genome.fa.s280.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold280
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  318473

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 223 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166676--166982	28	10.9	29	82	4	353	21	16	29	31	1.96
166670--166984	57	5.6	56	88	2	391	21	16	29	31	1.96
167005--167178	28	6.2	28	85	1	89	25	19	27	27	1.99
166973--167318	84	4.1	84	83	2	268	24	17	28	29	1.97
167025--167342	28	11.5	28	86	1	408	23	18	28	28	1.98
167025--167342	55	5.7	56	86	1	408	23	18	28	28	1.98
167026--167342	83	3.8	83	86	1	411	23	18	29	29	1.98
169367--169399	5	6.8	5	93	6	59	81	0	0	18	0.68
172022--172047	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
172002--172065	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
174603--174628	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
178541--178585	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
181154--181179	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
183554--183600	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
183726--183764	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
183750--183828	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
185847--185877	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
187681--187725	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
189943--189968	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
190738--190789	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
190738--190795	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
190829--190884	20	2.8	20	88	0	76	30	16	16	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189537--191153	802	2.0	807	94	2	2874	32	14	15	37	1.88
195896--196321	108	3.9	108	80	4	437	29	18	19	32	1.96
197971--198011	19	2.2	19	86	8	57	17	0	9	73	1.09
200350--200737	79	4.9	78	80	3	438	27	25	13	33	1.93
209041--209209	83	2.0	83	97	0	320	33	17	26	22	1.96
209714--209753	20	2.0	20	85	4	55	15	25	0	60	1.35
213260--213305	8	5.8	8	85	10	67	84	15	0	0	0.62
213400--213439	21	1.9	21	100	0	80	40	35	10	15	1.80
214634--214683	19	2.6	19	83	3	64	40	12	16	32	1.84
215555--215845	61	4.8	60	89	5	419	26	27	18	26	1.98
218005--218764	79	9.6	79	81	4	809	26	22	14	36	1.93
218697--218817	50	2.4	51	86	4	156	28	21	11	38	1.88
218619--218868	129	1.9	130	83	7	323	28	19	11	40	1.87
226169--226234	35	1.9	35	93	3	116	31	22	12	33	1.91
226461--226513	20	2.7	20	94	5	90	7	16	15	60	1.57
226690--226727	20	1.9	20	100	0	76	36	21	10	31	1.87
230209--230300	48	2.0	46	88	0	121	16	20	19	43	1.88
230504--230641	42	3.3	42	79	6	143	18	25	15	40	1.90
230615--230807	85	2.3	85	81	7	205	17	29	19	33	1.95
230668--230807	43	3.3	42	85	2	190	17	30	18	33	1.94
230906--230986	42	1.9	42	82	5	101	11	22	22	44	1.84
231100--231370	84	3.2	84	80	2	319	22	27	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231383--231668	84	3.4	84	69	3	232	18	24	12	45	1.84
231610--231745	42	3.2	42	73	4	121	16	22	16	44	1.86
231333--231700	169	2.2	170	79	3	422	18	25	13	42	1.87
233136--233409	143	1.9	145	83	9	355	27	10	9	52	1.66
235526--235552	14	1.9	14	100	0	54	44	7	22	25	1.79
235959--236638	156	4.4	154	79	6	624	23	16	21	38	1.93
239187--239211	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
239277--239301	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
239310--239430	52	2.3	52	95	0	215	34	18	19	28	1.95
246653--246694	16	2.6	17	92	7	70	92	7	0	0	0.37
246655--246693	12	3.3	12	96	3	71	94	5	0	0	0.29
246655--246694	1	40.0	1	89	0	62	95	5	0	0	0.29
247683--248790	96	11.4	96	84	9	1221	20	32	13	33	1.91
247694--248790	387	2.8	380	90	5	1618	20	32	13	32	1.91
248380--248762	34	11.8	28	68	25	149	20	33	13	32	1.91
247668--248790	483	2.3	473	85	7	1435	21	32	13	32	1.92
247697--248816	35	34.4	34	73	19	710	20	33	13	32	1.91
248798--248938	34	4.2	34	92	0	223	29	36	15	19	1.92
248798--248938	67	2.1	67	90	2	221	29	36	15	19	1.92
252428--252482	20	2.8	20	85	0	74	45	9	10	34	1.71
257146--257199	20	2.7	20	85	8	74	29	16	12	40	1.86
258368--258401	16	2.1	17	88	5	52	47	2	0	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262585--262855	61	4.6	60	70	14	179	36	13	24	25	1.92
262818--262885	21	3.2	21	65	19	50	30	14	26	27	1.95
262816--262993	43	3.9	43	72	12	104	32	17	25	25	1.97
263007--263095	32	2.7	34	87	3	128	17	19	29	33	1.95
263136--263236	29	3.2	33	75	15	113	34	17	29	17	1.94
264707--264739	15	2.3	15	90	10	52	3	0	9	87	0.63
268071--268095	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
276723--276753	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
276703--276769	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
276798--276854	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
276839--276865	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
276820--276884	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
285503--285555	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
285585--285641	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
285607--285671	33	2.0	32	87	3	94	41	16	15	26	1.88
287741--287808	17	4.1	17	73	5	68	32	1	32	33	1.67
288347--288371	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
288326--288405	33	2.4	33	93	0	142	28	17	17	36	1.93
288380--288404	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
294596--294662	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
295120--295145	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
295100--295163	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295840--295885	21	2.2	21	84	7	58	26	30	2	41	1.68
296257--296318	30	2.0	31	90	3	99	35	30	4	29	1.78
299889--299955	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
301346--301402	28	2.0	28	96	0	105	24	17	12	45	1.83
305921--305997	21	3.7	21	82	3	93	33	11	18	36	1.87
306033--306100	19	3.9	19	78	21	85	35	10	14	39	1.80
306035--306095	32	1.9	32	96	0	113	34	9	16	39	1.82
306140--306165	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
306120--306186	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
306696--306727	16	1.9	17	93	6	57	87	12	0	0	0.54
306697--306729	10	3.4	10	87	4	50	90	9	0	0	0.44
308742--308926	54	3.5	53	77	14	186	28	25	11	34	1.91
308527--308926	105	3.8	103	72	11	276	28	26	13	32	1.93
308909--308985	28	2.8	28	85	0	100	23	32	19	24	1.97
308536--309034	265	1.9	265	91	2	815	27	26	13	31	1.94

Tables:   1   2

The End!