genome.fa.s339.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold339
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1314099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  6  of  9  ( 1034 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747215--747306	21	4.5	21	66	28	72	45	6	28	19	1.75
747212--747361	35	4.9	28	81	14	126	46	5	29	19	1.72
747239--747408	35	5.1	33	77	17	165	45	4	28	21	1.72
747208--747408	96	2.1	97	92	4	336	45	4	28	20	1.72
747273--747400	63	2.1	62	85	5	170	45	4	28	21	1.72
748618--749204	79	7.4	79	93	0	967	26	25	15	32	1.95
749136--749256	52	2.3	52	85	4	156	26	22	14	36	1.93
757353--757434	28	2.9	28	83	5	94	30	14	29	25	1.95
757417--757636	51	4.3	51	80	4	208	34	11	24	30	1.90
757569--757747	79	2.3	79	93	1	297	30	15	27	26	1.96
757700--757774	27	2.7	28	87	2	98	21	18	34	25	1.96
757758--757880	51	2.4	51	86	6	158	33	10	22	33	1.89
760175--760230	21	2.7	21	100	0	112	46	10	17	25	1.80
760217--760242	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
760310--760345	17	2.2	17	95	5	65	33	11	11	44	1.75
761887--761936	18	2.8	18	77	17	50	10	42	0	48	1.37
761880--762000	42	2.9	42	78	2	127	13	39	0	47	1.43
762779--762818	10	4.0	10	84	9	55	10	2	5	82	0.91
766666--766709	3	14.7	3	100	0	88	34	0	31	34	1.58
766923--766980	22	2.9	19	75	14	55	29	5	0	65	1.14
767798--767824	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
771907--771982	32	2.4	32	100	0	152	26	21	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771988--772015	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
772058--772122	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
772078--772102	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
774819--774864	5	9.4	5	79	13	51	2	15	0	82	0.76
775053--775084	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
776462--776493	14	2.1	16	88	11	50	71	6	0	21	1.07
776467--776520	10	5.3	10	78	12	56	70	1	0	27	0.98
779136--779184	21	2.2	21	78	7	53	38	4	0	57	1.18
779349--779606	106	2.4	107	77	8	242	44	4	5	46	1.45
779713--779753	2	20.5	2	94	0	73	53	0	0	46	1.00
780729--780754	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
783206--783253	19	2.5	20	90	10	73	52	10	2	35	1.48
783289--783331	21	2.1	20	82	4	50	41	4	4	48	1.44
784088--784140	26	2.1	24	86	6	70	62	3	1	32	1.24
786587--786654	15	4.4	15	73	15	50	29	4	4	61	1.35
787259--787306	21	2.3	20	82	3	60	45	14	6	33	1.70
787357--787397	21	1.9	22	85	5	57	36	2	0	60	1.10
788874--788931	21	2.7	22	73	7	57	51	6	6	34	1.55
790087--790133	16	3.0	15	79	11	58	55	6	8	29	1.55
795555--795580	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
795537--795600	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
797801--797850	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799648--799678	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
801760--801797	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
801909--801954	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
804345--804370	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
804327--804390	33	2.0	33	87	3	94	42	17	14	26	1.87
805189--805255	34	2.0	33	88	2	98	26	14	11	46	1.80
807607--807707	51	1.9	53	86	9	145	30	24	9	34	1.88
807772--807942	51	3.3	50	82	5	200	28	28	12	30	1.93
807823--808071	130	1.9	130	83	8	328	28	28	13	28	1.94
807954--808123	51	3.3	50	82	6	191	28	27	13	30	1.94
807737--808567	182	4.6	182	92	0	1378	27	28	12	31	1.93
808328--808488	51	3.1	50	83	4	196	27	27	11	32	1.92
808419--808761	79	4.3	78	80	4	332	25	25	14	34	1.94
812115--812185	16	4.4	16	67	10	54	29	12	12	45	1.79
812088--812185	49	2.0	49	97	0	187	30	14	15	39	1.87
814887--814919	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
815971--816003	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
816054--816114	2	30.5	2	96	0	113	0	50	0	49	1.00
817264--817324	22	2.8	22	87	0	77	44	42	8	4	1.55
817257--817324	10	6.4	11	74	12	54	45	42	7	4	1.52
817257--817303	2	23.5	2	82	8	60	46	46	2	4	1.34
820782--820933	51	3.0	51	88	7	240	38	6	5	49	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834545--834577	15	2.2	15	100	0	66	36	6	24	33	1.80
834671--834712	9	5.0	9	77	16	54	11	0	45	42	1.41
834714--834738	12	2.1	12	100	0	50	40	0	28	32	1.57
837740--837816	33	2.3	33	80	4	93	32	2	20	44	1.66
837834--837890	21	2.9	21	73	17	50	22	0	22	54	1.45
837833--837914	28	3.0	27	75	13	78	23	0	24	52	1.47
838345--838397	13	3.9	14	75	24	51	22	0	28	49	1.50
838348--838408	26	2.3	27	91	2	97	22	0	29	47	1.52
838362--838408	13	3.6	13	83	11	69	23	0	31	44	1.54
838633--838731	48	2.1	48	84	7	130	20	0	29	50	1.48
838665--838711	21	2.3	21	85	7	62	19	0	27	53	1.45
848815--848841	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
848825--848881	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
848910--848963	20	2.7	19	83	11	65	33	12	18	35	1.89
850361--850408	21	2.3	21	79	13	55	72	4	18	4	1.17
850961--851035	20	3.8	20	87	3	98	28	12	14	45	1.80
853329--853926	51	11.5	51	67	12	211	28	23	12	35	1.91
853482--853718	109	2.2	109	81	4	284	27	21	15	36	1.93
853661--853922	101	2.6	102	85	3	359	30	21	9	37	1.86
866482--866519	14	2.7	14	91	0	67	84	15	0	0	0.63
866480--866522	17	2.6	16	92	7	68	86	13	0	0	0.58
867614--867911	55	5.4	54	85	6	393	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867614--867966	55	6.3	54	80	8	368	27	26	20	26	1.99
867748--867833	29	3.1	29	64	16	81	27	31	20	19	1.97
867615--867966	111	3.1	110	88	5	474	27	26	20	26	1.99
867961--868146	42	4.3	42	78	8	160	22	25	12	39	1.90
868151--868253	41	2.5	41	83	7	129	17	27	10	44	1.81
868840--868944	20	5.6	20	75	17	91	29	16	12	41	1.84
868855--868924	33	2.1	33	91	0	113	30	15	12	41	1.85
868840--868944	53	2.0	53	84	3	140	29	16	12	41	1.84
868875--868905	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
871420--871479	28	2.1	27	85	11	77	21	33	18	26	1.96
871582--871763	51	3.6	50	75	7	195	28	24	12	35	1.92
871541--871762	102	2.2	102	90	0	336	28	22	13	35	1.92
882220--882410	52	3.8	49	79	10	170	34	16	24	24	1.96
882231--882359	48	2.6	49	86	4	161	33	17	25	23	1.96
882439--882525	27	3.2	28	86	4	108	27	10	35	26	1.89
882448--882528	27	3.0	27	89	3	128	25	11	37	25	1.89
882448--882525	26	3.0	26	90	1	120	25	11	35	26	1.90
882448--882560	27	4.0	27	83	8	120	28	11	35	24	1.90
882502--882564	32	2.0	32	90	0	99	36	12	30	20	1.90
882577--882674	27	3.5	26	71	17	79	40	13	25	20	1.88
882604--882819	32	6.8	32	75	9	183	37	12	29	20	1.90
882567--882792	59	3.7	61	79	9	235	38	12	27	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882696--882819	65	1.9	65	88	1	187	37	14	29	18	1.90
882677--882971	32	9.3	32	74	14	161	36	13	28	20	1.91
882574--882971	63	6.4	63	78	11	231	37	13	28	20	1.90
882826--883113	30	9.2	30	80	7	288	35	14	28	21	1.92
882800--883078	63	4.4	63	81	8	320	35	15	28	21	1.93
882815--883115	97	3.2	94	82	7	265	35	13	29	21	1.92
884289--884346	9	6.8	9	78	11	50	3	1	12	82	0.86
884287--884339	18	3.0	18	83	5	63	5	3	13	77	1.09
884288--884346	26	2.3	26	88	2	84	5	1	11	81	0.93
891432--891485	21	2.7	20	72	8	56	37	12	12	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9