genome.fa.s2721.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2721
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  153572

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1659--1714	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
1766--1830	34	2.0	33	90	6	105	46	15	12	26	1.81
5881--5911	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
7991--8041	13	3.9	13	97	0	93	33	19	15	31	1.93
13266--13386	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
13266--13406	52	2.7	52	85	4	187	29	17	19	34	1.94
13395--13419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13461--13527	33	2.0	33	85	0	89	40	14	11	32	1.83
14278--14882	49	12.7	49	81	9	675	31	17	25	25	1.97
14322--14887	92	6.1	92	87	3	785	31	17	25	25	1.97
14875--15166	32	9.0	32	85	8	371	19	18	33	28	1.95
14882--15166	66	4.3	66	88	6	420	19	18	33	28	1.96
14875--15165	98	3.0	97	92	3	462	19	18	33	28	1.95
15162--15704	34	17.4	30	73	17	289	30	13	34	21	1.92
15162--15452	120	2.4	114	82	12	325	28	13	35	22	1.92
15387--15704	102	3.3	98	78	14	331	31	13	34	19	1.91
15272--15703	222	1.9	221	83	9	558	29	13	35	21	1.92
15590--15730	31	4.6	29	73	17	99	26	14	39	19	1.91
15489--15632	61	2.4	61	91	1	236	31	13	34	19	1.91
15610--15735	67	1.9	67	89	0	198	29	14	36	19	1.91
15550--15766	98	2.3	93	83	7	251	29	15	35	20	1.93
15715--15834	63	1.9	62	85	8	163	29	17	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15615--15835	31	6.9	31	75	12	171	28	15	34	20	1.93
15557--15829	98	2.9	97	80	10	221	29	15	34	20	1.94
27180--27300	52	2.3	52	92	0	206	28	17	17	36	1.93
27180--27320	52	2.7	52	84	4	178	29	17	18	34	1.93
27309--27333	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27397--27421	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27375--27441	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
27981--28036	20	2.8	20	88	0	76	37	16	16	30	1.90
28088--28151	21	3.6	19	72	27	68	43	15	12	28	1.83
28106--28131	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28088--28151	34	1.9	33	93	6	112	43	15	12	28	1.83
33474--33548	20	3.8	20	76	3	71	42	12	12	33	1.79
33471--33548	40	2.0	39	87	2	111	42	12	11	33	1.79
41498--41545	20	2.4	20	96	0	87	27	12	14	45	1.81
43252--43297	24	1.9	24	95	0	83	34	10	17	36	1.85
46672--46696	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
46652--46716	33	2.0	33	81	6	78	36	12	18	32	1.88
47519--47823	152	2.0	150	84	6	402	30	10	8	49	1.67
47600--48009	159	2.6	154	81	8	399	29	8	9	52	1.63
47719--48062	159	2.1	162	81	7	421	28	8	9	53	1.63
49596--49873	152	1.8	152	92	0	466	35	11	9	43	1.73
50089--50503	154	2.7	154	82	2	411	23	16	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49994--50525	155	3.4	154	79	3	489	23	16	19	39	1.92
51300--51728	150	2.8	149	79	7	422	22	16	23	37	1.93
52608--53244	155	4.1	155	77	8	509	22	17	21	38	1.93
52687--53244	155	3.6	151	79	6	538	22	17	22	38	1.93
52688--53244	305	1.8	305	81	5	687	22	16	22	38	1.93
54094--54684	155	3.9	149	79	7	530	23	16	22	37	1.93
55497--55967	150	3.1	150	76	7	434	22	16	22	38	1.93
56886--57441	155	3.6	154	78	8	537	22	17	21	38	1.93
59231--59786	155	3.6	154	78	7	544	22	17	22	38	1.93
59150--59853	155	4.6	151	77	7	535	22	17	21	38	1.93
60635--61190	155	3.6	154	78	7	553	22	17	22	38	1.93
60635--61257	155	4.1	151	79	6	544	22	17	21	38	1.93
62039--62594	155	3.6	154	78	7	544	22	17	22	38	1.93
61958--62661	155	4.6	151	77	7	535	22	17	21	38	1.93
63550--63893	150	2.3	150	80	6	379	23	14	21	39	1.91
67493--67632	58	2.4	58	82	7	160	27	16	13	42	1.86
67820--68411	76	7.7	76	72	9	310	33	14	18	33	1.91
67937--68330	153	2.6	150	79	5	387	32	15	18	33	1.92
75751--75779	14	2.1	14	100	0	58	27	24	6	41	1.80
75806--75831	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
81187--81251	32	2.0	32	93	0	112	24	24	12	38	1.90
81208--81333	52	2.4	52	97	0	243	29	19	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81312--81356	23	2.0	22	91	4	72	31	20	13	35	1.91
81365--81390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
83309--83679	106	3.5	104	82	7	444	39	8	20	31	1.82
86364--86402	12	3.1	12	79	13	51	17	7	5	69	1.32
86364--86418	14	4.1	14	72	9	51	20	7	7	65	1.41
90026--90051	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
90006--90069	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
92582--92619	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
94702--94732	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
96153--96178	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
96217--96292	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
96238--96310	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
96217--96310	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
98753--98791	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
98777--98815	20	2.0	20	94	0	69	51	10	15	23	1.73
102703--102747	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
104960--104985	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
105024--105099	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
105045--105117	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
105024--105117	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
108755--108780	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122844--122894	20	2.5	20	84	6	68	43	13	13	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123090--123115	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
123144--123199	19	2.9	19	89	2	85	37	14	17	30	1.90
123836--123884	21	2.3	21	89	0	71	42	22	2	32	1.65
128214--128272	13	5.0	13	73	23	67	38	13	16	30	1.88
128193--128289	33	2.9	33	92	3	133	40	13	16	29	1.87
128226--128289	20	3.5	20	72	27	79	39	10	18	31	1.86
129071--129162	47	2.0	47	84	0	121	33	17	27	21	1.96
129176--129536	48	7.9	48	73	13	285	31	18	23	26	1.97
129224--129388	39	4.0	38	75	17	150	27	20	24	27	1.99
129175--129529	87	4.0	86	86	4	413	31	18	23	26	1.98
129348--129536	49	3.9	47	73	7	146	32	16	23	27	1.96
129621--129738	35	3.3	36	88	3	159	45	11	27	15	1.81
129705--129890	76	2.4	76	90	0	300	34	14	27	23	1.93
129857--129925	35	2.0	35	100	0	138	39	11	31	17	1.85
129777--130024	111	2.3	108	92	3	415	34	14	29	21	1.93
129669--130005	187	1.8	187	91	1	559	35	14	27	21	1.93
129964--130030	32	2.1	32	91	0	107	38	11	31	17	1.87
130042--130143	28	3.6	28	82	10	143	16	16	32	34	1.92
131596--131650	25	2.2	25	84	12	69	0	5	10	83	0.79
131578--131650	17	4.3	17	74	10	60	0	5	13	80	0.87
139615--140664	523	2.0	523	95	0	1877	20	24	20	35	1.96
144594--144618	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144659--144725	33	2.0	33	85	0	89	38	14	11	34	1.84
145503--145629	67	1.9	68	81	4	159	40	10	23	25	1.86
145687--145754	21	3.2	20	66	25	50	29	16	26	27	1.97
145642--146065	49	8.7	49	86	4	565	30	17	26	25	1.97
146125--146216	35	2.7	35	83	5	116	38	10	29	21	1.88
146194--146364	29	5.9	29	82	6	161	22	16	30	29	1.96
146230--146370	28	5.0	28	82	7	160	19	18	31	31	1.95
146211--146373	57	2.9	56	82	5	193	20	16	31	31	1.95
147807--147842	15	2.4	15	90	9	56	0	0	13	86	0.58

Tables:   1

The End!