genome.fa.s280.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold280
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  318473

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 223 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
955--980	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
966--1045	20	3.8	20	76	15	79	42	13	15	28	1.85
4887--4931	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
7149--7174	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7129--7192	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
14854--14901	20	2.3	22	89	7	73	33	4	18	43	1.69
21477--21699	79	2.8	78	83	4	277	38	11	22	28	1.88
24947--25252	30	10.4	30	80	6	236	25	16	31	27	1.96
24947--25246	58	5.1	58	83	4	345	24	16	31	28	1.96
24947--25246	88	3.4	87	80	8	313	24	16	31	28	1.96
28073--28124	20	2.6	20	78	0	59	26	23	17	32	1.96
28155--28244	20	4.6	18	73	15	65	37	13	16	32	1.88
36965--37013	20	2.5	20	73	6	55	26	18	12	42	1.85
37039--37094	19	2.9	19	86	2	85	41	14	14	30	1.85
42697--42964	80	3.4	80	81	7	294	33	14	24	27	1.94
42577--42843	130	2.0	132	84	5	346	33	13	24	28	1.93
42697--42984	160	1.8	159	80	5	348	35	13	23	27	1.93
44876--44951	37	2.1	37	89	0	116	22	15	18	43	1.88
44885--44945	18	3.3	18	67	13	52	18	16	18	47	1.83
48121--48193	20	3.7	20	78	8	78	41	19	10	28	1.85
50463--50509	23	2.2	21	85	14	62	48	0	19	31	1.49
50631--50656	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50772--50820	21	2.2	22	78	14	55	59	18	2	20	1.48
52617--52642	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
52599--52662	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
54797--54841	21	2.1	21	84	8	56	51	4	17	26	1.65
58852--58897	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
60352--60395	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
60621--60656	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
61316--61341	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
61298--61361	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
65988--66015	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
70295--70325	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
70275--70341	33	2.0	33	85	5	91	37	17	11	32	1.87
70370--70410	20	2.0	21	95	4	75	34	19	12	34	1.89
70391--70417	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
70802--70845	20	2.2	20	83	4	52	77	0	2	20	0.88
71695--71730	18	2.0	18	100	0	72	77	5	11	5	1.10
78391--78555	88	1.9	87	82	5	206	23	19	11	46	1.82
79269--79671	47	8.6	47	74	8	275	22	23	17	37	1.94
79466--79645	95	1.9	95	86	2	254	25	19	16	38	1.92
79775--79912	42	3.3	42	74	7	118	20	25	13	40	1.89
79792--81516	84	20.6	84	76	6	1063	19	26	16	38	1.92
80123--81575	42	34.7	42	70	10	620	19	25	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80249--80488	83	2.9	84	84	2	286	18	26	17	37	1.93
79991--80832	293	2.9	292	78	3	827	19	26	15	37	1.92
79742--81575	126	14.6	126	73	6	923	19	25	16	38	1.92
81643--81752	41	2.6	41	81	2	112	15	20	19	45	1.85
81687--81766	41	2.0	41	85	5	108	12	21	21	45	1.84
82296--82335	20	2.1	18	86	9	53	82	0	5	12	0.82
83050--83107	25	2.3	25	82	5	64	68	8	18	3	1.30
83628--83674	11	3.9	12	80	5	51	61	21	8	8	1.51
93018--93059	22	1.9	22	85	0	57	21	9	9	59	1.57
93196--93303	51	2.1	52	84	1	137	42	14	16	25	1.87
93272--93325	20	2.7	20	88	0	81	48	9	14	27	1.75
93385--93423	20	2.0	20	100	0	78	35	20	5	38	1.75
97806--97923	52	2.3	52	95	0	209	28	18	17	34	1.94
97825--97943	52	2.3	52	89	2	186	29	18	19	32	1.96
97932--97956	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98023--98047	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
98926--99539	49	12.7	49	85	5	840	29	17	26	25	1.98
98971--99544	190	3.0	191	89	3	858	29	17	27	25	1.98
99539--99679	34	4.2	34	93	0	241	19	17	36	27	1.93
99539--99679	67	2.1	67	93	2	239	19	17	36	27	1.93
99883--100779	63	14.0	62	78	14	846	33	13	32	21	1.92
99687--100782	387	2.8	380	90	5	1600	33	13	32	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100080--100710	291	2.2	288	89	5	997	33	13	32	21	1.92
100080--100793	96	7.4	96	89	5	1133	33	13	31	21	1.92
101774--101810	17	2.1	17	90	5	56	0	5	8	86	0.70
109034--109154	52	2.3	52	95	0	215	28	19	18	34	1.95
109034--109174	52	2.7	51	85	6	194	29	18	18	33	1.95
109163--109187	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
109254--109278	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
110156--110769	49	12.7	49	86	5	858	30	18	26	25	1.98
110201--110774	190	3.0	191	90	3	867	29	17	27	25	1.98
110769--110909	34	4.2	34	93	0	241	19	17	36	27	1.93
110769--110909	67	2.1	67	93	2	239	19	17	36	27	1.93
110946--111211	131	2.0	129	87	9	380	32	13	33	19	1.91
110891--111464	98	5.8	98	76	15	465	32	12	33	20	1.91
111113--111471	125	2.8	125	86	8	481	33	13	32	20	1.91
110917--111469	63	8.4	65	81	11	455	33	13	33	20	1.91
111617--111737	52	2.3	52	95	0	215	28	19	18	34	1.95
111617--111757	52	2.7	51	85	6	194	29	18	18	33	1.95
111746--111792	13	4.1	12	76	18	55	36	12	17	34	1.87
111837--111861	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112749--112801	19	2.7	20	85	2	81	33	15	18	32	1.92
112790--112814	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112770--112834	32	2.0	32	87	0	94	36	15	15	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115406--115512	47	2.3	47	95	0	187	33	16	14	35	1.89
119643--119696	21	2.6	21	100	0	108	35	18	7	38	1.79
121591--121615	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
121988--122013	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122063--122131	33	2.1	33	89	5	104	34	13	14	37	1.85
130189--130229	21	1.9	21	85	5	55	41	4	31	21	1.74
130918--130971	20	2.7	20	88	5	74	33	12	16	37	1.87
132067--132120	20	2.7	20	82	8	65	33	14	11	40	1.82
134388--134421	13	2.6	13	85	0	50	38	14	11	35	1.83
134368--134434	33	2.0	33	88	5	100	34	17	10	37	1.85
134484--134536	19	2.7	19	91	2	79	39	18	16	24	1.91
134484--134556	20	3.7	19	85	5	92	35	19	19	26	1.95
137917--137942	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
138789--138828	20	2.0	20	100	0	80	55	5	15	25	1.60
140499--140537	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
142616--142646	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
146707--146732	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
147113--147158	21	2.2	21	81	14	51	47	10	10	30	1.73
155191--155220	15	1.9	16	93	6	53	60	10	0	30	1.30
155282--155323	17	2.5	17	88	0	57	59	4	9	26	1.48
155347--155405	27	2.3	27	88	5	95	62	5	6	25	1.41
155359--155403	13	3.4	13	75	6	54	60	6	6	26	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157544--157583	2	19.5	2	94	5	71	47	0	2	50	1.14
159792--160076	147	1.9	147	80	4	324	39	14	14	32	1.85
159792--160115	147	2.2	147	78	6	318	39	14	13	32	1.85
162422--162486	33	1.9	33	84	3	85	35	13	15	35	1.87
162559--162688	51	2.5	51	91	0	206	27	15	14	42	1.86
163966--164365	108	3.7	107	81	3	444	27	18	21	33	1.96
163966--164365	215	1.9	217	83	2	536	27	18	21	33	1.96
165965--166003	19	2.0	20	90	5	62	15	0	5	79	0.90
165974--166013	15	2.8	15	92	7	66	12	0	5	82	0.82
165918--166004	33	2.5	33	73	12	86	12	1	12	73	1.15

Tables:   1   2