genome.fa.s342.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold342
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  288538

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1163--1215	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
3415--3464	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
5261--5291	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
7306--7383	20	3.7	20	73	18	68	28	12	15	43	1.83
7372--7409	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
9028--9070	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
9943--9995	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
10827--10857	13	2.4	13	94	0	53	35	19	6	38	1.77
16940--17000	30	2.0	30	93	0	104	32	14	14	37	1.87
17733--17783	20	2.6	19	87	12	68	29	17	13	39	1.88
17856--17882	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
17837--17901	33	2.0	32	87	3	94	41	18	15	24	1.89
21854--22540	51	13.4	51	73	8	385	35	21	18	24	1.95
22093--22338	52	4.8	52	75	8	164	38	21	17	23	1.93
27341--27903	281	2.0	281	99	0	1108	37	14	15	33	1.87
30716--30769	20	2.7	20	76	2	54	27	12	9	50	1.71
32317--33311	79	12.7	79	80	6	923	27	24	13	35	1.92
40468--40523	21	2.8	20	86	2	67	39	17	10	32	1.84
44401--44455	21	2.7	21	82	2	67	43	14	9	32	1.77
44534--44558	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44678--44720	23	2.0	22	90	9	70	37	9	6	46	1.63
44678--44739	22	2.9	21	81	13	72	38	11	4	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46280--46336	7	7.9	7	79	14	53	8	0	5	85	0.72
46280--46327	9	5.2	9	82	5	60	8	0	4	87	0.66
47005--47231	114	2.0	114	94	0	400	35	24	12	27	1.92
49786--49828	4	10.5	4	85	5	59	30	0	18	51	1.47
55493--55543	24	2.1	24	89	7	77	66	7	1	23	1.28
55484--55543	13	5.2	11	79	15	59	68	6	3	21	1.28
58720--58782	33	1.9	33	90	6	101	33	11	19	36	1.87
63124--63161	16	2.3	17	86	9	60	31	31	2	34	1.72
75168--75268	28	3.6	28	79	4	114	21	7	7	62	1.48
75173--75300	55	2.3	57	84	5	179	19	9	9	61	1.53
75167--75301	29	4.8	27	79	5	144	20	8	9	61	1.53
78974--79119	79	1.8	79	83	2	195	31	14	25	28	1.95
78923--79221	130	2.3	130	83	6	365	32	12	24	30	1.92
79054--79170	51	2.3	50	80	10	139	29	12	26	30	1.93
79113--79279	79	2.1	79	87	4	239	31	15	25	26	1.96
81575--81683	20	5.9	18	76	22	86	42	13	15	28	1.85
81596--81665	33	2.1	33	97	0	131	41	14	17	27	1.87
81576--81682	53	2.0	52	85	10	146	42	14	15	28	1.86
81615--81645	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
82567--82745	61	2.9	62	84	4	238	29	20	25	25	1.99
82575--82766	61	3.2	58	80	9	158	29	20	23	26	1.99
82677--82955	93	3.0	94	88	2	400	26	17	29	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82877--83062	55	3.5	53	83	3	212	23	22	26	27	1.99
83142--83336	55	3.4	55	86	9	250	27	19	24	28	1.99
83078--83304	110	2.0	112	85	6	307	27	19	25	27	1.99
83078--83336	116	2.2	112	84	9	308	28	18	25	27	1.98
84331--84365	8	4.4	8	86	13	54	0	0	11	88	0.51
96788--96905	51	2.3	51	85	5	150	33	11	24	30	1.91
96756--97114	130	2.8	129	83	4	436	32	11	25	29	1.92
96920--97035	51	2.3	51	82	5	146	28	10	28	32	1.90
96972--97140	79	2.1	79	90	0	257	30	14	27	28	1.95
99457--99526	20	3.8	20	70	24	73	40	14	18	27	1.89
99476--99506	13	2.4	13	94	0	53	38	19	16	25	1.92
99457--99526	33	2.1	33	94	0	122	40	14	18	27	1.89
99437--99543	20	5.7	20	71	18	70	42	13	16	28	1.86
99559--99585	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
99572--99623	20	2.6	20	93	0	86	42	9	19	28	1.82
103038--103092	20	2.7	20	83	8	67	29	16	14	40	1.88
105079--105122	23	1.9	23	81	9	54	36	18	9	36	1.82
105783--105827	20	2.1	22	88	8	67	35	8	6	48	1.61
106037--106262	73	3.1	73	98	0	425	33	11	11	43	1.78
108498--108528	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
111263--111724	241	1.9	241	92	0	771	38	15	13	33	1.86
115087--115131	20	2.1	22	88	8	67	33	8	6	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116394--116591	29	6.8	29	85	2	252	15	9	14	61	1.56
116394--116592	59	3.4	58	83	4	247	15	9	14	61	1.57
121543--121579	20	1.9	19	89	10	58	32	21	10	35	1.88
121536--121584	20	2.5	20	77	16	57	32	20	10	36	1.86
123030--123120	34	2.7	33	74	11	96	43	2	0	53	1.12
123057--123111	28	2.0	28	88	0	83	43	1	0	54	1.10
123323--123453	65	2.0	65	85	2	174	33	13	3	49	1.58
123383--123437	21	2.6	21	83	11	60	38	10	0	50	1.37
124600--124637	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
125935--125982	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
126725--126775	9	5.8	10	72	27	53	58	0	0	41	0.98
126720--126776	17	3.5	16	90	9	89	56	0	0	43	0.99
131337--131449	51	2.3	48	92	4	181	44	10	15	29	1.80
131908--131940	16	1.9	18	88	11	52	0	15	3	81	0.80
133551--134118	28	20.1	29	82	6	618	25	17	28	27	1.98
134130--134199	26	2.7	26	72	16	65	40	20	8	31	1.82
135434--135490	19	2.8	21	82	15	66	1	3	12	82	0.87
143629--143985	30	12.0	29	74	14	212	25	15	30	28	1.96
143631--143799	85	2.0	86	82	6	209	20	17	31	30	1.96
143843--143985	29	4.9	29	77	9	130	24	16	30	28	1.97
143886--143991	27	3.7	27	80	8	104	21	16	31	31	1.95
145430--145481	6	8.5	6	80	19	63	0	1	15	82	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145428--145488	19	3.3	18	82	17	81	0	1	14	83	0.72
145430--145489	13	5.0	11	81	16	66	0	1	16	81	0.77
155113--155139	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
159264--159412	52	2.9	51	86	4	217	30	16	18	34	1.93
159401--159425	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
159466--159532	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
159488--159512	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163233--163258	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
165421--165461	20	2.0	20	90	0	64	12	26	39	21	1.89
172014--172079	33	2.0	33	85	5	89	31	19	15	33	1.93
177373--177415	1	43.0	1	80	0	50	0	9	0	90	0.45
177373--177414	9	4.7	9	100	0	84	0	9	0	90	0.45
183555--183774	109	2.0	107	81	6	257	35	7	21	35	1.82
184141--184323	90	2.0	91	98	1	359	38	5	15	40	1.71
191036--191099	28	2.3	28	83	8	85	60	9	17	12	1.57
191154--191199	10	4.4	10	86	13	58	0	8	4	86	0.68
191154--191198	9	4.9	9	83	5	54	0	8	4	86	0.69
191154--191199	19	2.4	19	88	0	65	0	8	4	86	0.68
191879--191993	58	2.0	59	82	1	142	31	18	19	31	1.95
192637--192708	34	2.1	35	89	2	110	36	20	19	23	1.95
194459--194506	20	2.5	19	86	10	62	22	16	18	41	1.90
197228--197254	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200361--200420	20	2.9	19	83	11	75	41	11	10	36	1.75
202159--202183	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
204487--204525	11	3.5	11	96	3	69	64	0	10	25	1.25
204652--204904	80	3.2	78	81	3	290	33	9	27	29	1.89
204687--205034	80	4.4	78	74	7	213	36	10	23	29	1.89
204687--205088	157	2.5	155	76	8	387	36	10	24	28	1.88
207454--207478	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
208337--208398	28	2.2	28	82	8	72	14	32	6	46	1.70
210694--210732	20	2.0	20	94	0	69	23	12	0	64	1.28
212301--212398	36	3.0	33	80	14	105	28	26	13	31	1.94

Tables:   1   2