genome.fa.s352.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold352
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  630196

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208689--208756	34	2.0	34	97	0	127	38	13	4	44	1.64
211801--211874	9	8.3	9	74	14	64	75	9	4	10	1.16
211807--211876	26	2.6	27	80	14	83	75	8	4	11	1.16
211807--211865	28	2.1	27	90	3	91	77	8	5	8	1.10
213939--214127	99	1.9	97	82	5	238	28	24	10	36	1.89
214081--214217	70	2.0	70	92	2	231	32	20	10	37	1.86
216083--216300	98	2.2	98	95	0	400	33	13	25	27	1.94
218447--218543	51	1.9	51	89	4	151	39	13	15	31	1.86
219524--220076	28	19.5	28	79	6	526	25	17	28	28	1.97
235259--235310	20	2.6	20	93	0	86	44	9	15	30	1.78
239626--239670	19	2.3	19	85	11	56	80	6	6	6	1.04
239603--239673	22	3.3	22	74	23	71	74	8	9	7	1.22
240896--242394	63	24.0	63	81	4	1547	24	25	18	31	1.98
242421--242580	62	2.7	60	71	13	148	24	23	11	40	1.87
243478--243536	27	2.3	25	79	5	64	77	5	1	15	1.01
243478--243535	25	2.3	25	79	8	64	77	5	1	15	1.02
243770--243849	28	2.8	30	74	16	87	42	20	27	10	1.83
244050--244262	91	2.3	91	97	0	399	46	13	26	13	1.80
245608--245794	100	1.9	100	85	3	263	29	25	9	35	1.87
245747--245882	70	1.9	71	83	4	177	34	17	10	37	1.84
245871--245936	27	2.4	27	92	0	114	25	27	18	28	1.98
247132--247161	16	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247153--247225	22	3.4	20	78	16	67	53	0	1	45	1.09
247197--247284	25	3.4	25	72	14	63	51	0	0	48	1.00
247250--247283	18	1.9	17	88	5	50	47	0	0	52	1.00
249015--249047	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
250160--250221	30	2.1	30	93	0	106	38	17	11	32	1.85
250723--250750	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
252892--252920	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
254173--254199	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
257774--257817	16	2.7	16	82	3	52	52	0	4	43	1.22
258529--258561	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
264888--265017	64	2.0	64	100	0	260	44	13	13	27	1.82
267753--267791	18	2.0	20	85	9	55	64	7	5	23	1.40
267753--267791	19	2.0	20	85	5	53	64	7	5	23	1.40
268755--268808	26	2.1	26	89	0	81	29	1	33	35	1.69
269015--269057	18	2.4	18	76	0	50	46	0	13	39	1.44
271344--271385	18	2.4	18	84	11	52	69	7	14	9	1.37
271345--271386	17	2.5	17	82	17	52	69	7	14	9	1.37
274143--274175	16	2.0	17	88	5	50	36	6	3	54	1.41
275256--275295	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
277839--277910	32	2.2	33	85	4	94	52	0	1	45	1.09
280238--280279	17	2.4	18	77	22	54	59	0	4	35	1.19
281556--281622	23	3.0	22	72	12	57	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281708--281745	18	2.0	20	90	10	62	34	5	0	60	1.19
281969--282006	15	2.4	16	86	4	51	42	0	2	55	1.14
286250--286379	64	2.0	64	89	0	197	38	14	16	30	1.89
286888--286926	20	2.0	20	84	0	51	41	2	0	56	1.13
287196--287245	25	2.0	25	84	0	64	18	10	4	68	1.34
287487--287517	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
288342--288379	19	2.0	19	85	10	51	23	23	2	50	1.62
289097--289231	44	3.1	44	95	0	243	26	8	31	33	1.86
290540--290594	27	2.0	28	89	10	87	56	0	0	43	0.99
290927--290965	18	2.1	19	90	4	62	58	2	2	35	1.25
291165--291219	25	2.2	25	83	9	67	43	1	3	50	1.30
291457--291511	18	2.9	19	74	15	60	50	1	0	47	1.11
292024--292085	32	1.9	32	83	9	81	50	1	1	46	1.20
293959--293996	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
294797--294837	20	2.0	20	86	13	57	58	0	0	41	0.98
295711--295870	44	3.5	45	82	9	182	38	5	1	54	1.33
297636--297678	6	7.2	6	91	0	68	46	4	48	0	1.22
301789--301843	22	2.4	24	73	8	62	38	0	1	60	1.08
303817--303864	22	2.2	22	96	0	87	31	8	20	39	1.82
308308--308345	20	1.9	20	84	10	51	0	34	0	65	0.93
310878--310914	14	2.6	15	83	8	51	64	2	0	32	1.07
312453--312489	13	2.6	15	83	12	51	54	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313848--313918	28	2.5	28	82	13	92	28	0	2	69	1.03
313848--313917	29	2.5	28	84	11	90	27	0	2	70	1.02
313862--313928	30	2.2	30	80	12	75	34	0	2	62	1.10
313993--314054	29	2.2	28	82	8	72	59	1	0	38	1.07
324035--324083	23	2.1	24	88	3	73	77	0	20	2	0.87
328075--328357	103	2.8	102	81	5	295	43	12	24	20	1.85
328437--328582	78	1.9	78	82	7	188	47	12	22	17	1.80
328439--328611	41	4.4	39	72	12	129	46	12	23	18	1.82
329067--329303	76	3.1	76	82	1	287	41	12	16	29	1.86
333882--333913	8	3.9	8	95	4	55	28	9	25	37	1.87
333874--333912	16	2.5	16	79	4	53	30	7	20	41	1.80
337980--338253	148	1.9	148	81	1	343	40	19	13	26	1.89
345779--345807	12	2.5	12	94	5	51	86	0	13	0	0.58
349573--349676	41	2.6	41	83	7	135	44	12	25	18	1.84
350302--350326	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
350282--350347	32	2.0	33	88	2	98	34	13	13	37	1.84
350390--350414	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
350423--350543	52	2.3	52	94	0	215	35	18	17	28	1.93
358785--358868	31	2.7	32	86	1	107	26	30	16	26	1.97
358849--359150	33	8.8	33	85	9	349	19	33	12	34	1.89
358816--359170	138	2.6	139	83	8	420	20	33	12	33	1.90
359161--359224	33	1.9	34	96	3	121	28	35	18	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
359152--359231	33	2.5	30	81	15	106	27	37	16	18	1.92
359224--360128	49	18.7	49	82	6	1089	25	26	17	30	1.97
359224--360128	195	4.7	196	89	5	1229	25	26	17	30	1.97
360142--360268	67	1.9	68	85	1	175	24	25	11	37	1.90
364546--364574	12	2.5	12	94	5	51	86	0	13	0	0.58
368340--368443	41	2.6	41	83	7	135	44	12	25	18	1.84
369069--369093	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
369049--369114	32	2.0	33	88	2	98	34	13	13	37	1.84
369156--369180	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
369189--369309	52	2.3	52	94	0	215	35	18	17	28	1.93
372563--372798	76	3.0	76	75	7	224	43	12	16	27	1.84
373224--373264	13	3.2	13	85	0	55	39	14	14	31	1.87
373326--373408	20	4.0	20	80	17	98	40	13	14	31	1.84
373327--373406	41	1.9	42	89	5	126	40	13	13	32	1.84
377602--377845	52	4.5	52	70	12	168	40	13	21	24	1.89
377922--378099	33	5.5	33	74	7	143	21	14	29	34	1.93
377922--378100	32	5.6	32	76	7	150	22	13	29	34	1.93
378124--378465	29	11.9	29	85	3	449	24	16	27	32	1.96
378087--378461	57	6.5	57	85	2	455	24	17	27	31	1.97
378124--378461	173	2.0	172	90	0	532	24	16	26	31	1.96
379532--379589	29	2.0	28	83	6	71	6	10	6	75	1.17
386780--386830	20	2.5	20	100	0	102	39	9	15	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
386835--386879	22	2.0	22	95	0	81	40	15	22	22	1.91
386873--386927	20	2.7	20	86	10	76	47	10	10	30	1.73
386873--386927	21	2.7	21	88	8	78	47	10	10	30	1.73
389442--389531	44	2.0	44	97	0	171	24	4	13	57	1.54
389589--389681	48	1.9	48	84	2	123	30	17	15	37	1.90
389589--389697	48	2.2	49	77	7	114	30	15	15	38	1.89
390767--390827	21	2.9	21	87	0	86	24	16	18	40	1.90
393062--393212	78	2.0	75	84	6	196	28	21	10	39	1.87
399866--399968	51	2.0	51	83	7	129	25	21	12	40	1.88
399903--400082	79	2.3	79	84	4	222	25	23	15	35	1.94

Tables:   1   2   3   4