genome.fa.s307.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold307
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  622582

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1118--1160	19	2.2	20	83	4	52	39	4	9	46	1.57
3829--4054	108	2.1	111	90	3	359	34	16	7	42	1.76
4272--4309	2	19.5	2	89	5	60	47	2	0	50	1.15
4441--4471	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
5944--5968	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
10364--10533	90	1.9	90	82	6	218	41	22	15	20	1.89
15941--16000	3	20.3	3	96	3	113	68	0	0	31	0.90
17068--17092	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17210--17247	3	12.7	3	94	0	67	34	2	0	63	1.09
18125--18172	21	2.3	21	88	0	69	31	2	6	60	1.33
19627--19684	9	6.8	8	75	13	53	48	0	0	51	1.00
19619--19676	17	3.4	17	97	0	107	50	0	0	50	1.00
19619--19666	9	5.6	9	80	9	64	52	0	0	47	1.00
19661--19712	20	2.5	20	78	9	61	42	0	0	57	0.98
19741--19774	11	3.2	11	83	8	52	29	0	0	70	0.87
19665--19774	21	5.4	20	69	20	77	36	0	0	62	1.01
19871--19905	4	9.0	4	87	6	54	77	0	22	0	0.78
19872--19907	16	2.2	17	95	5	65	80	0	19	0	0.71
19938--20007	26	2.7	24	81	14	77	30	1	2	65	1.15
20081--20118	17	2.2	17	86	13	51	47	0	5	47	1.24
25245--25300	28	2.0	27	82	6	67	53	0	0	46	1.00
25902--25972	32	2.2	33	87	5	101	33	2	5	57	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26287--26410	64	2.0	64	87	3	180	49	6	17	26	1.71
31004--31192	93	2.1	92	87	4	274	43	5	15	34	1.71
32527--32619	46	2.0	46	100	0	186	37	17	15	30	1.90
36013--36062	24	2.2	22	86	10	66	34	0	0	66	0.92
36194--36230	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
37304--37335	17	1.9	17	93	6	57	56	6	18	18	1.62
37708--37743	13	2.8	13	86	0	54	80	5	0	13	0.88
39575--39612	18	2.0	20	90	10	62	52	0	0	47	1.00
40039--40069	13	2.3	14	94	5	55	58	0	0	41	0.98
39974--40075	11	8.6	11	69	18	53	56	0	1	40	1.17
40040--40076	13	2.9	13	81	18	51	59	0	0	40	0.97
41845--41891	24	2.0	24	91	0	76	8	17	23	51	1.72
41880--41990	57	1.9	57	85	3	152	18	10	21	48	1.78
42936--42978	16	2.6	17	82	7	54	51	2	2	44	1.27
43058--43165	16	7.1	15	72	10	85	56	2	1	38	1.25
43058--43165	31	3.5	29	75	15	92	56	2	1	38	1.25
44716--44767	22	2.5	20	82	14	61	26	3	0	69	1.06
44723--44780	22	2.5	23	81	13	66	31	5	0	63	1.16
46100--46150	17	2.9	17	85	2	66	43	1	0	54	1.11
46501--46549	17	2.6	20	84	12	68	53	0	0	46	1.00
46495--46552	28	2.1	29	84	12	77	55	0	0	44	0.99
47941--47995	19	2.9	19	75	0	56	45	0	9	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48902--48992	17	5.4	17	71	17	73	51	0	0	48	1.00
48899--48974	29	2.5	30	82	16	86	51	0	0	48	1.00
49714--49771	29	2.0	29	100	0	116	41	6	20	31	1.79
49800--49833	16	2.1	16	100	0	68	17	5	38	38	1.74
57527--57851	58	5.6	57	72	10	180	47	12	8	31	1.70
57738--57821	20	4.3	19	73	10	62	57	7	1	34	1.34
57784--57951	58	2.9	58	76	4	153	44	17	8	29	1.78
57784--58000	116	1.9	117	80	4	260	44	15	9	30	1.78
57963--58102	59	2.4	59	82	9	153	53	9	8	28	1.62
60228--60347	56	2.1	56	81	0	141	33	16	8	41	1.78
60645--60686	21	1.9	23	85	9	61	38	4	7	50	1.51
60944--60981	18	2.1	18	95	0	67	39	10	21	28	1.86
64325--64349	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
64606--64652	25	1.9	25	95	4	87	27	17	8	46	1.76
66776--66856	8	9.9	8	72	24	62	30	0	2	66	1.05
66792--66830	20	1.9	21	94	5	71	35	0	5	58	1.20
66833--66874	17	2.3	19	88	12	61	28	2	0	69	1.01
66776--66855	23	3.6	23	70	16	53	31	0	2	66	1.05
67368--67405	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
67887--67940	13	4.6	12	73	17	51	35	0	3	61	1.14
77505--77530	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80340--80383	12	3.6	12	78	6	52	79	6	2	11	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80735--80779	20	2.3	19	82	14	56	46	6	6	40	1.56
81582--81650	34	1.9	34	88	8	102	47	0	2	49	1.16
81617--81660	22	2.1	22	87	8	65	47	0	0	52	1.00
81529--81684	56	2.7	57	70	20	137	40	0	1	57	1.15
81922--81947	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
83169--83301	6	21.2	6	70	14	72	45	0	0	54	1.05
83153--83203	19	2.6	20	72	12	52	45	0	0	54	0.99
83151--83317	38	4.2	39	72	13	92	44	0	0	53	1.09
86747--86799	21	2.4	23	79	17	60	52	1	5	39	1.36
87522--87546	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
87537--87594	18	3.6	17	77	17	61	29	0	3	67	1.07
87506--87594	31	2.8	31	76	8	83	30	0	2	67	1.03
90657--90696	21	1.9	21	84	0	53	62	10	0	27	1.27
93667--93715	21	2.3	22	79	10	57	32	24	4	38	1.74
93840--93935	48	2.0	48	91	4	158	51	7	10	31	1.63
97477--97516	14	2.8	14	84	3	53	32	5	15	47	1.66
97477--97523	15	3.2	15	84	3	60	31	6	12	48	1.66
101510--101548	18	2.3	18	91	8	64	25	0	0	74	0.82
101541--101577	19	1.9	19	88	0	56	35	5	0	59	1.20
101743--101787	23	1.9	24	95	4	83	28	0	0	71	0.87
101738--101788	23	2.2	23	85	3	75	31	0	1	66	1.03
101751--101800	23	2.2	23	85	7	66	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102353--102384	9	3.7	9	95	4	57	93	0	6	0	0.34
112476--112521	21	2.2	21	100	0	92	43	10	4	41	1.59
112607--112651	21	2.1	21	91	0	72	37	26	6	28	1.82
113469--113506	17	2.3	16	90	4	58	52	0	7	39	1.31
113595--113655	22	2.8	22	80	7	63	63	4	1	29	1.24
113586--113769	11	17.1	11	68	20	56	60	4	0	34	1.21
113702--113750	9	5.4	9	81	15	57	65	0	0	34	0.93
113702--113770	20	3.6	19	75	21	63	60	0	0	39	0.97
113706--113789	39	2.2	37	83	6	107	64	2	0	33	1.07
113806--113864	16	3.7	16	80	13	68	0	32	0	67	0.91
113841--113870	13	2.3	13	94	0	51	0	23	0	76	0.78
114076--114114	19	2.1	19	90	9	62	43	2	0	53	1.14
114076--114115	20	2.1	19	90	4	62	45	2	0	52	1.14
114386--114418	14	2.3	15	94	5	59	54	0	0	45	0.99
115529--115567	17	2.3	17	81	0	51	64	2	2	30	1.21
116385--116446	11	5.9	11	72	14	51	66	0	1	32	1.02
116393--116491	30	3.3	31	72	17	75	61	0	1	37	1.03
116426--116488	28	2.3	27	79	15	67	60	0	1	38	1.07
116437--116502	22	3.0	22	78	13	73	54	0	0	45	0.99
118391--118416	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
123568--123602	10	3.3	10	85	14	52	57	0	0	42	0.99
123568--123603	12	3.2	12	92	7	58	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123785--123878	28	3.6	25	75	9	80	31	7	13	46	1.71
123861--123907	24	1.9	24	91	4	76	19	8	23	48	1.75
128378--128510	27	5.2	25	75	12	108	21	7	24	46	1.77
128436--128505	24	2.9	24	89	6	88	21	8	25	44	1.80
133448--133550	14	7.1	14	73	11	75	37	0	0	60	1.10
133448--133501	7	7.6	7	77	4	54	33	0	1	64	1.04
135355--135426	20	3.7	20	74	9	60	51	0	0	48	1.00
135398--135452	14	3.5	15	76	23	60	54	0	0	45	0.99
135761--135789	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
138480--138521	11	3.7	12	78	12	52	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5