genome.fa.s2750.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2750
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  130699

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410--2482	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2465--2635	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
2618--2699	28	2.9	28	80	7	87	24	30	17	28	1.97
4144--4269	50	2.5	51	85	2	173	28	19	11	41	1.85
6345--6369	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6325--6391	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
6445--6593	52	2.9	51	87	4	217	33	17	16	32	1.93
9730--9825	48	2.0	48	97	0	183	18	17	14	48	1.80
20484--20549	1	66.0	1	75	0	60	87	9	3	0	0.63
20482--20549	10	7.1	10	78	9	79	86	10	2	0	0.67
21989--22045	29	1.9	30	85	3	80	24	29	17	28	1.97
22023--22114	35	2.7	36	81	8	120	20	28	11	39	1.88
22088--22211	28	4.3	29	85	9	157	36	29	16	17	1.92
22327--22416	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
22277--22458	92	1.9	94	92	3	305	26	25	16	31	1.96
22370--22523	52	2.9	53	79	6	168	24	24	16	34	1.95
22714--22835	52	2.3	55	81	9	162	25	25	13	36	1.92
22370--22934	174	3.3	174	77	8	693	23	26	14	36	1.93
22463--23100	169	3.7	170	78	8	720	22	27	14	36	1.93
22367--23068	344	2.0	344	96	0	1280	23	27	13	36	1.92
23787--23811	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29680--29811	48	2.8	48	91	0	201	35	19	25	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29889--30055	56	3.0	53	80	13	140	26	18	26	28	1.98
29964--30273	28	10.6	28	82	6	314	23	18	30	28	1.97
29970--30254	121	2.4	117	81	9	321	23	17	30	28	1.97
30250--30615	27	13.4	27	82	6	323	30	15	30	22	1.95
30235--30615	82	4.6	82	80	6	389	30	16	30	22	1.96
30261--30615	109	3.2	108	84	2	442	31	16	30	21	1.95
31894--31982	45	2.0	43	83	12	110	8	12	10	68	1.39
37593--37634	21	2.0	21	86	13	59	23	19	9	47	1.78
39941--40094	2	85.0	2	72	25	130	44	1	1	51	1.20
39916--40095	32	5.5	33	72	19	110	43	1	1	52	1.20
39941--40094	9	17.0	10	73	24	130	44	1	1	51	1.20
39914--40087	5	34.4	5	77	19	123	44	1	1	52	1.21
40763--40792	15	2.0	15	100	0	60	26	46	0	26	1.53
41789--41831	21	2.0	21	81	4	50	58	2	4	34	1.32
42606--42647	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
45130--45158	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
45550--45594	21	2.1	21	88	8	65	22	0	0	77	0.76
45548--45585	7	5.4	7	84	12	51	21	0	0	78	0.74
45557--45595	14	2.8	14	84	11	53	23	0	0	76	0.78
45689--45735	15	3.1	14	80	19	51	46	2	0	51	1.13
45692--45737	16	2.9	16	82	17	53	50	2	0	47	1.13
46045--46116	10	7.2	11	68	25	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46038--46126	29	2.9	31	79	15	87	64	0	0	35	0.94
46048--46139	31	3.0	30	83	15	93	61	0	0	38	0.96
46037--46150	40	2.8	39	81	16	110	61	0	0	38	0.96
46082--46159	31	2.5	32	85	6	97	55	1	0	43	1.08
57027--57076	18	2.6	21	75	21	63	44	0	0	56	0.99
57017--57081	18	3.4	18	70	17	51	44	0	0	55	0.99
57293--57338	20	2.2	22	84	7	60	47	0	2	50	1.13
57282--57330	25	2.0	25	84	8	64	48	2	0	48	1.12
58373--58398	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62804--62840	15	2.6	15	87	8	51	8	0	24	67	1.17
63414--63499	40	2.1	41	93	2	147	48	1	0	50	1.08
64311--64345	13	2.8	13	91	4	54	60	0	2	37	1.12
64338--64426	9	9.7	9	70	10	56	59	0	0	40	0.97
64348--64392	19	2.4	19	88	3	65	64	0	0	35	0.94
64340--64408	29	2.4	28	86	9	95	60	0	0	39	0.97
64338--64393	19	3.2	17	78	11	60	66	0	0	33	0.92
64340--64399	27	2.1	29	90	6	97	61	0	0	38	0.96
68477--68514	6	6.3	6	85	11	51	2	18	15	63	1.43
68931--68985	24	2.3	24	78	12	60	65	0	1	32	1.03
69539--69597	27	2.2	26	82	11	75	42	11	3	42	1.58
72301--72341	20	2.0	20	85	0	55	73	0	0	26	0.84
75520--75557	16	2.4	16	86	8	51	36	0	10	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76509--76535	10	2.7	10	100	0	54	85	0	7	7	0.75
78784--79383	44	13.6	44	70	10	343	20	22	15	40	1.90
78787--79295	88	5.8	87	80	3	502	20	23	15	40	1.90
78779--79295	176	2.9	175	84	1	624	20	23	15	41	1.90
78787--79386	88	6.8	87	74	11	392	21	22	15	40	1.91
79319--79414	44	2.2	42	81	10	104	25	17	17	39	1.91
79497--79764	43	6.2	43	75	10	197	17	25	16	41	1.90
79526--80080	43	12.7	43	71	13	267	18	25	16	39	1.91
79526--80080	86	6.4	86	72	12	346	18	25	16	39	1.91
80195--80310	41	2.8	42	66	10	94	16	19	15	48	1.81
80203--80375	83	2.1	82	80	7	190	19	20	15	44	1.87
81952--81980	14	2.0	15	93	6	51	34	0	0	65	0.93
82497--82525	11	2.7	11	94	5	51	27	6	0	65	1.18
83745--84420	311	2.2	313	80	6	743	25	15	20	38	1.92
83618--84420	155	5.2	154	76	5	623	25	15	20	38	1.92
84008--84420	156	2.7	155	79	5	476	26	15	18	38	1.91
89652--89713	22	2.9	22	95	2	108	33	17	11	37	1.86
89652--89724	22	3.5	21	90	5	87	34	16	10	38	1.84
91901--92240	165	2.1	166	87	4	499	28	7	16	47	1.73
92203--92277	28	2.6	28	81	8	89	38	1	16	44	1.56
92826--93114	155	1.9	154	79	6	334	24	12	20	41	1.88
93005--93281	153	1.8	154	82	0	358	23	15	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95838--95862	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
97090--97209	52	2.3	52	86	0	159	28	13	14	44	1.82
104780--104836	16	3.6	16	79	9	71	35	14	15	35	1.88
108843--108961	51	2.3	51	80	0	148	32	12	25	29	1.92
108946--109016	28	2.5	28	88	0	97	26	19	30	22	1.98
109004--109233	51	4.5	51	85	2	277	34	10	24	30	1.88
111499--111606	20	5.8	18	74	23	75	41	14	15	27	1.87
111519--111588	33	2.1	33	94	0	122	41	15	17	25	1.89
111499--111605	53	2.0	52	84	10	137	42	14	15	27	1.87
111538--111568	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
111624--111649	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
111790--111843	20	2.7	20	100	0	108	33	14	14	37	1.88
112474--112575	42	2.4	43	85	9	138	44	14	27	13	1.83
112592--112784	61	3.3	58	84	9	241	24	21	27	26	1.99
112591--113006	215	1.9	215	85	2	568	26	20	28	25	1.99
112804--113055	55	4.3	61	83	6	262	23	21	27	27	1.99
114131--114191	8	7.5	8	78	14	63	0	3	11	85	0.72
114151--114203	6	9.7	6	80	19	71	0	0	13	86	0.56
114131--114205	1	75.0	1	70	0	51	0	2	12	85	0.70
114131--114202	31	2.3	30	90	7	108	0	2	12	84	0.72
114132--114197	15	4.3	15	88	7	98	0	3	12	84	0.72
118584--118616	14	2.4	14	90	10	50	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118974--119003	15	2.1	14	93	6	51	56	13	0	30	1.37
121373--121412	10	3.8	10	83	9	53	2	57	0	40	1.12
121608--121659	27	2.0	24	82	10	59	5	65	0	28	1.16
122361--122405	24	1.9	23	82	13	56	4	64	4	26	1.32
123235--124237	10	97.2	10	65	21	139	5	75	2	17	1.09
123240--124240	11	89.6	11	67	21	186	5	75	2	16	1.09
123251--123364	19	5.9	19	75	17	85	3	81	0	14	0.87
123241--123363	27	4.6	27	73	16	87	3	80	0	15	0.89
123235--123362	42	3.3	40	77	20	130	3	78	0	17	0.92
123464--123614	31	4.9	29	68	20	74	3	75	3	17	1.09

Tables:   1   2