genome.fa.s339.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold339
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1314099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138508--138585	40	2.0	39	87	2	111	42	12	11	33	1.79
143877--143916	19	2.1	19	90	0	62	10	12	7	70	1.35
144238--144307	35	2.0	35	97	0	131	34	24	24	17	1.96
148452--148675	115	1.9	116	98	0	432	32	16	22	29	1.95
154099--154161	10	5.8	10	78	12	54	80	11	4	3	0.97
154100--154139	17	2.4	16	84	8	53	87	7	2	2	0.71
154099--154161	23	2.8	23	83	7	67	80	11	4	3	0.97
155115--155939	28	28.4	29	86	6	1007	28	30	17	23	1.97
155115--155939	57	14.2	56	84	6	918	28	30	17	23	1.97
160107--160141	9	3.8	9	88	3	52	0	14	0	85	0.59
160952--160985	8	4.1	8	92	3	50	20	0	0	79	0.73
161186--161226	17	2.5	17	88	4	66	39	4	2	53	1.35
161342--161413	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
163319--163360	21	2.0	20	86	9	57	42	4	2	50	1.36
163160--163487	175	1.9	176	82	6	416	42	6	9	41	1.63
164386--164460	20	3.8	20	89	3	98	34	16	12	37	1.85
166096--166592	254	2.0	254	98	0	967	27	22	16	32	1.96
172839--173174	31	10.7	31	76	10	247	24	28	15	31	1.95
172841--173068	94	2.5	93	85	7	309	25	28	15	30	1.96
172836--173142	156	2.0	155	79	5	332	24	28	15	31	1.96
173159--173316	27	5.6	27	78	11	129	22	34	14	27	1.93
173116--173353	88	2.7	87	83	7	270	22	33	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173324--173437	29	3.9	30	82	12	112	31	30	17	20	1.95
173324--173425	29	3.6	30	81	10	124	33	32	14	19	1.92
173352--173435	28	2.9	30	81	16	106	33	29	16	20	1.95
173535--173894	48	7.8	48	77	13	389	26	25	18	30	1.98
173447--173916	87	5.3	87	78	13	456	26	25	18	29	1.98
173442--173894	136	3.3	136	94	0	789	26	25	18	30	1.98
173773--173915	39	3.4	39	74	15	142	25	27	20	26	1.99
173896--173935	20	2.0	20	100	0	80	20	35	20	25	1.96
173919--174453	52	10.6	51	81	6	565	25	26	17	30	1.97
173919--174453	101	5.3	100	81	5	555	25	26	17	30	1.97
173929--174453	149	3.5	149	88	2	703	25	26	17	31	1.97
175197--175259	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
175216--175273	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
175197--175272	32	2.4	32	97	0	143	32	14	18	34	1.91
180367--180406	14	3.0	13	82	7	53	72	0	17	10	1.11
182120--182147	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
182505--182569	24	2.7	24	76	7	69	52	0	0	47	1.00
185999--186023	7	3.6	7	100	0	50	0	0	40	60	0.97
186586--186631	18	2.6	19	83	16	55	54	0	0	45	0.99
187839--187897	19	3.3	19	76	21	56	62	0	1	35	1.05
188243--188342	51	2.0	51	87	0	146	50	2	5	43	1.35
188664--188717	20	2.6	22	82	8	69	38	11	18	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188687--188737	20	2.5	21	83	3	59	37	13	15	33	1.87
188773--188911	51	2.7	52	83	5	149	33	15	9	41	1.79
189965--189990	12	2.2	12	100	0	52	42	7	23	26	1.81
191109--191298	97	2.0	96	86	3	265	26	21	12	38	1.89
200715--200832	51	2.3	51	86	0	155	30	13	27	27	1.94
200817--200893	28	2.8	27	90	7	111	25	19	31	23	1.98
200687--201016	157	2.1	158	85	5	445	30	13	27	27	1.94
200875--200989	51	2.3	49	85	5	158	32	10	26	31	1.90
200928--201148	79	2.8	77	81	8	257	33	12	23	29	1.92
203495--203524	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
203506--203561	20	2.8	20	88	0	94	42	14	14	28	1.84
212269--212316	23	2.2	22	81	7	53	66	2	4	27	1.21
212460--212513	10	5.4	10	78	17	51	70	0	0	29	0.88
212460--212506	17	3.1	17	66	33	52	70	0	0	29	0.88
225295--225389	41	2.3	41	83	3	111	32	10	15	41	1.82
225745--225802	18	3.0	20	70	12	57	43	1	1	53	1.21
226288--226334	22	2.1	22	96	0	85	44	4	2	48	1.34
238979--239003	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
239289--239336	25	1.9	25	86	0	69	45	2	2	50	1.25
241663--241714	23	2.2	24	79	3	61	53	5	1	38	1.36
242249--242278	9	3.2	9	95	4	51	0	13	0	86	0.57
243535--243817	32	8.8	32	92	0	449	18	18	32	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243795--244676	27	32.2	27	90	2	1314	28	14	33	23	1.94
243795--244676	82	10.7	81	89	2	1314	28	14	33	23	1.94
243784--244675	219	4.1	218	91	2	1367	27	14	33	23	1.94
245682--245706	9	2.8	9	100	0	50	0	0	16	84	0.63
245989--246039	23	2.2	24	89	3	77	5	11	9	72	1.27
254667--254712	20	2.2	20	88	3	65	47	10	13	28	1.76
257211--257285	27	2.8	27	95	0	132	30	33	14	21	1.93
258795--258866	20	3.6	20	76	0	72	34	13	9	41	1.78
265038--265241	79	2.6	79	83	1	230	28	17	30	24	1.97
265117--265321	107	1.9	108	84	5	272	28	16	28	26	1.97
265255--265643	51	7.4	52	73	13	289	31	12	26	29	1.93
265255--265477	52	4.3	51	83	6	234	32	12	26	29	1.92
265255--265477	105	2.1	103	84	3	277	32	12	26	29	1.92
265460--265535	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
268000--268025	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
268067--268091	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
268048--268110	32	2.0	32	96	0	117	36	17	12	33	1.88
268045--268112	19	3.9	19	78	21	85	38	16	11	33	1.85
268148--268224	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
272842--273974	92	12.0	92	89	5	1660	24	26	18	31	1.97
272842--273974	284	4.0	278	88	4	1652	24	26	18	31	1.97
272820--273960	376	3.0	376	98	1	2149	24	26	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273777--274013	49	4.6	53	82	6	213	24	25	16	33	1.96
274915--274939	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
275005--275029	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
275038--275158	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
282036--282131	1	96.0	1	70	0	66	85	14	0	0	0.60
282040--282131	15	5.7	15	77	20	96	84	15	0	0	0.62
282040--282131	17	5.5	17	79	14	95	84	15	0	0	0.62
282452--282480	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
283415--283623	31	6.7	31	91	4	316	25	31	17	25	1.97
283415--283695	93	3.0	93	84	7	340	23	32	16	27	1.96
283603--284169	34	16.8	33	82	11	595	20	32	12	34	1.90
284006--284059	27	2.0	27	92	0	90	22	37	14	25	1.93
284040--284189	71	2.1	70	84	6	187	20	33	11	34	1.88
284174--284243	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
284362--284428	21	3.1	21	62	26	50	25	28	19	26	1.99
284341--284408	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
284292--285708	92	15.0	92	88	5	1987	24	26	18	30	1.98
284243--285699	284	5.1	277	89	4	1953	24	26	18	30	1.98
284292--285694	376	3.7	376	96	1	2513	24	26	18	30	1.98
285511--285747	49	4.6	53	82	6	213	24	25	16	33	1.96
286649--286673	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
286739--286763	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286772--286892	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
292782--292848	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
293307--293332	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
293287--293350	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
295268--295292	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
295848--295894	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
296772--296931	84	1.9	84	82	7	200	26	18	3	51	1.63
298462--298528	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
298987--299012	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
298967--299030	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9