genome.fa.s353.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold353
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358750

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 242 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136291--136325	13	2.7	13	90	0	52	37	20	17	25	1.94
136428--136473	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
137927--137970	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
138857--138900	19	2.2	20	88	4	63	52	15	9	22	1.71
149327--149771	79	5.7	79	79	3	439	27	23	12	36	1.91
149327--149771	157	2.8	157	83	3	538	27	23	12	36	1.91
149703--149821	52	2.3	52	82	1	141	29	26	9	34	1.88
150583--150612	14	2.1	14	100	0	60	20	16	26	36	1.93
156818--156924	48	2.2	48	84	0	142	31	21	13	33	1.91
156849--157128	47	6.0	47	80	6	255	23	24	16	35	1.94
156848--157129	140	2.0	142	83	6	360	23	24	15	36	1.94
156717--157140	94	4.5	93	76	8	298	24	23	15	36	1.94
157201--157580	84	4.5	85	78	7	362	20	31	13	35	1.91
157224--157544	168	1.9	169	84	3	432	19	30	14	34	1.92
165952--165985	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
168393--168417	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
168405--168457	20	2.6	21	76	8	56	39	15	15	30	1.87
168518--168543	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
168498--168565	33	2.1	33	94	2	120	33	20	13	32	1.91
173377--173427	20	2.5	20	87	3	66	29	15	17	37	1.91
179529--179564	13	2.8	13	91	0	54	38	19	8	33	1.82
179696--179737	23	2.0	21	86	13	59	33	21	4	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181359--181437	38	2.1	38	97	0	149	35	2	29	32	1.71
182022--182071	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
186947--186971	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
187072--187097	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
187052--187119	33	2.1	33	94	2	120	33	20	13	32	1.91
190233--190274	20	2.0	21	86	4	59	40	9	16	33	1.81
195560--195614	20	2.8	20	86	5	67	40	12	14	32	1.84
195630--195687	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
195644--195705	18	3.7	18	75	22	71	33	17	12	35	1.88
195631--195705	32	2.4	32	93	2	125	33	17	14	34	1.90
196411--196437	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
196421--196477	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
198081--198123	16	2.7	15	76	13	50	69	4	16	9	1.31
199191--199240	19	2.8	18	82	14	68	48	12	20	20	1.80
199695--200108	166	2.5	164	81	8	455	31	10	7	50	1.64
200601--200649	23	2.2	22	85	3	62	83	2	12	2	0.82
207709--208107	199	2.0	199	94	0	701	28	22	21	28	1.99
208191--208233	17	2.5	17	88	0	68	20	13	46	18	1.83
213602--214181	28	20.3	28	82	7	650	28	32	17	21	1.96
213603--214213	144	4.3	144	85	5	724	28	31	17	21	1.96
215191--215265	20	3.8	20	76	0	69	36	14	9	40	1.78
217084--217266	98	1.9	98	90	2	296	27	23	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224623--224680	29	1.9	30	83	13	75	29	24	8	37	1.85
224623--224680	31	1.9	29	89	6	89	29	24	8	37	1.85
237652--237721	33	2.1	33	84	10	90	35	17	11	35	1.85
237672--237705	13	2.6	13	85	0	50	35	11	14	38	1.83
237750--237800	19	2.6	20	84	3	77	37	13	17	31	1.89
240402--240467	27	2.4	27	97	0	123	30	18	13	37	1.89
243089--243155	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
243109--243133	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
243199--243223	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
243232--243352	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
252972--253003	8	4.0	8	95	0	55	15	0	0	84	0.63
260044--260099	19	2.8	20	79	10	62	39	10	14	35	1.81
260535--260591	20	2.8	20	86	2	78	29	7	17	45	1.75
261985--262057	38	1.9	38	83	5	94	21	8	9	60	1.54
262048--262608	166	3.4	159	79	10	405	31	12	8	47	1.71
262173--262825	166	4.0	165	79	7	603	31	11	7	49	1.67
262173--262773	332	1.8	331	81	6	761	30	11	7	50	1.67
264185--264227	15	2.9	15	82	6	52	76	2	2	18	1.00
266718--266764	20	2.2	21	85	7	60	42	10	17	29	1.82
266912--266966	20	2.8	20	94	0	101	34	18	10	36	1.86
269320--269429	42	2.6	42	92	0	184	41	2	46	9	1.50
278459--278831	143	2.6	141	88	2	536	36	9	8	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278459--278831	140	2.6	141	86	4	529	36	9	8	45	1.68
280547--280840	52	5.7	51	82	4	279	34	15	25	24	1.95
280547--280828	104	2.7	104	85	1	343	34	15	25	24	1.95
280547--280840	156	1.9	155	84	3	394	34	15	25	24	1.95
280954--281087	60	2.2	60	91	0	214	25	18	30	25	1.98
281091--281548	29	15.8	29	75	8	245	31	13	27	27	1.94
281147--281548	58	6.9	57	76	8	348	31	13	26	28	1.94
281147--281407	115	2.3	115	83	8	309	31	13	27	27	1.93
281147--281548	29	13.9	28	76	8	249	31	13	26	28	1.94
284395--284426	16	2.1	16	94	5	57	62	6	0	31	1.20
292446--292494	20	2.5	20	86	3	64	42	14	14	28	1.84
293973--294075	38	2.7	38	86	0	143	39	18	15	26	1.90
295058--295083	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
295122--295197	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
295142--295215	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
295122--295215	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
297128--297152	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
298589--298753	84	2.0	84	82	7	201	24	19	4	52	1.64
300805--300830	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
300869--300944	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
300889--300962	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
300869--300962	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301967--302008	21	2.0	22	85	4	59	40	4	0	54	1.21
309313--309360	20	2.3	21	89	10	73	50	10	10	29	1.70
309324--309371	25	2.0	24	91	4	78	50	12	10	27	1.73
309399--309454	20	2.7	21	83	5	69	30	16	14	39	1.88
310190--310381	31	6.2	31	71	10	151	20	26	26	27	1.99
310188--310381	62	3.1	61	81	7	223	20	26	26	26	1.99
310363--310569	31	6.7	31	78	3	184	18	26	27	28	1.98
311668--311718	20	2.5	20	96	0	93	39	21	19	19	1.93
313407--313471	3	21.7	3	100	0	130	33	0	33	32	1.58
319549--319865	30	10.6	30	77	12	208	28	29	16	26	1.97
319699--319773	35	2.2	35	82	2	98	21	32	12	34	1.90
319764--319915	28	5.3	28	81	5	146	38	26	15	19	1.91
319764--319915	56	2.7	57	83	7	175	38	26	15	19	1.91
319935--320368	49	8.9	49	87	4	596	24	25	17	32	1.97
320247--320314	21	3.2	21	67	19	59	25	26	19	29	1.98
320269--320422	52	2.9	53	80	4	184	24	22	16	37	1.94
320372--320498	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
321266--321323	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
321362--321386	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
321395--321523	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
325913--325973	9	6.1	9	74	20	50	13	40	0	45	1.43
325885--325991	42	2.5	42	89	0	151	12	42	1	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330675--330725	17	3.1	17	71	23	54	47	5	3	43	1.46
333752--334085	160	2.1	160	77	4	352	33	18	11	36	1.87
336711--336736	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
338954--338998	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
340802--340832	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
342911--342943	13	2.5	13	100	0	66	27	15	15	42	1.86
344732--344775	14	3.4	14	75	18	58	34	4	13	47	1.63
344724--344775	25	2.1	25	100	0	104	36	3	11	48	1.58
345516--345541	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
355445--355512	12	5.9	12	71	22	56	11	41	1	45	1.50

Tables:   1   2   3