.2	21	92	3	76	0	14	2	82	0.75
76133--76169	19	1.9	19	94	0	65	0	16	0	83	0.64
76661--77444	167	4.8	162	80	7	727	50	7	11	31	1.65
86627--86660	16	2.1	16	100	0	68	29	17	5	47	1.71
86707--86740	3	11.3	3	93	0	59	29	32	0	38	1.58
88335--88362	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
88450--88527	33	2.4	33	91	0	120	41	15	15	28	1.87
88483--88509	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
94172--94970	404	2.0	404	98	0	1535	35	9	26	29	1.87
95399--95472	20	3.8	20	71	16	75	39	10	17	32	1.84
96377--96443	32	2.1	32	88	0	98	29	17	25	26	1.98
96383--96725	28	11.9	28	83	6	384	21	17	31	30	1.96
97986--98064	1	79.0	1	75	0	59	0	2	11	86	0.68
112043--112113	20	3.5	20	78	0	79	40	14	12	32	1.83
117336--117756	52	8.1	51	73	6	267	33	19	24	23	1.97
117494--117761	103	2.6	102	81	7	308	33	19	24	22	1.97
117967--118185	31	7.4	31	71	14	147	26	21	24	26	2.00
118276--118332	29	2.0	29	89	0	87	24	15	28	31	1.96
122668--122720	20	2.6	21	88	8	74	30	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122751--122806	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
122791--122817	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
123344--123393	26	2.0	24	84	7	64	20	24	4	52	1.63
123345--123400	26	2.2	26	80	6	60	23	23	3	50	1.65
123390--123429	18	2.2	18	86	0	53	40	22	2	35	1.68
125462--125525	30	2.1	30	82	11	76	54	23	1	20	1.53
127397--127429	16	2.1	16	88	11	50	9	21	18	51	1.73
133322--133380	16	3.4	17	75	17	59	3	23	0	72	0.99
135268--135633	85	4.3	85	79	3	337	46	12	21	19	1.83
135261--135698	85	5.2	84	77	7	334	46	13	21	18	1.83
135519--135670	43	3.6	43	73	10	141	48	11	21	18	1.79
135182--135659	170	2.8	169	77	5	439	45	12	22	19	1.84
135692--135859	80	2.1	81	84	3	214	40	13	26	19	1.89
135723--135855	40	3.3	41	77	10	148	40	13	27	18	1.88
135858--136119	46	5.7	46	77	3	181	39	11	26	22	1.87
135827--136150	46	7.1	45	77	5	141	41	11	25	21	1.87
140160--140299	51	2.7	51	84	4	174	44	12	12	30	1.79
140179--140298	51	2.3	52	89	1	188	43	11	13	31	1.80
140766--141067	90	3.3	88	84	6	363	31	12	24	31	1.92
140766--141096	91	3.6	91	83	4	409	31	11	25	31	1.91
151054--151078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
151032--151099	33	2.1	33	89	8	104	30	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151168--151192	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
158619--158650	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
161483--161536	9	6.3	9	72	12	51	46	0	38	14	1.45
161447--161555	41	2.6	42	89	1	157	45	0	39	13	1.50
161456--161555	42	2.4	41	91	1	155	44	1	40	15	1.53
161456--161577	42	2.9	41	78	14	124	45	1	40	13	1.53
167115--167662	157	3.4	157	78	12	462	50	9	11	28	1.68
167250--167669	164	2.6	156	80	9	465	52	8	10	28	1.65
168696--169338	83	7.6	84	76	7	380	36	15	28	19	1.92
169002--169323	169	1.9	171	80	3	373	36	16	26	20	1.94

Tables:   1   2