genome.fa.s307.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold307
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  622582

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138480--138606	8	15.6	8	70	21	70	32	2	1	63	1.16
138295--138544	23	10.6	23	64	21	74	34	0	2	61	1.16
141452--141483	14	2.4	14	90	10	50	37	0	0	62	0.95
141781--141806	11	2.4	11	100	0	52	26	0	7	65	1.20
142405--142467	16	3.5	18	75	16	51	33	1	1	63	1.13
142534--142577	20	2.1	22	91	8	74	38	2	0	59	1.10
143472--143508	10	3.7	10	88	0	56	48	5	0	45	1.25
144298--144340	14	2.9	15	79	10	52	72	2	0	25	0.97
146493--146541	17	3.0	17	77	14	50	28	0	16	55	1.42
147657--147930	145	1.9	143	84	3	363	32	8	10	48	1.68
147939--147972	14	2.4	14	85	0	50	35	0	2	61	1.11
155663--155698	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
156049--156092	23	1.9	23	81	9	54	43	4	4	47	1.44
157765--157815	22	2.3	23	80	10	61	49	0	1	49	1.12
157744--157904	86	1.8	87	89	5	252	45	3	4	46	1.38
158632--158701	22	3.3	21	69	15	54	54	2	12	30	1.53
159344--159386	19	2.3	19	87	0	59	41	4	13	39	1.66
162013--162302	145	2.0	144	95	0	526	33	12	25	27	1.93
164576--164652	20	3.8	20	75	13	77	38	11	16	32	1.85
165261--166486	28	43.4	28	87	3	1620	21	17	31	28	1.96
165261--166486	57	21.7	56	87	3	1620	21	17	31	28	1.96
165261--166486	85	14.5	84	86	3	1575	21	17	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174725--174815	20	4.6	20	88	2	112	39	15	13	31	1.86
174742--174795	12	5.2	12	68	32	52	35	18	11	35	1.86
175104--175207	51	2.0	52	84	1	138	37	10	8	43	1.70
175509--175551	22	2.0	22	85	0	59	51	4	11	32	1.59
180693--180755	18	3.5	17	79	18	65	46	0	1	52	1.10
180708--180746	17	2.2	19	86	13	57	48	0	0	51	1.00
185226--185342	20	5.7	20	74	9	92	32	15	13	38	1.87
185334--185392	28	2.1	28	93	0	100	33	13	16	35	1.88
192418--192489	23	3.3	21	77	13	65	70	6	15	6	1.30
192426--192465	20	1.9	21	85	10	55	80	7	10	2	1.00
193818--194371	28	19.9	28	82	3	496	27	29	14	28	1.95
193819--194349	165	3.2	166	83	4	597	27	29	13	29	1.94
193927--194843	28	32.6	28	82	5	621	28	28	15	27	1.96
193919--194830	113	8.1	112	79	6	602	28	28	15	27	1.96
194801--194863	32	2.0	32	90	0	99	28	25	19	26	1.98
195617--195660	22	2.0	22	90	0	70	34	11	9	45	1.72
195745--195789	20	2.1	22	84	8	58	55	0	0	44	0.99
200262--200299	20	1.9	20	84	10	51	21	21	10	47	1.80
206242--206462	63	3.5	63	89	0	334	26	27	16	29	1.97
206419--206539	53	2.3	53	83	0	143	29	30	13	26	1.94
207674--207731	22	2.6	21	76	10	53	27	6	0	65	1.18
208284--208313	15	2.1	14	93	6	51	70	0	3	26	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211926--211970	17	2.6	16	83	13	54	42	8	4	44	1.56
215900--216024	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
215900--216044	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
216033--216057	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
216123--216147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
218935--218998	17	3.6	17	82	14	76	79	4	10	4	1.02
218948--218998	18	2.8	18	82	8	59	82	3	11	1	0.89
220266--220670	155	2.5	162	80	11	477	24	17	20	37	1.94
223000--223053	27	2.0	27	85	0	72	53	1	1	42	1.22
223332--223357	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
229237--229285	11	4.4	11	75	14	55	42	12	4	40	1.61
229493--229542	15	3.3	15	75	5	55	56	10	2	32	1.44
229495--229542	16	3.1	16	75	3	53	54	10	2	33	1.46
229921--229952	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
230747--230780	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
231174--231229	2	29.0	2	89	7	89	48	0	1	50	1.11
232736--232825	28	3.4	27	80	8	87	25	7	21	45	1.78
232881--232926	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
237310--237399	28	3.4	27	79	8	78	26	7	20	45	1.78
237455--237500	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
248915--248953	19	2.0	20	85	9	55	51	0	2	46	1.14
248926--248981	25	2.3	25	73	14	64	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250393--250417	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
250448--250516	25	2.8	24	78	8	75	47	1	0	50	1.09
251906--251934	14	2.0	15	93	6	51	27	0	13	58	1.36
252795--252820	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
260340--260399	26	2.4	25	88	2	84	55	0	1	43	1.10
260501--260552	18	2.9	18	82	5	61	51	0	0	48	1.00
260522--260566	17	2.7	17	83	13	58	44	0	0	55	0.99
261372--261411	20	2.0	21	90	5	64	22	0	0	77	0.77
262850--262937	11	8.2	11	67	17	51	64	3	2	29	1.22
262993--263028	18	2.0	18	88	0	54	0	22	0	77	0.76
263104--263144	11	3.6	12	77	9	50	63	0	2	34	1.08
263100--263162	21	2.9	23	84	13	80	61	0	3	34	1.12
263105--263161	10	5.3	11	76	15	57	66	0	1	31	1.02
263142--263215	27	2.8	25	70	20	62	59	2	0	37	1.12
266237--266301	33	2.0	33	93	0	112	43	6	12	38	1.67
267753--267792	2	19.5	2	89	5	62	2	45	0	52	1.14
269644--269678	16	2.1	18	89	10	56	60	0	0	40	0.97
269870--269927	23	2.6	21	84	13	64	50	6	3	39	1.46
271430--271458	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
271663--271687	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
273686--273730	20	2.2	20	80	0	54	64	6	2	26	1.30
279606--279654	21	2.3	22	79	13	57	59	12	12	16	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289505--289558	10	5.2	10	80	8	63	0	20	0	79	0.73
289505--289558	11	5.2	11	80	10	69	0	20	0	79	0.73
289508--289558	20	2.6	21	90	6	72	0	19	0	80	0.71
292309--292422	20	5.4	20	65	22	56	51	0	0	47	1.06
292319--292417	39	2.5	40	80	6	101	50	1	0	48	1.07
297791--297914	32	3.9	32	86	2	153	38	3	19	38	1.68
297808--297846	18	2.2	18	85	0	51	41	0	23	35	1.55
297792--297914	14	8.1	14	68	16	66	38	3	19	39	1.68
297823--297879	18	3.4	18	66	26	52	42	3	19	35	1.68
298715--298745	12	2.5	13	89	10	55	51	0	0	48	1.00
299535--299561	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
299865--300042	92	1.9	93	91	1	295	25	20	21	32	1.98
302125--302163	2	19.5	2	89	0	60	46	0	5	48	1.24
305482--305512	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
310701--310829	54	2.4	54	94	2	224	32	13	18	35	1.89
312445--312489	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
313056--313092	19	1.9	19	89	10	58	29	8	2	59	1.40
313412--313459	20	2.4	21	86	10	66	77	6	14	2	1.06
316172--316239	13	4.9	14	75	15	61	44	0	0	55	0.99
316183--316332	14	11.2	13	72	20	87	45	0	0	54	0.99
316216--316308	23	4.2	23	80	12	88	45	0	0	54	0.99
316208--316292	34	2.4	39	75	16	60	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316267--316314	23	2.1	23	96	0	87	41	0	0	58	0.98
316183--316344	80	2.0	83	82	9	199	46	0	0	53	1.00
317108--317181	32	2.3	32	90	4	114	47	2	4	45	1.35
317946--318031	20	4.2	21	73	13	65	50	0	2	47	1.14
318037--318078	9	5.0	9	77	16	54	23	0	0	76	0.79
318034--318078	17	2.7	17	86	3	65	22	0	0	77	0.76
318033--318078	16	2.9	16	78	15	51	23	0	0	76	0.79
318343--318383	17	2.4	17	87	4	55	46	0	0	53	1.00
319368--319397	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
320127--320211	43	2.0	44	81	11	104	40	3	0	56	1.16

Tables:   1   2   3   4   5