genome.fa.s356.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold356
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  432500

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145487--145545	31	2.0	29	81	15	68	55	3	0	40	1.16
145711--145762	16	3.4	16	70	24	58	48	0	1	50	1.12
145716--145779	29	2.1	29	85	5	83	51	0	4	43	1.22
145871--145938	31	2.2	31	81	2	82	45	2	4	47	1.38
146339--146380	12	3.7	11	78	15	50	38	0	0	61	0.96
146592--146677	35	2.5	32	74	20	75	51	0	1	47	1.08
148795--148847	22	2.5	22	84	3	72	54	0	0	45	0.99
151512--151543	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
156008--156097	25	3.3	26	77	14	94	47	1	2	48	1.21
156091--156152	17	3.2	20	73	15	67	51	1	0	46	1.10
156094--156136	22	2.0	22	86	9	61	48	2	0	48	1.14
156106--156151	16	2.9	17	90	6	62	52	0	0	47	1.00
156110--156162	15	3.4	16	87	7	74	52	0	0	47	1.00
156236--156282	17	3.0	16	76	11	53	59	2	0	38	1.09
156732--156773	16	2.6	16	92	0	66	40	0	2	57	1.12
158064--158102	20	2.0	20	90	10	62	51	0	2	46	1.14
160760--160822	31	2.0	31	100	0	126	36	6	22	34	1.80
163178--163217	7	6.0	7	88	11	66	55	0	0	45	0.99
163172--163212	19	2.2	19	90	0	64	58	0	0	41	0.98
163290--163342	25	2.1	26	82	3	63	35	0	0	64	0.94
163315--163353	20	2.0	21	90	10	64	35	0	2	61	1.10
163298--163360	26	2.5	25	82	5	72	33	0	3	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167832--167899	33	2.0	33	85	5	91	42	0	1	55	1.08
167828--167929	31	3.2	31	76	18	86	41	0	0	57	1.05
167871--167932	20	3.2	19	77	11	63	35	0	0	64	0.94
170756--170824	25	2.7	27	80	14	67	60	0	0	39	0.97
171327--171374	21	2.3	21	85	7	62	43	0	0	56	0.99
171408--171497	41	2.2	40	77	13	94	60	0	0	40	0.97
171437--171490	21	2.7	20	75	13	56	62	0	0	37	0.95
172868--172942	20	3.5	20	80	7	69	52	0	0	48	1.00
172873--172944	25	2.7	26	81	12	76	54	0	0	45	0.99
173627--173687	21	3.3	19	69	30	51	50	0	3	45	1.17
173635--173701	35	2.0	31	86	11	89	50	0	2	46	1.16
174049--174082	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
174599--174658	30	2.0	31	90	6	97	50	0	3	46	1.18
174666--174713	9	4.8	10	85	15	55	62	0	0	37	0.95
174782--174857	40	2.0	37	89	7	116	59	1	0	39	1.06
174787--174852	21	3.2	22	67	18	61	60	1	0	37	1.06
174861--174908	18	2.7	18	81	12	55	45	0	0	54	0.99
176979--177045	32	2.0	34	85	5	93	40	0	1	58	1.07
176958--177097	27	4.8	29	71	18	96	39	0	0	60	1.02
176982--177096	60	1.9	59	82	8	144	39	0	0	60	1.03
177603--177641	18	2.2	17	90	4	60	53	2	2	41	1.28
181569--181670	51	2.0	51	96	0	186	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184909--184986	39	2.0	39	82	0	93	52	1	1	44	1.17
188186--188238	6	8.8	6	80	0	61	50	7	41	0	1.30
188186--188238	8	6.6	8	88	0	61	50	7	41	0	1.30
188186--188238	16	3.3	16	86	0	70	50	7	41	0	1.30
188473--188524	20	2.5	21	76	17	63	38	0	0	61	0.96
188432--188519	26	3.4	25	80	10	88	37	0	3	59	1.15
188627--188686	24	2.5	24	94	2	102	51	10	8	30	1.64
188751--188802	13	3.5	15	75	20	56	65	0	0	34	0.93
188753--188834	16	5.1	15	74	14	67	65	2	0	31	1.05
189147--189187	18	2.2	19	86	4	57	46	0	2	51	1.14
189362--189414	24	2.2	23	78	15	63	62	0	0	37	0.96
189396--189424	9	3.3	9	95	4	51	79	0	0	20	0.74
189857--189883	6	4.5	6	100	0	54	37	0	0	62	0.95
196822--196861	2	21.0	2	85	10	57	47	0	2	50	1.14
197229--197260	13	2.3	15	89	10	50	34	0	6	59	1.23
197246--197279	17	2.1	17	94	5	61	26	0	5	67	1.13
206494--206535	2	22.0	2	85	9	61	47	0	2	50	1.14
206902--206933	13	2.3	15	89	10	50	34	0	6	59	1.23
206919--206952	17	2.1	17	94	5	61	26	0	5	67	1.13
207244--207296	21	2.6	21	82	11	67	41	0	0	58	0.98
207300--207341	20	2.1	20	91	8	68	52	0	0	47	1.00
207595--207650	27	2.1	27	82	0	67	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207686--207769	25	3.2	26	77	18	77	41	1	1	55	1.15
207901--207938	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
208631--208697	31	2.2	32	78	13	77	56	1	0	41	1.08
208642--208717	32	2.4	32	84	4	91	53	0	1	44	1.08
208783--208812	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
209021--209099	13	6.0	13	72	19	56	48	0	0	51	1.00
209036--209090	16	3.5	16	78	11	60	49	0	0	50	1.00
209035--209096	25	2.3	27	89	8	92	50	0	0	50	1.00
209329--209358	13	2.3	13	94	0	51	33	0	3	63	1.11
210017--210057	13	3.2	13	80	16	50	39	0	4	56	1.21
210700--210753	9	6.0	9	77	16	58	40	3	0	55	1.17
210700--210753	17	3.1	17	86	5	63	40	3	0	55	1.17
211384--211427	22	2.0	22	86	0	61	31	4	0	63	1.14
211605--211629	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
212175--212212	12	3.0	13	84	7	60	34	0	0	65	0.93
212560--212595	19	1.9	18	94	5	63	50	0	0	50	1.00
215600--215632	17	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
215658--215694	8	4.6	8	96	0	65	32	0	2	64	1.07
220465--220523	31	1.9	31	83	13	77	30	3	0	66	1.08
221296--221364	18	3.9	18	72	20	65	40	0	2	56	1.14
221296--221358	32	1.9	33	90	3	101	41	0	3	55	1.16
221368--221431	12	5.5	11	74	20	58	29	3	0	67	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221379--221430	25	2.2	25	86	13	74	30	3	0	65	1.10
221368--221431	23	2.7	24	81	15	87	29	3	0	67	1.06
221566--221604	17	2.2	18	90	4	62	64	0	0	35	0.94
221608--221639	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
222545--222574	12	2.5	12	94	0	51	30	0	6	63	1.20
222738--222771	18	1.9	17	88	5	50	58	2	5	32	1.37
224230--224273	13	3.3	13	83	3	61	34	0	0	65	0.93
224999--225033	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
227464--227489	12	2.2	12	100	0	52	7	7	7	76	1.15
229734--229802	20	3.4	20	74	9	68	46	1	0	52	1.09
229737--229798	33	1.9	33	87	6	92	45	1	0	53	1.10
229849--229904	7	8.6	7	77	15	66	26	0	0	73	0.84
237358--237390	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
238284--238334	25	2.1	24	92	3	84	54	13	15	15	1.71
241650--241689	15	2.6	15	88	11	55	57	0	0	42	0.98
241644--241706	2	34.5	2	73	17	57	52	1	0	46	1.10
243417--243496	22	3.4	22	75	15	63	48	1	0	50	1.08
243432--243493	23	2.7	23	76	16	67	46	1	0	51	1.10
243814--243861	16	2.7	18	75	21	55	58	4	0	37	1.18
247457--247534	26	3.0	26	81	10	88	44	1	1	52	1.17
247845--247879	15	2.4	14	85	4	52	48	0	0	51	1.00
247870--247906	19	1.9	19	100	0	74	43	0	2	54	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248091--248396	155	2.0	155	95	0	551	30	17	18	34	1.94
248950--248995	23	2.0	23	95	0	83	30	28	8	32	1.87
250326--250359	16	2.1	16	100	0	68	38	0	35	26	1.57
250486--250551	20	3.3	21	80	12	68	54	3	0	42	1.15
250465--250524	32	1.9	31	83	10	77	48	0	0	51	1.00
250717--250796	13	6.6	12	70	21	51	43	0	0	56	0.99
250722--250840	22	5.5	22	72	17	72	44	0	0	55	0.99
250713--250840	23	5.9	23	68	25	66	45	0	0	54	0.99
250732--250774	11	3.9	11	79	11	52	44	0	0	55	0.99
250743--250847	43	2.4	43	79	14	110	46	0	0	52	1.07

Tables:   1   2   3   4