genome.fa.s335.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold335
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  202493

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4272--4314	17	2.5	18	85	7	63	46	2	0	51	1.13
4319--4356	14	2.7	15	88	12	62	65	0	0	34	0.93
4206--4414	115	1.8	114	81	8	244	52	2	2	43	1.27
4568--4619	17	3.1	17	77	0	59	51	3	0	44	1.19
5618--5681	17	3.9	17	73	15	55	45	0	0	54	0.99
5606--5685	34	2.3	37	83	16	109	45	0	0	55	0.99
11362--11495	67	2.0	67	100	0	268	40	17	13	28	1.88
13592--13643	25	2.0	27	81	7	63	44	0	0	55	0.99
13665--13700	18	2.1	18	89	5	56	47	0	2	50	1.15
14159--14207	20	2.6	18	80	6	53	46	2	0	51	1.12
15145--15187	21	2.0	22	86	4	61	41	0	2	55	1.12
17787--17864	37	2.2	35	84	11	97	47	0	1	51	1.09
17807--17871	29	2.3	30	87	10	93	46	0	0	53	1.00
17956--17983	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
18900--18932	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
20800--20917	60	2.0	60	93	0	200	22	16	27	33	1.96
21932--21961	15	2.0	15	93	0	51	13	6	43	36	1.70
26068--26100	13	2.3	15	90	10	52	45	0	0	54	0.99
26393--26421	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28085--28120	17	2.2	16	90	9	56	27	0	0	72	0.85
28206--28239	13	2.5	14	85	9	52	58	2	0	38	1.13
28669--28707	20	2.0	20	89	0	60	43	23	10	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29346--29390	21	2.1	21	84	8	56	62	0	0	37	0.96
29325--29376	25	2.0	27	81	7	63	53	0	0	46	1.00
30358--30383	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
32531--32584	24	2.2	24	96	0	99	22	11	27	38	1.88
32454--32662	108	2.0	106	83	6	255	31	10	25	32	1.90
32848--32887	4	10.5	4	84	15	50	25	0	2	72	0.97
32848--32887	21	1.9	21	85	10	55	25	0	2	72	0.97
35035--35141	55	1.9	55	84	3	144	18	19	22	39	1.93
35717--35808	46	2.0	46	100	0	184	28	13	21	36	1.91
44384--44448	24	2.7	24	85	4	87	26	40	16	16	1.90
45987--46047	21	2.9	21	79	13	72	37	0	1	60	1.07
46719--46766	15	3.3	15	77	13	55	52	0	2	45	1.12
47504--47534	10	3.0	10	95	4	53	58	0	0	41	0.98
48175--48218	22	2.0	21	82	4	52	34	2	15	47	1.58
48780--48955	85	2.1	85	93	0	298	43	10	4	41	1.60
49073--49111	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
53547--53592	15	3.1	14	81	9	56	45	0	0	54	0.99
53532--53581	15	3.5	15	78	15	61	46	0	0	54	1.00
53610--53645	14	2.5	15	86	9	56	30	0	0	69	0.89
53655--53691	20	1.9	20	88	5	58	43	0	2	54	1.14
53810--53848	11	3.5	11	85	3	51	35	0	0	64	0.94
54586--54647	20	3.0	21	73	11	58	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54595--54656	32	2.0	31	84	9	81	50	0	0	50	1.00
56970--57052	45	1.9	43	80	11	98	51	0	3	44	1.18
57022--57091	25	2.6	28	77	11	74	55	0	0	44	0.99
57281--57347	25	2.9	22	76	20	66	58	0	0	41	0.98
57301--57340	9	4.7	9	80	20	50	65	0	0	35	0.93
57356--57398	19	2.4	18	88	7	61	51	0	0	48	1.00
57467--57511	19	2.5	19	82	7	58	37	0	2	60	1.09
57538--57581	21	2.1	21	83	4	54	40	2	0	56	1.11
57961--57994	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
58649--58726	39	2.0	40	82	12	99	51	2	2	43	1.29
59041--59119	22	3.6	21	80	15	88	63	0	0	36	0.95
59118--59167	14	3.4	14	78	10	64	52	0	0	48	1.00
59117--59167	16	3.3	16	78	10	70	52	0	0	47	1.00
59097--59168	30	2.4	31	86	11	96	55	0	0	44	0.99
59036--59153	46	2.5	47	80	14	120	59	0	0	40	0.97
59041--59394	101	3.5	101	69	19	274	56	2	1	38	1.23
59118--59176	14	4.1	14	74	8	55	50	0	0	49	1.00
59254--59302	25	1.9	25	84	12	64	57	2	4	36	1.30
59270--59318	19	2.4	21	80	6	57	59	0	2	38	1.09
59337--59381	19	2.6	18	83	13	58	60	0	0	40	0.97
59364--59400	19	1.9	19	88	0	56	64	0	0	35	0.94
59731--59772	18	2.5	17	77	11	50	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60373--60424	21	2.5	22	84	6	72	53	0	0	46	1.00
61798--61846	26	1.9	25	83	4	62	61	2	0	36	1.08
61974--62019	19	2.6	18	79	6	58	50	0	0	50	1.00
61956--62012	21	2.8	20	77	12	55	54	1	0	43	1.10
62334--62439	12	8.8	12	69	20	60	61	0	0	37	1.03
62336--62416	19	4.0	21	75	10	73	62	0	1	35	1.03
62936--62979	23	1.9	23	85	0	61	43	0	0	56	0.99
63915--63977	30	2.0	31	84	6	83	44	0	0	55	0.99
63933--64020	22	4.1	22	76	15	78	38	0	0	61	0.96
63939--64020	11	7.5	11	70	21	57	39	0	0	60	0.96
66644--66674	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
66916--67004	41	2.2	40	83	2	106	39	0	2	58	1.11
66963--67008	24	1.9	24	82	8	58	41	0	2	56	1.11
68119--68177	27	2.1	28	81	9	68	57	0	0	42	0.98
69333--69382	23	2.2	23	85	0	64	74	0	6	20	1.03
70166--70224	20	2.8	21	82	7	66	42	0	1	55	1.09
71445--71483	20	2.0	20	85	10	53	61	0	7	30	1.24
73005--73045	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
76653--76701	21	2.3	21	82	6	64	42	28	0	28	1.56
79970--80009	21	1.9	21	85	10	55	27	27	7	37	1.84
81680--81783	16	6.6	17	64	23	50	41	0	0	57	1.05
81683--81765	18	4.4	18	68	21	62	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81672--81767	42	2.3	42	77	15	108	43	0	0	56	0.99
82705--82739	6	6.2	6	87	12	56	68	0	0	31	0.90
82692--82775	31	2.7	31	85	7	91	63	0	0	36	0.95
82692--82737	16	2.9	16	87	12	69	69	0	0	30	0.89
82706--82792	24	4.1	21	73	19	65	58	0	0	41	0.98
82734--82782	18	3.0	17	72	27	52	53	0	0	46	1.00
82737--82789	18	3.2	17	70	26	51	52	0	0	47	1.00
82710--82799	31	2.9	31	83	8	94	55	0	0	44	0.99
82692--82828	11	13.5	11	68	23	79	58	0	0	41	0.98
85301--85334	17	2.0	17	88	0	50	41	0	2	55	1.15
86090--86227	71	1.9	74	81	10	169	48	0	2	49	1.13
86287--86336	18	2.8	18	71	17	50	60	0	0	40	0.97
86465--86496	15	2.1	16	94	5	57	46	0	0	53	1.00
86538--86593	16	3.3	17	85	7	78	25	3	0	71	1.02
86544--86605	20	3.2	20	80	11	76	20	4	0	74	1.00
86901--86934	17	1.9	18	88	5	52	61	0	0	38	0.96
87588--87663	30	2.6	28	81	8	82	51	1	0	47	1.09
87609--87674	28	2.4	28	80	12	82	53	0	0	46	1.00
87612--87681	36	1.9	37	88	2	106	51	0	0	48	1.00
88397--88451	19	3.0	20	76	12	64	54	0	0	45	0.99
88470--88511	21	2.0	21	86	9	59	40	0	2	57	1.12
89098--89132	14	2.3	16	90	9	56	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89090--89136	23	2.0	23	88	8	69	55	0	0	44	0.99
89089--89131	9	5.4	8	81	18	54	60	0	0	39	0.97
95055--95788	363	2.0	363	100	0	1468	36	10	26	26	1.89
97066--97099	3	11.7	3	93	6	61	70	0	0	29	0.87
101344--101381	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
104439--104465	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
105252--105299	24	2.0	24	84	8	62	62	0	2	35	1.07
105459--105492	16	2.0	18	88	11	54	50	0	0	50	1.00
105435--105499	31	2.0	33	85	5	89	47	0	0	52	1.00
105581--105626	19	2.4	19	85	7	58	47	4	4	43	1.42

Tables:   1   2