genome.fa.s336.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold336
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  179563

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6677--6751	20	3.8	20	76	3	71	41	10	13	34	1.79
6674--6751	40	2.0	39	87	2	111	41	11	12	34	1.80
7173--7544	154	2.4	154	80	3	417	41	16	13	28	1.86
7122--7967	155	5.4	156	75	7	418	41	16	13	27	1.86
8444--8469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12968--13015	19	2.5	20	79	3	53	43	0	0	56	0.99
12992--13033	22	2.0	22	85	4	59	54	2	0	42	1.13
13353--13404	2	26.0	2	96	0	95	50	0	1	48	1.12
13703--13771	21	3.2	21	82	8	68	57	5	2	33	1.37
15470--15497	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22548--22605	14	4.0	15	70	14	50	44	0	0	55	0.99
24537--24576	21	1.9	21	84	0	53	47	5	2	45	1.38
25476--25502	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
28635--28675	12	3.2	13	86	10	57	68	0	0	31	0.90
30389--30418	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
33938--33980	22	2.0	23	86	9	63	46	6	0	46	1.30
34146--34187	21	2.0	21	95	0	75	30	23	23	21	1.99
34202--34243	3	14.3	3	90	5	68	35	0	0	64	0.94
34431--34509	29	2.7	30	80	9	92	40	12	8	37	1.75
35629--35668	21	2.1	18	86	13	53	55	0	0	45	0.99
37455--37521	7	9.4	7	73	17	50	29	1	1	67	1.09
40150--40181	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41975--42016	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
43919--44011	34	2.9	32	78	9	91	41	1	1	55	1.14
44086--44127	21	2.0	22	90	4	68	40	2	0	57	1.12
44109--44157	15	3.3	14	86	11	62	44	4	0	51	1.20
49174--49354	52	3.5	52	96	0	326	28	18	17	35	1.94
49363--49387	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49430--49527	19	5.8	18	69	28	81	36	16	12	34	1.86
49425--49525	32	3.1	32	95	1	175	35	16	11	35	1.86
49449--49505	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
49996--50176	52	3.5	52	97	0	344	28	18	18	35	1.94
50185--50209	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
50252--50349	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
50247--50347	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
50271--50327	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
50859--51052	78	2.5	79	78	5	193	36	6	11	46	1.65
51021--51265	121	2.0	121	93	0	418	35	9	11	43	1.73
53959--53997	16	2.3	17	86	8	53	7	10	35	46	1.67
54322--54377	23	2.4	23	96	0	103	5	19	21	53	1.65
54259--54462	108	1.9	110	93	3	358	8	22	14	54	1.67
54646--54788	31	4.4	32	71	22	118	39	9	20	29	1.85
54729--54807	14	6.2	13	70	16	58	43	8	21	26	1.82
54628--54807	50	3.6	51	73	17	178	41	8	20	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54793--54860	25	2.7	25	93	0	118	47	7	19	26	1.75
54817--54893	40	1.9	40	81	5	93	44	9	20	25	1.81
54975--55022	21	2.3	20	82	10	53	22	0	4	72	1.01
55455--56284	42	19.7	42	75	9	498	36	17	30	15	1.91
55456--56285	337	2.5	336	81	5	941	36	17	29	15	1.91
59022--59084	25	2.4	27	92	5	103	14	12	47	25	1.79
61258--61861	49	12.6	49	77	9	482	32	18	24	24	1.97
61258--61861	101	6.3	97	77	10	489	32	18	24	24	1.97
61346--61756	153	2.8	146	82	7	412	31	18	24	25	1.98
61735--61809	39	1.9	39	86	0	105	29	18	21	30	1.97
61597--61858	88	3.0	88	88	1	375	32	18	23	26	1.97
61858--62019	33	4.9	33	80	7	177	37	12	30	18	1.89
61858--62023	64	2.5	65	82	6	201	39	12	30	18	1.87
62042--62550	34	15.6	33	82	7	517	35	12	31	20	1.90
62201--62325	27	4.2	27	82	11	115	33	13	33	19	1.91
62133--62515	101	4.0	92	79	11	367	35	12	31	20	1.90
62042--62535	194	2.5	193	87	3	670	35	12	31	20	1.89
62401--62453	27	2.0	27	92	0	88	30	11	30	28	1.91
62421--62622	34	6.1	34	75	13	145	38	11	28	21	1.88
62525--62869	30	11.2	30	79	10	317	31	14	29	23	1.95
62488--62872	95	4.1	92	78	8	368	32	14	29	23	1.94
74321--74358	19	1.9	20	89	10	60	23	0	7	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75053--75150	46	2.1	46	100	0	196	20	11	44	23	1.83
75404--75535	40	3.2	40	64	14	95	10	21	12	54	1.68
75347--75546	85	2.3	86	91	2	321	11	23	12	53	1.71
75696--75879	100	1.8	101	92	2	316	41	8	20	29	1.81
75696--75864	50	3.3	50	72	11	164	42	8	20	28	1.81
75770--75920	38	4.0	38	66	17	98	43	7	20	28	1.80
75993--76034	21	2.0	20	82	13	50	23	0	2	73	0.94
76356--76387	17	2.0	17	88	11	50	62	12	21	3	1.43
76469--77299	42	19.6	43	76	7	607	36	18	29	15	1.91
76469--77303	85	9.9	85	77	8	634	36	18	29	15	1.91
76469--77233	127	6.0	125	77	8	498	36	18	29	14	1.91
84861--85062	79	2.6	79	89	0	296	34	10	22	31	1.89
85012--85130	51	2.3	52	76	15	131	31	10	22	35	1.88
84928--85367	238	1.8	238	81	4	539	33	12	23	29	1.92
85248--85468	51	4.4	51	78	4	223	33	13	24	28	1.93
87719--87792	20	3.7	19	83	7	94	41	12	16	29	1.84
96850--96941	48	2.0	46	82	6	114	21	11	36	29	1.89
97079--97122	22	2.0	22	86	0	61	18	11	40	29	1.85
97154--97218	30	2.1	32	88	5	98	15	16	44	23	1.86
97602--97734	40	3.2	40	65	15	106	6	23	16	53	1.67
97548--97745	86	2.3	87	91	1	317	8	24	15	51	1.70
97938--97975	14	2.8	14	92	4	60	50	7	21	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97957--98177	25	8.8	25	67	11	114	43	7	20	28	1.78
97984--98210	40	5.9	39	67	24	144	42	7	22	27	1.81
98006--98188	75	2.4	75	98	0	348	43	8	21	26	1.81
98061--98107	15	3.5	15	67	27	50	46	6	21	25	1.74
98052--98147	44	2.2	43	80	12	106	42	8	21	27	1.81
98099--98167	29	2.3	30	85	9	88	42	8	20	28	1.82
98281--98325	21	2.1	21	84	8	56	24	0	2	73	0.95
98570--98639	20	3.5	20	70	16	63	30	7	15	47	1.72
98620--98907	77	3.7	76	81	3	281	35	5	11	47	1.62
98703--98902	78	2.6	78	85	3	226	36	4	11	47	1.60
99029--99084	20	2.8	19	73	7	58	33	3	12	50	1.58
99109--99173	21	3.1	21	80	2	78	35	0	9	55	1.32
105352--105572	115	1.9	114	83	6	286	29	13	23	34	1.92
107247--107314	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
107268--107292	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107249--107311	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
107334--107359	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
109836--109911	27	2.8	27	88	9	102	22	32	22	22	1.98
109894--110116	52	4.3	52	78	4	209	28	25	13	33	1.93
110103--110172	28	2.5	29	83	6	90	22	32	18	25	1.97
109725--110214	263	1.9	263	88	3	754	28	25	14	32	1.94
114813--114866	20	2.7	20	88	8	74	31	20	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115279--115321	22	2.0	22	90	0	68	23	4	30	41	1.74
115693--115720	14	2.0	14	100	0	56	21	28	21	28	1.99
117629--117676	21	2.2	22	78	14	55	37	10	4	47	1.57
120326--120592	87	3.1	87	84	3	301	29	24	14	31	1.94
120326--120622	87	3.4	86	82	5	244	29	25	14	31	1.94
121632--121683	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
122304--122406	39	2.6	40	78	3	109	31	20	6	41	1.78
126325--126355	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
127068--127136	25	2.7	26	95	4	131	56	10	13	20	1.65
129241--129266	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2