genome.fa.s278.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold278
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  230431

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565--2603	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2725--2771	22	2.3	20	78	10	51	36	19	4	40	1.71
4401--4481	29	2.8	29	100	0	162	34	0	30	34	1.58
5141--5166	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
5123--5186	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
7969--8024	18	3.2	17	80	7	58	39	10	8	41	1.71
7975--8024	18	2.8	18	84	0	64	42	10	8	40	1.68
8355--8414	20	3.0	20	76	18	70	50	5	1	43	1.34
8806--9212	198	2.0	201	88	3	606	41	8	6	43	1.61
9460--9495	16	2.3	16	90	4	56	44	5	11	38	1.63
9487--9555	11	6.0	11	80	9	84	60	1	1	36	1.14
9505--9568	22	2.8	21	78	21	67	62	1	0	35	1.05
14963--15098	66	2.1	66	92	0	227	30	6	22	41	1.79
15424--15522	51	1.9	51	89	0	153	26	11	16	46	1.80
25972--26012	21	2.0	21	100	0	82	29	12	39	19	1.88
37248--37335	32	2.6	34	81	15	103	43	1	1	54	1.15
37252--37362	20	5.5	19	78	13	80	41	2	0	54	1.20
38804--38875	20	3.7	19	77	3	63	30	12	12	44	1.79
40193--40259	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
40738--40763	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
41249--41363	56	2.1	56	100	0	230	32	27	10	29	1.90
42614--42638	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45831--45897	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
46376--46401	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
46887--47001	56	2.1	56	100	0	230	32	27	10	29	1.90
48252--48276	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
51469--51535	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
52014--52039	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
53772--53815	20	2.2	20	87	4	61	22	18	18	40	1.91
66206--66260	29	1.9	28	85	10	76	49	1	20	29	1.59
66553--66622	34	2.1	34	97	0	131	37	5	10	47	1.61
67796--67848	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
69886--69918	16	2.1	16	88	5	50	54	3	9	33	1.47
73997--74032	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87
74153--74198	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
76471--76526	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
76596--76621	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
76578--76642	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
77397--77422	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
77511--77535	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78202--78258	20	2.8	21	86	2	71	38	7	19	35	1.79
78292--78412	52	2.3	52	84	8	158	27	15	14	42	1.85
81287--81628	97	3.5	97	86	1	445	27	24	13	33	1.93
82934--82966	7	4.7	7	100	0	66	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84000--84087	27	3.5	26	67	17	78	32	17	20	29	1.95
83989--84090	48	2.1	48	92	3	170	31	15	21	31	1.95
85135--85225	19	4.7	19	82	5	85	28	17	13	40	1.87
85255--85324	33	2.1	33	84	5	88	35	11	18	34	1.87
91430--91477	13	4.2	13	70	29	54	41	14	14	29	1.85
94089--94141	19	2.7	19	88	2	70	32	15	11	41	1.82
94621--94664	23	1.9	23	86	9	63	29	6	22	40	1.80
98165--98194	11	2.7	11	100	0	60	66	10	10	13	1.44
99524--99566	22	2.0	22	90	9	70	46	6	9	37	1.63
99666--99727	32	1.9	33	90	3	99	30	16	14	38	1.88
99968--100124	72	2.2	72	96	0	287	27	15	17	39	1.90
99989--100143	72	2.2	72	89	0	229	28	16	16	38	1.90
102597--102632	16	2.4	15	86	13	56	30	16	2	50	1.60
102680--102748	10	6.0	11	76	18	61	26	1	4	68	1.17
102680--102743	23	2.7	24	83	9	69	26	1	4	67	1.19
102921--102949	13	2.1	14	93	6	51	82	0	6	10	0.83
110176--110511	80	4.2	79	78	5	282	30	28	11	30	1.91
112133--112196	29	2.2	30	83	5	78	31	10	7	50	1.66
112883--112936	19	2.8	19	82	2	63	29	14	16	38	1.89
112982--113033	13	4.5	13	71	26	53	34	13	15	36	1.87
119903--119984	26	3.2	26	63	22	64	54	7	7	30	1.55
119893--119993	51	2.0	51	96	0	184	55	6	5	31	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124119--124171	24	2.3	23	84	12	72	0	22	0	77	0.77
124119--124159	21	2.0	20	95	4	73	0	21	0	78	0.76
127394--127432	19	2.1	19	100	0	78	33	15	10	41	1.81
128936--128961	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
128916--128979	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
129603--129643	20	2.0	22	90	9	68	34	26	2	36	1.70
130420--130466	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
130590--130626	13	2.8	13	95	0	65	37	16	16	29	1.90
133095--133141	19	2.4	19	96	3	85	44	14	17	23	1.85
136820--136870	20	2.6	20	90	3	77	25	13	17	43	1.86
138753--139054	143	2.1	143	85	4	414	43	8	10	38	1.70
140013--140066	26	2.1	25	83	13	65	0	25	0	74	0.83
142077--142452	85	4.4	85	82	2	461	45	13	21	18	1.84
142128--142264	42	3.2	42	71	8	116	45	10	24	20	1.82
142034--142452	170	2.5	170	84	3	524	45	13	21	19	1.85
142690--142796	47	2.2	48	80	6	119	42	12	18	26	1.85
143900--143970	30	2.4	30	92	0	115	28	16	8	46	1.76
143927--144058	71	1.9	70	82	1	165	32	15	8	43	1.76
145249--145303	20	2.8	20	91	8	87	40	16	10	32	1.83
152314--152350	18	2.1	17	90	5	56	81	8	2	8	0.97
152780--153174	213	1.9	214	92	0	675	35	19	14	30	1.92
153870--153991	34	3.6	34	78	5	140	24	30	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153880--154098	66	3.4	66	77	6	243	24	30	11	33	1.91
153880--154147	32	8.7	32	73	8	141	24	30	12	32	1.92
154008--154181	27	6.2	27	80	10	179	25	28	12	33	1.92
154113--154650	28	18.1	28	71	15	237	27	27	17	27	1.97
154271--154405	60	2.2	60	89	5	200	28	25	17	29	1.97
154271--154446	62	2.9	62	85	7	213	27	26	18	27	1.98
154167--154650	211	2.3	208	81	9	532	27	27	17	27	1.98
154516--154670	84	1.8	84	84	4	204	27	29	16	26	1.97
155886--155996	50	2.2	50	88	3	161	29	14	9	46	1.75
159226--159267	16	2.7	16	88	3	59	0	14	9	76	1.02
159935--159970	15	2.3	15	90	4	54	0	8	2	88	0.59
162941--163004	33	2.0	32	87	3	92	26	12	20	40	1.88
163046--163098	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
163645--163690	23	2.0	23	91	4	76	36	28	0	34	1.58
165554--165592	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
165789--165819	8	3.8	8	95	4	53	61	22	0	16	1.34
166657--166738	39	2.1	39	100	0	164	13	15	17	53	1.73
178192--178271	40	2.0	40	97	0	151	37	25	16	21	1.93
179500--179627	6	21.5	6	77	15	106	83	11	3	1	0.83
179500--179637	13	10.9	12	75	17	113	83	11	2	2	0.85
179500--179637	30	4.6	28	75	19	118	83	11	2	2	0.85
179501--179624	1	124.0	1	69	0	77	84	10	3	1	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181084--181266	29	6.4	29	81	5	183	32	27	15	24	1.95
181261--181335	35	2.2	35	86	11	102	22	34	9	33	1.86
181326--181453	28	4.4	28	78	7	107	35	28	16	18	1.93
182508--182573	19	3.8	19	73	22	81	33	10	19	36	1.86
182509--182569	32	1.9	32	100	0	122	32	9	21	36	1.86
186796--186844	21	2.4	21	80	10	57	28	16	16	38	1.90
191380--191417	18	2.1	18	90	0	58	44	2	23	28	1.67
191975--192001	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
191985--192041	19	2.9	19	84	2	69	36	15	14	33	1.88
192070--192124	20	2.7	21	83	11	69	36	12	16	34	1.87

Tables:   1   2