genome.fa.s353.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold353
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358750

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 242 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241--2294	20	2.8	20	88	2	83	37	11	18	33	1.86
9433--9520	26	3.3	26	77	4	95	43	4	9	43	1.56
9469--9573	13	7.6	13	71	17	52	53	2	5	38	1.40
15782--15840	30	1.9	32	86	6	86	35	27	6	30	1.83
15757--16013	86	3.0	86	92	1	433	28	25	6	39	1.80
15955--16022	30	2.2	31	89	5	102	35	29	4	30	1.77
17200--17225	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
17180--17245	32	2.0	33	88	8	100	34	16	16	31	1.92
25889--25913	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
25899--25952	19	2.7	19	80	5	63	35	16	16	31	1.92
25982--26049	33	2.1	33	86	8	95	35	16	14	33	1.89
30186--30234	13	4.2	13	75	24	54	38	18	10	32	1.84
30186--30255	33	2.1	34	86	7	99	35	20	11	32	1.88
30284--30340	19	3.0	20	79	7	73	31	15	17	35	1.92
30325--30349	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30306--30370	33	2.0	32	84	3	85	36	13	16	32	1.89
39610--39653	21	2.2	20	87	4	61	18	20	0	61	1.35
39624--39667	21	2.1	21	86	0	61	22	15	0	61	1.34
40939--41035	36	2.9	35	80	8	105	29	23	12	34	1.92
41566--41621	19	2.8	20	86	5	87	42	16	14	26	1.86
44550--44606	30	1.9	30	92	0	96	42	19	0	38	1.51
46356--46381	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46420--46495	21	3.7	21	82	3	109	28	19	11	39	1.87
46440--46513	20	3.7	20	80	3	94	31	21	13	33	1.92
46420--46513	41	2.3	41	98	0	179	29	20	12	37	1.90
48340--48364	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
48950--48996	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
52066--52091	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
52130--52205	21	3.7	21	77	10	93	26	19	11	42	1.86
52150--52246	20	4.8	20	75	9	90	26	18	14	40	1.89
52130--52223	41	2.3	41	96	0	170	27	20	12	39	1.89
55639--55701	19	3.6	19	72	24	66	33	9	19	38	1.84
55640--55701	32	1.9	32	93	0	106	33	9	19	37	1.84
55746--55770	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
55759--55907	52	2.9	53	85	2	151	36	16	15	31	1.90
62513--62561	19	2.6	18	90	9	80	85	12	0	2	0.68
62520--62561	8	4.9	8	83	16	57	88	11	0	0	0.53
63795--63913	31	3.9	31	79	6	143	24	26	17	31	1.97
63797--63947	61	2.4	61	85	4	194	22	28	17	31	1.96
63894--64118	34	6.8	34	84	9	270	18	32	13	36	1.90
63908--64118	66	3.2	66	91	4	345	18	31	13	36	1.89
63889--64118	100	2.3	99	85	6	295	18	31	13	36	1.89
64158--65514	43	28.9	43	74	14	814	24	24	18	31	1.97
64158--65569	91	15.0	92	83	8	1370	24	24	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64169--65569	274	5.0	274	82	7	1336	24	24	18	31	1.97
64881--65619	52	14.8	50	78	7	632	24	24	17	33	1.96
64202--65569	244	5.8	238	77	10	1201	25	24	18	32	1.97
65749--65972	49	4.7	49	82	7	264	25	25	17	31	1.97
69499--69561	19	3.6	19	70	24	66	34	17	11	36	1.85
69486--69563	32	2.4	32	89	0	120	33	16	12	37	1.87
69571--69595	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69423--69731	148	2.1	148	95	0	564	32	14	14	38	1.87
69647--69709	19	3.6	19	72	24	66	34	15	12	36	1.86
69632--69716	32	2.7	32	90	1	136	32	14	14	38	1.86
69666--69690	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70547--71015	87	5.4	87	89	1	708	27	18	26	26	1.99
70935--71171	101	2.4	98	84	5	289	31	18	25	24	1.98
71281--71399	57	2.1	58	82	6	143	18	16	33	31	1.94
71281--71399	29	4.1	29	80	9	136	18	16	33	31	1.94
71322--71799	27	16.1	27	76	16	344	33	14	30	21	1.93
71419--71708	59	5.0	58	88	4	406	34	14	30	21	1.92
71419--71708	119	2.5	117	93	3	487	34	14	30	21	1.92
71535--71801	91	2.9	91	88	6	355	35	13	30	20	1.91
71681--71797	58	2.0	58	86	3	162	35	12	30	21	1.91
72517--72568	20	2.7	20	91	8	81	28	15	17	38	1.90
72610--72662	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74629--74669	20	2.0	21	85	9	57	7	31	43	17	1.76
75113--75148	13	2.8	13	91	0	54	33	19	16	30	1.94
75348--75378	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
79691--79724	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
81290--81356	33	2.1	32	88	8	100	32	13	17	35	1.89
81397--81449	20	2.6	21	76	8	56	28	15	16	39	1.89
81437--81461	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
81769--81922	31	4.8	31	77	10	141	33	14	29	22	1.93
87948--88000	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
88030--88086	19	2.9	19	89	5	78	31	17	15	35	1.92
88072--88096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88053--88117	33	2.0	32	87	3	94	35	16	16	30	1.92
88656--88708	18	3.0	18	75	2	63	32	28	3	35	1.75
92995--93149	13	11.9	13	63	28	55	36	17	14	31	1.90
93070--93149	34	2.4	34	100	0	160	35	17	12	35	1.88
107583--107710	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
107719--107743	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107784--107850	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
107806--107830	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
108638--109032	171	2.3	171	93	1	673	36	14	24	24	1.92
108709--108867	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
108929--109460	49	11.0	49	78	7	534	31	17	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108933--109414	92	5.1	92	84	7	552	31	18	26	24	1.97
109566--109953	160	2.4	155	85	9	532	30	12	35	21	1.91
109531--109951	194	2.2	191	85	10	543	31	12	34	21	1.91
109928--110134	31	6.7	30	82	6	236	30	17	27	24	1.97
109532--110103	34	17.9	32	80	10	451	32	13	32	21	1.93
109928--110134	62	3.3	62	91	2	310	30	17	27	24	1.97
109908--110134	93	2.4	93	84	5	271	30	16	28	23	1.96
111100--111124	13	1.9	13	100	0	50	0	0	8	92	0.40
111164--111197	15	2.3	15	89	0	50	0	8	5	85	0.75
113815--113928	13	8.7	13	75	11	90	82	7	9	0	0.84
113858--113915	8	7.9	8	83	12	63	82	13	3	0	0.79
113818--113927	26	4.2	26	85	6	127	81	8	10	0	0.86
113841--113938	30	3.2	29	78	18	94	83	11	5	0	0.79
113854--113938	17	4.9	17	76	20	86	83	12	3	0	0.77
113844--113938	26	3.6	24	83	14	100	83	11	5	0	0.80
113841--113929	1	89.0	1	68	0	52	84	10	5	0	0.78
115370--115499	30	4.5	28	75	10	109	33	29	17	19	1.95
115489--115665	71	2.5	69	88	3	248	22	32	9	35	1.87
115489--115665	35	5.1	35	84	6	207	22	32	9	35	1.87
115489--115690	34	5.8	34	82	7	183	21	32	10	35	1.88
115678--115744	29	2.4	28	87	7	100	22	32	22	22	1.98
115865--115935	22	3.3	22	68	18	58	23	21	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115901--116113	87	2.4	87	76	6	225	24	22	22	30	1.99
116810--116856	14	3.1	15	85	14	62	31	0	0	68	0.90
117884--117925	20	2.2	19	86	4	57	66	0	30	2	1.04
119458--119982	157	3.4	155	80	3	581	22	17	22	36	1.94
129076--129363	79	3.7	78	80	7	307	29	25	11	34	1.90
129076--129363	157	1.8	158	82	5	377	29	25	11	34	1.90
129295--129409	52	2.2	51	86	4	151	33	26	7	33	1.85
129346--129494	80	1.9	80	80	8	178	27	24	11	36	1.90
132330--132379	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
134177--134207	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80

Tables:   1   2   3