genome.fa.s348.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold348
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  425534

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 355 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167672--167725	24	2.3	23	78	15	58	51	0	0	48	1.00
172239--172268	14	2.1	14	93	0	51	66	0	0	33	0.92
172589--172631	22	2.0	21	86	4	59	48	2	2	46	1.27
173687--173728	11	3.7	11	78	15	50	66	2	0	30	1.04
174804--174848	24	1.9	23	86	4	63	44	0	2	53	1.13
174818--174867	16	3.3	15	83	8	57	42	0	2	56	1.11
174831--174867	16	2.4	16	90	4	58	37	0	2	59	1.12
176463--176518	23	2.4	23	77	11	60	50	0	3	46	1.19
179271--179347	38	2.1	36	80	9	84	38	1	3	55	1.26
182983--183018	19	1.9	19	88	5	56	52	0	2	44	1.15
185274--185310	2	18.5	2	88	0	56	45	2	0	51	1.15
186320--186348	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
187901--188009	27	3.8	27	68	22	71	43	0	0	55	1.05
187939--188009	32	2.2	33	84	2	90	42	1	0	56	1.08
187922--188000	18	4.1	18	70	24	63	41	1	0	56	1.07
187907--188021	59	1.9	62	82	10	150	43	1	0	53	1.16
188283--188325	19	2.2	20	87	4	61	48	2	0	48	1.14
188282--188331	19	2.6	19	75	12	57	50	2	0	48	1.12
191044--191091	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
191528--191556	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
194677--194701	12	2.1	12	100	0	50	56	0	20	24	1.43
195151--195190	21	1.9	21	84	0	53	45	0	7	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196322--196365	22	2.0	22	82	8	54	56	0	0	43	0.99
197582--197621	20	2.0	20	85	14	55	50	0	0	50	1.00
197580--197626	20	2.4	19	78	21	53	55	0	0	44	0.99
199640--199687	24	2.0	23	84	4	60	52	6	2	39	1.39
199727--199764	20	1.9	20	89	10	60	44	5	0	50	1.24
199941--199982	21	2.0	22	86	13	61	26	11	4	57	1.54
200078--200127	21	2.3	23	80	13	61	48	6	0	46	1.27
200508--200546	20	2.0	21	85	10	55	46	7	0	46	1.31
201356--201402	22	2.2	21	88	3	67	38	2	0	59	1.09
201749--201862	15	6.9	15	69	22	59	62	2	1	33	1.19
201764--201812	22	2.2	22	82	7	55	59	0	2	38	1.09
201749--201823	37	2.0	37	84	7	98	57	0	2	40	1.13
201810--201862	17	3.2	16	76	10	54	69	5	1	22	1.19
206039--206069	6	5.2	6	92	0	53	0	35	0	64	0.94
208528--208611	36	2.3	36	84	10	109	57	0	1	41	1.06
208557--208607	25	2.0	26	88	3	77	52	0	1	45	1.12
208570--208619	25	2.0	25	84	0	64	60	0	4	36	1.16
208662--208703	16	2.5	17	80	7	50	69	2	2	26	1.13
209032--209128	34	3.3	28	70	27	85	46	0	0	53	1.00
209043--209126	32	2.5	33	83	12	102	46	0	0	53	1.00
209077--209147	28	2.6	26	77	16	72	45	0	1	53	1.09
209299--209333	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210150--210249	38	2.8	36	78	13	105	54	2	3	41	1.27
210134--210238	36	2.9	36	78	10	115	53	1	2	41	1.26
211303--211350	24	2.0	24	84	15	64	43	2	0	54	1.12
211554--211578	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
211816--211841	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
212283--212415	11	12.0	11	66	16	60	57	0	1	41	1.08
218574--218624	24	2.0	26	85	11	70	56	0	1	41	1.10
221313--221407	49	2.0	49	81	6	113	50	1	0	48	1.07
221366--221404	21	1.9	20	84	5	51	51	0	0	48	1.00
228146--228171	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
229038--229140	37	2.7	38	78	7	100	40	16	12	30	1.85
230596--230688	28	3.4	27	71	15	84	52	1	0	46	1.07
233879--233918	18	2.2	19	90	4	64	40	12	10	37	1.77
234635--234754	18	6.9	17	69	16	77	42	15	10	31	1.81
238241--238285	18	2.4	18	81	7	54	44	0	2	53	1.13
240054--240084	16	1.9	16	93	0	53	22	29	0	48	1.51
240346--240406	32	1.9	32	90	3	97	36	9	8	45	1.67
240791--240841	22	2.4	22	83	9	61	47	0	0	52	1.00
244746--244771	7	3.7	7	100	0	52	42	26	30	0	1.56
245618--245839	122	1.8	121	87	0	327	44	6	7	41	1.57
245817--245893	32	2.5	30	78	17	77	63	0	1	35	1.03
245861--245897	20	1.9	19	89	10	58	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245937--245982	21	2.1	22	88	4	67	60	4	0	34	1.16
246276--246332	19	2.6	23	71	23	59	45	0	1	52	1.11
247858--247893	2	18.0	2	88	0	54	50	5	0	44	1.25
248002--248031	5	6.0	5	92	0	51	83	0	16	0	0.65
248511--248584	33	2.2	33	83	9	89	51	2	1	44	1.24
248509--248585	21	3.8	19	80	13	75	50	2	1	45	1.23
249602--249636	2	18.0	2	88	5	54	48	0	0	51	1.00
249967--250003	2	19.0	2	88	5	58	48	0	2	48	1.15
252087--252126	20	2.1	18	86	13	53	57	0	0	42	0.98
252125--252158	7	4.9	7	100	0	68	26	0	0	73	0.83
255006--255047	16	2.7	16	92	3	68	19	14	16	50	1.79
255650--255684	17	2.1	17	100	0	70	54	5	11	28	1.59
256411--256485	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
256411--256488	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
257399--257452	22	2.5	22	96	3	101	18	11	9	61	1.55
263889--263921	12	2.8	12	95	4	59	84	15	0	0	0.61
264935--265455	27	19.0	27	86	6	656	23	33	14	28	1.94
265009--266559	28	54.2	28	83	6	1157	26	31	17	23	1.97
265489--266559	145	7.4	144	84	6	1194	27	31	18	21	1.97
267114--267188	20	3.8	20	74	0	78	34	14	12	38	1.83
268955--269010	28	2.0	28	85	3	76	55	0	0	44	0.99
269522--269554	16	2.0	17	88	5	50	27	6	3	63	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271921--271994	29	2.7	27	85	10	89	52	0	1	45	1.09
272097--272124	6	4.7	6	100	0	56	53	14	32	0	1.41
273681--273739	28	2.1	28	100	0	118	33	11	3	50	1.56
276396--276503	54	2.0	54	98	0	207	33	10	18	37	1.84
278177--278212	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
280229--280284	21	2.9	21	77	17	59	39	0	1	58	1.08
284531--284562	12	2.5	13	90	10	57	65	0	0	34	0.93
284956--284992	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
286126--286164	12	3.3	12	82	7	53	41	0	0	58	0.98
286141--286218	20	3.8	21	70	21	58	46	0	0	53	1.00
286170--286224	26	2.1	26	86	3	74	52	0	0	47	1.00
291534--291568	17	2.2	17	90	10	56	34	5	0	60	1.21
291583--291609	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
291651--291693	18	2.3	18	84	11	52	53	0	2	44	1.13
292163--292211	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
292389--292420	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
292368--292435	27	2.4	28	85	11	95	32	2	0	64	1.08
295261--295299	16	2.4	16	86	0	60	53	0	2	43	1.14
295283--295381	31	3.3	30	71	20	89	48	0	0	51	1.00
295296--295412	60	1.9	60	81	13	141	49	0	0	49	1.06
295822--295882	14	4.4	14	91	0	104	57	0	0	42	0.98
295820--295882	2	31.5	2	86	0	90	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299757--299786	15	2.1	14	93	6	51	73	0	0	26	0.84
300613--300637	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
301573--301606	15	2.4	15	90	9	54	50	5	8	35	1.58
301855--301896	2	21.0	2	90	0	66	47	2	2	47	1.28
307450--307477	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
308210--308276	20	3.4	19	73	22	66	44	0	1	53	1.09
308237--308307	29	2.5	28	84	8	90	42	0	0	57	0.98
309760--309803	17	2.4	18	82	17	56	38	2	0	59	1.10
310371--310427	29	2.0	28	86	10	80	43	1	14	40	1.55
316999--317039	15	2.6	16	77	14	50	70	4	17	7	1.28

Tables:   1   2   3