genome.fa.s355.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold355
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  530098

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119223--119275	22	2.4	22	80	3	70	33	11	18	35	1.87
121083--121154	30	2.4	30	90	2	119	33	26	15	25	1.95
125408--125467	20	2.9	20	75	5	57	61	0	0	38	0.96
125801--125876	8	9.6	8	72	18	61	42	0	0	57	0.98
125803--125876	21	3.5	21	71	12	71	41	0	0	58	0.98
125854--125897	17	2.4	18	81	7	54	52	0	0	47	1.00
125918--125970	21	2.5	21	78	9	54	39	0	3	56	1.17
125933--125965	17	1.9	17	88	11	50	42	0	6	51	1.26
126231--126294	11	5.7	11	71	15	51	32	0	3	64	1.10
126224--126294	16	4.4	16	77	16	60	33	0	2	63	1.09
126225--126330	49	2.2	49	83	10	128	35	0	5	58	1.22
126224--126294	13	5.1	13	74	17	54	33	0	2	63	1.09
126458--126615	55	2.9	55	81	0	181	26	12	18	42	1.86
128372--128421	15	3.1	16	85	11	66	32	0	44	24	1.54
128372--128416	18	2.7	17	90	10	67	31	0	46	22	1.52
129433--129466	16	2.1	16	100	0	68	58	0	5	35	1.22
130688--130730	17	2.5	17	85	11	61	34	11	4	48	1.60
131083--131228	38	3.9	37	76	7	118	27	8	17	46	1.77
136644--136671	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
138353--138391	18	2.3	18	86	8	55	38	7	15	38	1.76
140909--141312	80	5.2	79	79	7	418	35	9	24	29	1.88
140909--141312	159	2.6	154	84	7	523	35	9	24	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140909--141327	79	5.4	78	79	10	428	36	10	23	29	1.88
143725--143780	21	2.7	21	80	5	69	28	14	16	41	1.87
144673--144746	20	3.7	20	90	1	112	39	10	16	33	1.83
147863--148423	290	1.9	290	91	0	917	29	23	16	29	1.96
155517--155641	52	2.4	52	94	0	214	28	17	18	36	1.94
155517--155661	52	2.8	51	88	4	202	29	17	18	34	1.94
155650--155674	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
155717--155814	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
155736--155792	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
155715--155812	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
157960--158152	95	2.0	94	96	3	352	27	13	12	45	1.81
160138--160198	23	2.7	23	82	9	74	42	0	3	54	1.17
162318--165965	921	4.0	920	88	3	5220	31	16	11	40	1.84
168157--168198	18	2.3	18	87	0	57	47	2	0	50	1.14
172026--172231	88	2.3	89	87	0	288	45	21	3	30	1.68
172026--172269	88	2.8	89	82	3	251	44	21	4	29	1.73
173107--173135	7	4.1	7	100	0	58	27	31	0	41	1.56
173489--173539	23	2.2	24	86	10	70	45	0	1	52	1.12
173503--173554	24	2.2	24	80	12	63	50	0	1	48	1.12
174174--174351	89	2.0	90	91	3	288	40	10	9	39	1.73
174819--174896	12	6.3	12	72	10	59	69	0	0	30	0.89
174813--174904	19	5.2	17	71	14	69	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174826--174893	30	2.3	29	85	10	84	69	0	0	30	0.89
175252--175289	20	1.9	20	89	10	60	68	0	0	31	0.90
175435--175478	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
175542--175588	24	2.0	24	88	12	71	44	0	0	55	0.99
175737--175770	17	1.9	18	88	5	52	58	0	2	38	1.13
178271--178329	26	2.3	25	85	2	73	71	8	0	20	1.12
178350--178394	20	2.1	22	84	8	58	57	0	0	42	0.98
181926--181967	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
184123--184171	13	4.2	13	75	24	63	34	18	14	32	1.91
184123--184192	33	2.1	34	89	7	108	32	20	14	32	1.92
184825--184875	22	2.4	21	87	6	68	31	35	1	31	1.69
186710--186736	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
186761--186812	24	2.0	26	89	10	81	55	21	0	23	1.43
196483--196541	19	3.0	21	80	12	70	32	11	16	38	1.86
196527--196553	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
196508--196572	32	2.0	32	90	3	103	38	15	18	27	1.91
201525--201591	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
205869--205897	13	2.2	13	100	0	58	41	13	13	31	1.84
205820--205946	62	2.0	63	92	4	213	41	16	15	25	1.88
206567--207159	61	9.8	60	82	5	621	29	19	24	25	1.98
207200--207332	55	2.4	55	89	0	194	27	21	23	28	1.99
207346--207462	61	1.9	61	83	0	153	25	18	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207049--207576	155	3.5	151	85	4	623	27	19	27	26	1.99
207397--207650	94	2.7	93	89	4	377	27	17	30	24	1.97
211471--211552	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
211537--211705	51	3.3	51	80	4	185	33	11	24	30	1.91
214227--214252	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
214206--214272	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
214292--214359	19	3.9	18	73	23	74	36	14	13	35	1.85
214295--214357	32	2.0	32	93	0	108	34	15	14	34	1.88
225115--225487	78	4.7	79	82	8	361	34	14	23	27	1.94
225147--225487	79	4.3	78	83	6	230	34	14	24	26	1.94
227789--227942	70	2.2	70	88	5	224	44	14	14	25	1.85
227838--227891	20	2.7	20	91	0	81	50	14	11	24	1.75
228609--228858	93	2.7	91	82	6	279	40	11	18	29	1.86
232149--232299	81	1.9	81	95	0	275	42	9	12	35	1.75
235539--235650	60	1.9	58	83	10	147	33	16	10	40	1.83
237001--237057	21	2.8	21	91	2	89	24	17	12	45	1.83
239396--239517	53	2.3	53	84	4	158	31	23	11	32	1.90
239501--239575	27	2.7	28	87	6	100	25	33	18	22	1.97
239559--239778	51	4.4	50	82	10	227	29	24	11	34	1.91
239559--239778	103	2.2	99	83	8	257	29	24	11	34	1.91
239756--239808	27	2.0	27	92	7	90	28	33	15	22	1.94
239764--239833	28	2.6	27	83	2	86	25	38	17	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239787--239991	79	2.6	79	80	6	202	23	31	17	27	1.97
253447--253505	20	3.0	19	82	7	64	27	11	18	42	1.85
255581--255623	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
256064--256102	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
262280--262304	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
263603--263650	23	2.1	23	84	0	60	43	0	12	43	1.42
269134--269226	16	5.9	15	70	17	55	65	1	1	32	1.07
269137--269210	28	2.6	28	79	8	80	67	1	1	29	1.07
269171--269224	17	3.1	17	76	10	56	66	0	1	31	1.02
269127--269246	5	24.4	5	69	17	65	64	1	1	32	1.13
269138--269218	11	7.8	11	69	20	59	66	1	1	30	1.07
269161--269247	28	3.1	28	75	15	90	66	1	1	31	1.06
269205--269273	32	2.1	33	86	2	95	59	4	1	34	1.26
269298--269340	19	2.4	18	81	11	52	60	6	4	27	1.43
269859--269890	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
272008--272040	17	1.9	17	100	0	66	42	15	24	18	1.88
273900--273952	20	2.7	20	81	0	61	67	0	1	30	1.01
276788--276857	30	2.3	32	80	9	83	30	2	8	58	1.42
277633--277685	25	2.1	25	83	13	65	75	0	20	3	0.96
277632--277678	11	4.4	10	84	10	58	74	0	23	2	0.93
280481--280519	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
280594--280632	19	2.1	19	85	0	51	28	0	7	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280630--280701	25	2.9	23	76	15	72	44	1	1	52	1.18
280668--280726	18	3.0	20	75	14	68	40	0	0	59	0.97
281056--281118	23	2.9	21	82	13	74	28	1	1	68	1.08
281511--281549	16	2.5	15	76	8	51	35	0	2	61	1.10
282792--282816	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
283285--283339	24	2.3	25	81	12	71	67	9	3	20	1.34
286553--286603	23	2.2	24	86	6	70	39	1	3	54	1.30
288348--288387	18	2.2	18	100	0	80	52	5	12	30	1.60
288852--288894	17	2.5	17	88	7	61	44	11	11	32	1.77
289550--289589	21	1.9	21	89	0	62	35	10	20	35	1.86

Tables:   1   2   3   4