genome.fa.s300.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold300
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  363256

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 270 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174440--174464	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
175981--176009	12	2.4	12	100	0	58	51	6	0	41	1.28
177747--177816	33	2.1	33	84	10	90	65	0	0	34	0.93
177757--177810	26	2.2	26	87	12	78	68	0	0	31	0.90
177747--177899	6	24.7	6	67	20	66	58	1	0	39	1.09
177757--177813	20	3.0	20	84	7	73	68	0	0	31	0.90
186435--186496	29	2.2	27	75	11	63	53	1	3	41	1.27
186664--186697	13	2.5	14	85	9	52	44	2	0	52	1.16
187767--187829	11	5.6	11	79	7	65	65	1	1	31	1.12
187819--187860	16	2.5	17	75	17	52	59	2	0	38	1.10
190705--190797	47	2.0	45	89	8	143	44	2	10	43	1.51
194059--194089	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
195712--195750	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
195849--195884	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
196160--196240	33	2.5	31	78	7	90	56	0	1	41	1.07
196180--196231	23	2.2	24	86	6	72	57	0	0	42	0.98
196301--196338	19	2.0	19	94	0	67	36	0	2	60	1.11
197405--197442	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
197850--197886	2	18.5	2	88	0	56	45	2	2	48	1.30
198177--198219	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
198417--198442	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
204674--204707	5	6.4	5	93	6	50	0	41	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205154--205193	19	2.1	19	85	4	53	45	2	0	52	1.14
205427--205468	17	2.5	16	85	11	57	54	0	0	45	0.99
206399--206433	17	2.2	16	90	10	54	40	0	0	60	0.97
209131--209173	22	2.0	22	86	9	61	51	0	0	48	1.00
209306--209376	23	2.9	24	76	18	58	53	1	2	42	1.24
210553--210603	23	2.2	23	82	6	59	58	5	1	33	1.33
210867--210917	21	2.4	21	77	6	59	39	0	1	58	1.09
210973--211002	11	2.7	11	89	0	51	53	0	0	46	1.00
211589--211655	30	2.2	31	97	2	127	49	0	0	50	1.00
211565--211660	19	4.9	21	71	23	66	47	0	0	52	1.00
211589--211674	11	8.0	11	74	17	74	47	0	0	52	1.00
211639--211682	13	3.4	13	87	6	54	45	2	0	52	1.13
211665--211705	21	2.0	21	85	0	55	53	2	0	43	1.13
212215--212242	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
212445--212496	18	3.1	18	78	13	65	28	0	5	65	1.16
212446--212488	22	2.0	22	90	0	68	27	0	6	65	1.18
213706--213746	22	2.0	20	85	9	55	31	0	0	68	0.90
214054--214133	21	3.7	21	77	11	81	45	0	1	53	1.08
214258--214328	36	2.0	36	94	0	124	47	2	0	49	1.16
223697--223747	26	1.9	27	84	11	70	37	0	0	62	0.95
224335--224372	20	1.9	20	88	0	58	23	5	0	71	1.07
224448--224482	14	2.4	15	95	4	63	57	0	2	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224926--224952	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
227821--227876	20	2.8	20	88	0	94	25	16	17	41	1.89
227858--227887	13	2.3	13	94	0	51	30	13	16	40	1.87
230212--230291	28	2.8	28	84	3	88	22	27	18	31	1.97
230252--230450	79	2.5	79	86	0	263	29	26	12	31	1.93
230404--230480	28	2.8	28	88	7	113	23	32	19	24	1.97
230331--230557	107	2.1	108	90	2	359	28	27	13	30	1.94
230432--230585	80	1.9	80	88	2	229	27	26	14	31	1.95
230432--230614	80	2.3	80	83	1	215	26	27	15	30	1.96
234290--234340	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
234393--234417	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
246444--246477	7	4.9	7	89	10	52	88	0	0	11	0.52
247495--247739	94	2.6	94	91	2	402	25	29	18	26	1.98
247658--248159	61	8.4	60	83	6	569	26	27	20	26	1.99
247658--248159	123	4.2	121	83	7	566	26	27	20	26	1.99
247662--248145	184	2.7	182	85	6	632	26	27	19	27	1.99
248761--248790	13	2.3	13	94	0	51	30	20	13	36	1.90
251130--251195	28	2.4	28	80	10	73	21	24	22	31	1.98
251156--251359	79	2.6	79	86	1	275	29	24	12	33	1.92
251128--251479	187	1.9	187	86	4	505	28	25	12	33	1.93
251348--251523	80	2.2	80	82	2	201	28	28	12	30	1.93
251237--251468	107	2.2	107	84	2	313	29	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253233--253277	9	5.2	9	77	17	51	53	0	0	46	1.00
253241--253293	12	4.3	12	76	21	56	54	0	0	45	0.99
253236--253279	17	2.6	18	89	7	65	52	0	0	47	1.00
253260--253295	11	3.2	11	84	7	54	61	0	0	38	0.96
253433--253467	16	2.2	16	90	5	54	31	0	0	68	0.90
253463--253514	24	2.1	24	82	3	59	50	3	0	46	1.20
253793--253837	20	2.1	22	84	8	58	33	2	0	64	1.06
255586--255644	10	5.6	10	81	16	59	79	0	3	16	0.86
255588--255644	15	3.8	14	75	20	53	78	0	3	17	0.88
258258--258363	8	12.9	8	70	22	69	39	0	0	59	1.04
258258--258345	26	3.3	26	75	15	74	43	1	0	55	1.07
258256--258352	18	5.4	18	75	15	94	41	1	0	57	1.05
258243--258396	14	9.8	15	68	26	65	38	1	0	59	1.06
258331--258394	20	3.2	20	77	8	58	34	0	0	65	0.93
258251--258406	63	2.3	69	78	14	168	41	0	0	58	1.03
258613--258655	5	8.8	5	80	14	54	34	0	0	65	0.93
258613--258707	18	5.3	18	74	14	63	38	0	0	61	0.96
258648--258709	16	3.7	16	78	21	65	41	0	0	58	0.98
258616--258675	22	2.7	23	86	2	77	38	0	0	61	0.96
258932--258972	19	2.1	19	86	4	55	56	0	0	43	0.99
259863--259922	30	1.9	32	93	6	106	43	0	1	55	1.10
260225--260262	20	1.9	20	100	0	76	31	0	15	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261918--261960	15	2.9	14	82	10	50	67	0	2	30	1.03
262557--262594	16	2.3	17	86	4	51	39	0	2	57	1.12
262745--262795	25	2.0	25	88	7	77	25	3	0	70	1.04
263131--263178	23	2.1	23	88	7	71	66	0	2	31	1.03
263153--263219	19	3.4	19	70	13	55	59	0	0	40	0.97
264012--264062	20	2.5	20	80	0	66	52	0	3	43	1.19
268959--268999	20	2.1	19	86	4	55	39	0	2	58	1.11
269157--269192	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
272299--272333	17	2.1	16	89	10	52	28	2	0	68	1.04
275155--275196	17	2.5	17	84	3	50	69	4	0	26	1.08
276218--276342	20	5.7	20	69	18	88	29	16	12	41	1.85
277201--277239	20	1.9	21	94	5	71	20	10	10	58	1.59
279856--279889	16	2.1	16	100	0	68	55	17	5	20	1.62
280247--280289	19	2.2	20	87	4	61	41	2	6	48	1.43
282431--282465	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
285218--285282	24	2.7	23	79	11	60	46	7	7	38	1.61
285418--285460	11	3.8	11	81	6	59	55	13	2	27	1.51
290110--290271	82	2.0	82	91	0	261	39	1	11	46	1.51
290620--290671	23	2.2	24	89	6	88	63	1	0	34	1.06
294034--294080	13	3.7	13	82	2	60	23	2	2	72	1.06
295165--295197	16	2.0	17	94	5	59	12	12	21	54	1.69
296305--296348	22	2.0	22	90	0	70	45	2	2	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296550--296617	16	4.2	16	75	3	57	8	11	26	52	1.67
296829--296855	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
297812--297869	28	2.0	29	96	3	109	17	17	6	58	1.59
299211--299248	19	2.0	19	100	0	76	21	10	21	47	1.80
312828--312922	49	1.9	49	95	0	172	27	33	14	24	1.94
320540--320564	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
322169--322201	16	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
327040--327096	20	2.6	22	86	8	73	36	0	0	63	0.95
327622--327653	17	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
327615--327663	14	3.3	14	79	20	55	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3