genome.fa.s346.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold346
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  475321

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 245 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4773--4891	42	2.8	42	90	0	184	8	47	2	42	1.47
4797--4882	24	3.8	24	70	17	76	10	46	2	40	1.51
4788--4858	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
8944--9062	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
8968--9053	24	3.8	24	69	17	76	10	44	2	43	1.51
10674--12397	476	3.6	473	84	3	2136	30	19	13	36	1.91
12701--12752	19	2.7	19	87	0	77	32	9	15	42	1.79
12782--12850	20	3.8	20	75	25	89	31	14	11	42	1.82
12804--12862	13	5.0	13	73	23	67	30	15	13	40	1.86
12784--12862	33	2.4	33	100	0	158	30	15	12	41	1.84
12782--12882	53	1.9	53	85	4	141	30	15	12	40	1.85
12784--12882	33	3.0	33	92	0	126	29	16	13	41	1.86
15160--15338	51	3.5	50	80	3	182	30	25	9	34	1.88
15480--15609	28	4.8	28	86	5	176	22	31	20	26	1.98
15275--15527	79	3.2	78	79	8	271	30	28	11	29	1.92
15482--15606	53	2.3	54	90	6	191	22	31	20	26	1.98
15592--15710	51	2.3	51	91	2	186	27	27	14	30	1.95
16820--19764	476	6.2	476	84	2	3548	32	18	13	35	1.90
16820--19768	951	3.1	946	86	3	3883	32	18	13	35	1.90
17157--19251	158	13.2	158	66	14	508	32	19	13	34	1.90
19372--20138	397	1.9	398	86	2	1074	31	17	14	36	1.90
20023--21111	448	2.4	453	82	6	1182	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21857--23599	158	11.0	156	67	11	561	32	18	13	35	1.90
21621--29004	477	15.6	474	75	9	5080	31	18	13	35	1.90
24635--29276	159	29.4	158	64	13	730	31	18	14	35	1.91
28970--30023	475	2.2	475	84	3	1388	31	19	14	34	1.92
30818--30882	18	3.3	18	67	29	51	9	49	1	40	1.44
30821--30939	42	2.8	42	92	0	193	9	45	1	43	1.46
30836--30906	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
32317--32800	242	2.0	242	99	0	950	22	27	13	36	1.92
35723--35841	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
35756--35831	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
35747--35832	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
35738--35808	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
36754--38127	708	1.9	708	100	0	2748	35	22	15	26	1.94
38241--38305	18	3.3	18	67	29	51	9	49	1	40	1.44
38244--38362	42	2.8	42	92	0	193	9	45	1	43	1.46
38259--38329	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
39970--44957	476	10.5	475	84	3	6220	31	18	14	35	1.91
44857--45075	118	1.9	118	84	3	298	28	20	16	34	1.94
45038--45296	137	1.9	136	89	2	403	32	16	8	42	1.79
45167--51898	476	14.1	474	80	5	6905	31	18	14	36	1.90
45167--51262	949	6.4	944	83	4	6649	31	18	14	36	1.90
51220--51311	45	2.0	45	93	0	157	32	18	17	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52987--55182	472	4.7	474	82	4	2478	31	18	13	36	1.90
60143--60274	42	3.1	42	86	2	176	8	43	2	45	1.46
61889--72334	475	22.2	476	81	4	10888	31	18	14	36	1.90
72427--74929	159	15.9	157	66	12	505	31	17	13	36	1.89
72426--78260	475	12.4	473	82	4	6186	31	17	13	36	1.89
79974--80030	21	2.8	21	91	2	89	38	15	10	35	1.82
81349--84281	476	6.2	475	82	4	3350	36	13	18	31	1.90
81390--84259	946	3.0	940	84	4	3628	36	13	19	31	1.90
84589--84615	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
84652--84677	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
86281--86314	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
89492--89577	13	7.5	13	67	28	70	34	17	13	33	1.89
89495--89592	33	3.0	33	95	3	171	33	18	14	33	1.91
89528--89593	20	3.7	20	73	26	83	34	18	15	31	1.92
89662--89688	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
91965--91989	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92052--92076	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
92085--92213	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.93
95661--95687	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
98188--98250	32	1.9	32	87	3	90	33	15	11	39	1.83
98215--98269	19	2.8	19	78	10	58	38	16	14	30	1.89
98221--98269	20	2.5	19	80	9	55	36	16	16	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98316--98345	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
98301--98365	33	2.0	33	87	6	96	35	13	18	32	1.90
99120--105761	476	14.0	475	81	3	7058	35	13	18	31	1.90
106050--106079	13	2.4	13	94	5	53	33	16	13	36	1.88
106054--106129	33	2.3	32	84	2	98	30	14	14	40	1.86
114829--114855	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
114841--114894	20	2.8	19	82	2	63	31	14	12	40	1.84
114940--114969	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
114925--114989	33	2.0	32	88	11	96	35	13	18	32	1.90
118419--125626	476	15.2	474	80	5	7054	35	13	18	32	1.90
127185--128607	474	3.0	469	83	4	1757	35	13	18	32	1.90
131781--134118	476	4.9	471	81	5	2566	35	12	19	32	1.89
134059--134183	61	2.0	61	98	0	241	40	10	22	26	1.86
134134--134548	208	2.0	208	87	1	591	36	15	16	30	1.91
137317--144685	476	15.6	475	80	4	7467	36	13	18	31	1.90
144703--146586	475	4.0	475	82	5	2156	36	13	18	32	1.89
146789--147691	475	1.9	476	84	2	1215	35	13	19	31	1.91
149014--149154	71	2.0	71	88	2	212	35	13	14	36	1.86
149528--152761	476	6.8	476	84	3	3889	36	13	18	31	1.90
152779--154383	474	3.4	472	81	7	1840	35	13	18	32	1.90
155476--163803	475	17.5	472	80	5	8213	35	13	18	31	1.91
155476--163773	949	8.7	944	81	5	8358	35	13	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164577--164602	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
165247--165337	39	2.3	41	79	9	107	34	23	5	37	1.78
171401--171445	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
173583--173622	20	2.1	19	90	4	62	35	7	15	42	1.75
174097--181935	476	16.5	474	81	5	7869	35	13	18	32	1.90
176406--177057	159	4.1	156	66	13	352	35	14	16	32	1.90
178835--179510	159	4.3	157	69	10	388	37	12	17	32	1.88
181513--182377	438	2.0	438	84	2	1137	36	13	18	31	1.90
181951--196579	475	30.7	475	82	3	15510	35	13	18	31	1.90
181951--196579	951	15.4	948	82	4	15028	35	13	18	31	1.90
192468--194566	159	13.2	159	63	17	546	35	12	18	32	1.89
198284--200140	475	3.9	474	82	4	2086	36	13	18	31	1.90
199921--200369	241	1.9	241	87	1	659	33	14	18	32	1.92
199440--200856	716	2.0	715	83	3	1778	35	14	18	31	1.91
200142--207566	476	15.7	474	82	4	7965	36	13	18	32	1.89
207604--220273	475	26.9	475	80	5	12647	34	14	18	32	1.91
219867--220701	428	2.0	428	81	5	1010	35	14	17	33	1.89
220281--223060	476	5.9	476	84	4	3244	35	14	18	32	1.90
220271--223060	946	2.9	942	83	5	3325	35	14	18	32	1.90
225420--225485	12	5.5	12	73	10	55	40	10	22	25	1.86
225905--225992	43	2.0	43	91	0	140	35	19	12	32	1.89
231766--231804	14	2.7	14	84	4	51	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232306--232766	249	1.8	251	85	6	657	33	17	10	39	1.83
235327--235542	82	2.6	83	81	3	258	30	15	13	39	1.87
235670--235723	28	1.9	28	92	0	90	31	18	5	44	1.73
243277--243373	51	1.9	51	84	0	131	25	7	17	49	1.72
245235--245297	28	2.2	29	81	13	78	12	14	9	63	1.52
250170--250208	20	2.0	20	90	5	62	41	10	12	35	1.77
251690--251729	18	2.2	18	86	0	53	40	7	30	22	1.81
258649--258712	33	2.0	32	84	3	83	29	14	14	42	1.84
258760--258868	52	2.1	52	82	3	139	34	13	17	33	1.89
266810--266837	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89

Tables:   1   2   3