genome.fa.s346.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold346
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  475321

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 245 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266792--266857	33	2.0	33	88	5	98	39	13	16	30	1.87
266888--266962	21	3.7	21	91	3	118	32	16	13	38	1.87
271832--271891	27	2.2	28	82	8	70	1	20	5	73	1.11
271832--271891	28	2.2	27	82	8	68	1	20	5	73	1.11
271911--271964	25	2.2	25	90	9	85	5	12	11	70	1.32
272670--272728	25	2.4	25	100	0	118	33	13	15	37	1.86
272803--272843	17	2.4	17	83	0	55	21	4	0	73	1.02
272803--272860	14	4.0	14	74	22	57	22	3	0	74	0.97
273429--273565	43	3.2	42	70	7	107	35	16	30	18	1.92
273412--274234	42	19.6	42	70	8	336	36	16	27	19	1.93
273508--273816	168	1.8	167	82	4	390	34	16	29	19	1.94
273674--273929	125	2.0	125	82	3	309	35	14	28	21	1.93
273808--274193	84	4.6	83	82	3	391	35	16	27	20	1.94
273799--274234	168	2.6	168	83	2	475	36	16	26	20	1.94
274262--274439	47	3.8	47	82	0	194	34	17	24	24	1.96
275279--275692	42	9.9	42	74	11	285	33	15	30	21	1.94
275289--275669	169	2.3	169	94	1	678	33	15	30	20	1.94
275279--275708	125	3.4	128	78	6	335	33	15	30	20	1.94
275714--275895	47	3.9	46	82	6	179	37	18	23	20	1.94
276076--276242	89	1.9	89	83	0	217	32	19	22	25	1.97
276079--276265	89	2.1	89	79	3	196	32	18	24	25	1.97
280783--280951	79	2.1	79	85	2	223	31	14	24	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280907--280979	28	2.6	28	91	0	119	28	21	28	20	1.98
280828--281060	107	2.2	107	85	3	299	31	16	25	25	1.97
280935--281614	79	8.6	79	90	1	990	31	15	26	25	1.96
284104--284155	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
284480--284582	42	2.4	42	87	4	136	44	12	26	16	1.83
284598--284832	61	3.9	61	81	4	271	26	20	26	25	1.99
284872--285468	55	10.4	54	83	8	645	25	20	26	27	1.99
284872--285466	226	2.6	222	85	6	728	25	20	27	27	1.99
284872--285473	281	2.1	285	87	5	840	25	19	27	27	1.99
286545--286599	28	2.0	28	85	7	76	0	5	10	83	0.79
286563--286602	12	3.2	12	83	16	55	0	2	7	90	0.55
286543--286602	31	1.9	30	86	6	84	0	5	10	85	0.75
296878--296902	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
298978--299146	79	2.1	79	83	2	214	31	14	24	28	1.95
299102--299176	28	2.7	28	89	0	114	28	24	28	20	1.99
299130--299730	79	7.6	79	91	1	929	30	16	27	25	1.97
299023--299255	107	2.2	107	85	3	299	30	17	26	25	1.97
298999--299334	186	1.8	186	82	2	433	32	16	25	26	1.96
299130--299730	236	2.5	237	93	0	997	30	16	27	25	1.97
299682--299753	27	2.6	28	82	2	83	20	20	34	23	1.96
302157--302232	21	3.7	21	96	1	136	35	14	22	27	1.93
305676--305722	24	1.9	25	91	4	78	8	14	10	65	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305676--305734	24	2.4	24	86	8	75	6	15	10	67	1.39
306652--306690	15	2.7	15	92	4	62	17	2	0	79	0.84
306645--306700	25	2.2	25	84	9	69	21	1	0	76	0.87
306651--306695	15	2.9	14	84	15	54	17	2	0	80	0.82
308725--308775	22	2.3	22	96	0	93	5	13	3	76	1.11
319252--319338	44	2.0	44	86	4	122	36	18	12	32	1.88
319628--319704	21	3.7	21	85	3	102	35	11	16	36	1.86
319741--319793	19	2.6	21	85	5	74	35	13	15	35	1.86
319845--319871	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
319825--319891	34	2.0	33	88	2	98	25	16	14	43	1.86
322228--322361	52	2.6	52	82	5	173	31	26	10	31	1.90
322344--322420	28	2.7	29	80	4	86	25	33	16	23	1.96
322376--322608	79	2.9	77	77	6	234	27	27	12	31	1.93
334945--335016	1	72.0	1	77	0	72	88	9	1	0	0.56
334944--335015	36	2.0	36	89	5	110	87	11	1	0	0.61
334944--335015	9	8.0	9	85	14	96	87	11	1	0	0.61
336086--336290	61	3.3	60	84	5	268	25	29	20	24	1.99
336303--336657	55	6.3	55	85	8	466	26	27	21	23	1.99
336529--336616	26	3.3	26	64	14	70	26	30	20	22	1.98
337471--337495	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
339913--340046	52	2.6	52	80	3	180	32	26	10	30	1.90
340029--340103	28	2.6	30	84	12	88	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340057--340293	79	3.0	76	76	12	219	26	25	13	33	1.94
344433--344477	22	2.0	22	91	0	72	46	13	22	17	1.83
345862--345904	22	2.0	22	95	0	77	39	9	30	20	1.84
347212--347262	24	2.1	24	82	7	59	52	1	33	11	1.49
351567--351662	36	2.9	32	82	17	117	30	25	12	32	1.92
352635--352747	56	2.0	56	96	0	208	29	23	12	35	1.91
356937--357027	36	2.7	34	79	14	109	29	24	14	31	1.94
357470--357512	22	2.0	22	100	0	86	34	13	23	27	1.93
357591--357621	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
361638--361696	20	2.7	22	82	15	77	72	5	10	11	1.25
361651--361697	21	2.3	21	92	3	78	70	4	12	12	1.31
367772--367802	16	1.9	16	100	0	62	35	12	12	38	1.82
376501--376611	20	5.5	20	73	15	77	36	15	16	32	1.90
379233--379265	13	2.5	13	86	13	50	39	0	3	57	1.14
379776--379817	13	3.3	13	83	6	59	19	2	0	78	0.86
380748--380808	32	1.9	32	83	6	79	70	11	14	3	1.28
381072--381112	13	3.1	13	89	3	55	85	9	2	2	0.78
382007--382043	3	13.0	3	83	11	51	67	2	0	29	1.04
382014--382048	17	2.1	18	89	10	56	74	0	0	25	0.82
382442--383580	157	7.3	157	80	6	952	22	16	21	39	1.91
384485--384538	20	2.7	20	85	5	65	33	9	18	38	1.83
389636--389709	37	2.0	37	100	0	148	24	13	16	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
393360--393413	20	2.7	20	88	5	74	33	12	18	35	1.89
400927--401004	28	2.8	28	82	3	95	8	16	12	61	1.55
412990--413080	20	4.6	19	73	13	69	31	17	10	39	1.85
421382--421434	19	2.7	20	82	2	63	24	16	16	41	1.89
424675--425021	181	1.9	182	87	0	507	40	12	10	36	1.78
427230--427284	26	2.1	26	86	0	74	32	12	14	40	1.84
431353--431392	11	3.5	11	83	12	53	85	0	12	2	0.71
431448--431519	28	2.6	28	84	6	92	13	19	6	59	1.57
432270--432294	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
435268--435384	58	2.0	58	83	0	144	28	19	23	29	1.98
438708--438776	8	8.8	8	80	13	54	4	8	1	85	0.78
449787--449914	40	3.2	40	67	12	118	39	10	21	28	1.87
449758--449924	80	2.1	80	93	0	280	40	11	20	26	1.87
449978--450015	18	2.1	18	85	14	51	13	0	10	76	1.02
451008--451037	14	2.1	14	100	0	60	26	13	16	43	1.85
456655--456691	19	1.9	19	100	0	74	32	5	40	21	1.76
456656--456699	19	2.3	19	92	0	70	40	6	31	20	1.79
461914--461967	20	2.7	20	94	0	90	35	12	12	38	1.82
462752--462782	9	3.4	9	100	0	62	22	0	19	58	1.40
468865--468913	6	8.3	6	80	11	57	81	14	0	4	0.83
470195--470766	32	18.3	32	80	10	530	22	29	14	32	1.94
470205--470787	125	4.7	125	82	8	647	23	29	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
470205--470787	250	2.3	246	84	6	744	23	29	15	32	1.95
470731--471213	27	16.0	27	75	15	183	20	31	14	33	1.92
470816--471106	34	9.0	34	77	11	288	18	30	13	37	1.89
470789--471246	61	7.4	62	74	15	264	20	31	14	34	1.92
470789--471246	95	4.9	95	86	3	603	20	31	14	34	1.92
471042--471213	60	3.0	60	84	7	214	20	31	14	32	1.93
471074--471251	60	3.1	54	80	9	131	20	33	15	30	1.94
471073--471251	87	2.1	87	87	2	252	20	32	15	31	1.93
471244--471301	31	2.0	29	83	12	75	34	25	18	20	1.96
471319--472204	87	9.9	87	87	3	1144	26	25	19	29	1.99

Tables:   1   2   3