genome.fa.s315.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold315
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  271854

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67--152	27	3.2	26	85	6	100	16	18	31	33	1.93
67--520	29	16.1	29	74	13	256	23	16	29	29	1.97
80--308	27	8.2	28	80	11	177	20	17	29	33	1.95
94--305	85	2.5	82	88	7	304	20	17	28	33	1.95
205--313	56	1.9	54	83	10	139	24	18	25	31	1.98
1947--2046	1	100.0	1	81	0	119	0	0	9	91	0.44
1947--2045	18	5.7	18	84	10	134	0	0	9	90	0.44
1948--2045	14	6.9	14	88	6	137	0	0	9	90	0.44
1947--2046	38	2.6	38	87	7	141	0	0	9	91	0.44
26030--26177	1	148.0	1	78	0	116	86	8	3	2	0.75
26030--26175	28	5.1	27	86	7	159	86	8	3	2	0.76
26030--26174	55	2.6	54	83	8	148	86	8	3	2	0.77
27619--28087	30	15.9	29	77	9	353	29	28	17	24	1.97
27679--27731	27	2.0	27	92	0	88	33	33	16	15	1.90
27615--28056	58	7.5	57	74	10	277	29	28	16	24	1.97
27615--28086	88	5.4	88	79	9	392	29	29	16	24	1.97
28092--28181	43	2.1	43	91	0	144	26	25	17	30	1.98
28135--28272	52	2.6	53	82	3	161	23	25	16	34	1.96
29120--29144	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29207--29231	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29240--29420	52	3.5	52	98	0	344	34	19	17	28	1.95
32725--32815	19	4.7	19	83	2	92	27	12	17	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32726--32796	19	3.7	19	86	1	97	26	12	16	43	1.84
33934--33984	9	5.4	9	75	15	50	0	11	5	82	0.83
34821--34854	12	2.8	12	90	4	50	29	5	23	41	1.78
37649--37703	23	2.4	23	96	0	101	41	14	12	30	1.83
37650--37712	23	2.7	23	90	2	72	42	12	11	33	1.78
38219--38698	166	2.9	167	80	5	536	30	11	8	48	1.69
38829--38855	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
38829--38865	7	5.4	7	84	15	51	13	0	2	83	0.74
39002--39052	14	3.7	14	75	19	54	35	1	0	62	1.06
39156--39190	16	2.1	17	89	10	54	74	11	2	11	1.18
39611--39873	129	2.0	130	93	1	458	56	12	23	7	1.62
39946--40025	23	3.4	23	68	17	58	56	17	21	5	1.60
41711--42879	156	7.5	152	74	7	723	23	17	21	37	1.94
41874--42879	308	3.2	305	77	6	925	23	17	21	37	1.93
47421--47561	44	3.2	44	70	11	119	21	17	16	44	1.86
47398--47558	87	1.8	88	85	1	225	22	16	16	44	1.87
48056--48469	89	4.6	89	87	4	532	27	27	14	30	1.96
48056--48482	180	2.4	179	86	7	573	28	26	14	30	1.95
48051--48532	89	5.3	86	83	10	445	28	27	14	29	1.95
48799--48869	36	2.0	36	88	0	106	18	28	12	40	1.87
48949--49375	44	9.7	45	68	11	204	20	24	14	39	1.91
48912--49372	88	5.2	88	82	1	496	20	25	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48885--49372	176	2.8	176	83	2	588	20	25	14	40	1.90
49539--49630	42	2.2	42	80	3	105	20	31	16	31	1.95
49634--49803	84	2.0	83	80	3	189	15	28	18	37	1.92
49749--49849	42	2.4	42	78	4	116	21	29	12	35	1.91
49811--49897	42	2.1	42	84	0	111	20	34	12	32	1.90
49836--50009	42	4.1	42	77	7	156	17	32	16	34	1.92
50184--50387	41	4.9	41	70	4	131	20	20	13	46	1.84
50166--50387	83	2.7	83	78	2	221	19	21	13	45	1.84
51476--52072	167	3.6	166	82	5	651	30	10	7	51	1.63
52192--52224	16	2.0	17	88	5	50	15	0	3	81	0.80
52666--52708	19	2.3	18	88	11	61	74	6	11	6	1.21
52900--52947	22	2.2	21	92	3	78	39	18	31	10	1.85
53085--53151	31	2.2	31	83	0	80	52	23	19	4	1.64
53092--53155	31	2.1	31	87	0	92	53	25	18	3	1.59
53228--53296	23	3.0	23	78	0	75	53	21	18	5	1.65
54838--56022	155	7.6	150	72	10	659	24	17	21	37	1.94
54841--55963	312	3.6	309	75	9	786	24	17	21	37	1.94
58380--58429	19	2.6	19	76	17	59	0	16	4	80	0.87
58371--58426	10	5.5	10	78	19	55	1	17	1	78	0.92
58383--58425	11	3.9	11	85	8	52	0	18	2	79	0.85
58881--58931	19	2.6	20	78	12	52	64	5	11	17	1.45
58755--59185	154	2.7	165	81	8	383	50	7	10	31	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58917--59355	154	2.9	147	80	8	497	51	7	10	30	1.63
61091--61147	19	2.9	19	86	2	78	31	19	17	31	1.95
61176--61225	13	4.2	13	71	23	56	32	12	20	36	1.89
69897--69967	29	2.4	29	92	0	115	26	14	15	43	1.85
69907--69961	16	3.6	16	69	14	53	23	14	16	45	1.84
69974--70074	43	2.3	43	94	0	184	27	17	18	35	1.94
70061--70098	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
70081--70108	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
72632--72677	21	2.1	22	84	4	58	78	2	6	13	1.04
74122--74579	156	2.9	156	86	1	587	25	18	19	36	1.94
74187--74731	156	3.5	157	83	2	521	24	18	19	37	1.94
74851--74897	22	2.1	22	84	7	60	12	21	17	48	1.79
78854--78972	24	5.5	24	65	22	91	46	2	42	9	1.49
78854--79001	42	3.5	42	96	0	269	45	2	41	9	1.50
78854--78987	24	6.1	24	66	25	80	47	2	41	9	1.49
83623--84443	52	15.7	52	74	6	376	24	25	17	32	1.97
83641--84439	104	7.7	104	76	5	572	24	25	18	31	1.97
83790--84291	156	3.2	157	82	3	577	25	24	18	31	1.97
83790--84396	315	1.9	314	81	5	724	25	24	18	31	1.97
83709--84439	156	4.7	154	77	5	553	25	25	18	31	1.97
93725--93800	12	6.9	11	78	15	70	40	0	46	13	1.43
93745--93805	9	7.1	9	74	10	65	44	0	42	13	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93715--93833	42	2.8	42	90	0	184	43	0	44	10	1.45
93748--93818	18	3.6	18	72	20	52	45	0	42	12	1.42
98667--98869	107	1.9	107	95	0	370	25	15	14	44	1.84
104072--104136	18	3.3	18	73	22	67	46	0	40	13	1.44
104048--104148	42	2.4	42	93	0	175	46	0	40	12	1.42
104090--104124	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
104069--104129	9	7.1	9	70	10	56	44	0	42	13	1.43
104202--104299	49	2.0	49	100	0	196	38	10	24	26	1.87
113370--113412	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
114776--114801	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
114827--114864	20	1.9	20	100	0	76	36	13	10	39	1.79
121735--121787	22	2.5	22	87	9	74	83	15	0	1	0.74
122980--123387	124	3.3	123	84	6	504	22	28	15	34	1.94
122980--123448	61	7.6	60	79	9	446	22	28	14	34	1.94
122976--123664	33	22.1	32	76	10	477	21	28	13	35	1.92
122976--123664	93	7.4	94	77	8	511	21	28	13	35	1.92
123397--123638	27	8.0	27	69	20	106	21	29	12	36	1.90
123302--123666	60	5.9	60	74	15	264	21	29	13	35	1.91
123420--123699	33	8.8	33	77	12	165	21	30	12	36	1.89
127749--127845	51	1.9	51	85	4	133	48	22	7	21	1.74
132722--132831	42	2.6	42	92	0	184	40	2	48	9	1.49
143625--143743	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143658--143733	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
143649--143734	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
143640--143710	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
149766--149841	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
149756--149874	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
149831--149880	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
149763--149898	42	3.2	41	85	6	184	42	1	47	8	1.43
154244--154745	251	2.0	250	97	0	950	21	18	16	42	1.89
160917--161035	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
160941--161026	24	3.8	24	69	17	76	10	44	2	43	1.51

Tables:   1   2