genome.fa.s361.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold361
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  329584

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3601--3650	25	2.0	26	88	4	75	36	26	8	30	1.85
6799--6845	20	2.2	21	85	7	60	48	2	0	48	1.13
8805--8843	18	2.0	20	85	9	55	38	0	2	58	1.12
12023--12164	70	2.0	70	88	0	212	34	11	35	18	1.88
13839--13890	26	2.0	26	81	7	61	51	3	7	36	1.49
13909--13947	3	13.3	3	94	5	71	33	0	0	66	0.92
14352--14403	21	2.3	22	80	16	61	46	0	3	50	1.20
15751--15854	37	2.9	35	81	7	120	53	0	1	43	1.18
15753--15865	36	3.1	37	80	2	131	55	0	1	41	1.16
16304--16337	17	2.1	15	89	10	50	73	2	0	23	0.97
16730--16762	16	2.0	17	94	5	59	48	6	0	45	1.27
16879--16956	34	2.3	35	93	2	131	34	6	12	46	1.68
26741--26774	3	11.0	3	87	6	50	67	0	2	29	1.05
29323--29411	28	3.1	27	68	22	65	37	5	1	56	1.30
29321--29442	59	2.0	60	83	7	151	36	4	0	57	1.26
29321--29442	30	4.1	28	76	10	109	36	4	0	57	1.26
29746--29813	20	3.3	20	69	15	66	22	19	13	45	1.84
30420--30505	43	2.0	43	93	0	145	25	5	10	58	1.54
30885--30954	22	3.0	22	72	16	61	52	2	0	44	1.15
34115--34189	29	2.6	28	79	12	80	33	0	1	65	1.01
34149--34189	19	2.3	19	87	8	59	29	0	0	70	0.87
34176--34237	27	2.3	26	81	8	70	33	4	1	59	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38384--38423	18	2.2	18	100	0	80	5	10	10	75	1.19
38654--38690	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
45973--46031	23	2.5	23	75	5	64	33	5	5	55	1.43
46116--46256	72	2.0	72	88	2	212	32	20	12	34	1.90
47168--47217	25	2.0	26	92	4	84	24	38	0	38	1.56
47568--47605	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
48059--48096	14	2.7	14	84	11	51	55	0	5	39	1.23
48189--48224	13	2.6	14	82	8	56	44	0	5	50	1.25
48658--48703	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
51139--51178	19	2.1	19	85	0	53	60	0	5	35	1.19
51296--51333	17	2.2	17	86	9	51	50	2	0	47	1.15
52677--52717	2	20.5	2	94	0	73	53	0	46	0	1.00
54506--54551	8	6.4	8	83	16	57	32	0	0	67	0.91
54492--54556	20	3.3	20	85	8	82	33	0	0	66	0.92
55662--55697	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
58246--58289	2	22.0	2	90	0	70	45	2	2	50	1.27
59568--59613	24	1.9	24	86	8	67	52	2	0	45	1.13
59713--59755	6	7.2	6	92	7	70	81	2	0	16	0.79
59713--59747	11	3.1	11	95	4	61	82	0	0	17	0.66
59716--59754	17	2.2	18	95	4	71	82	2	0	15	0.79
64916--64957	2	21.0	2	90	0	66	50	0	50	0	1.00
65123--65156	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74846--74896	6	8.5	6	97	0	84	3	17	45	33	1.67
77399--77508	58	1.9	58	84	0	148	50	11	11	25	1.73
79303--79341	10	3.9	10	96	0	69	71	20	0	7	1.10
79642--79689	21	2.4	20	76	10	53	22	22	6	47	1.73
81747--82255	152	3.3	152	84	4	580	30	9	10	49	1.69
92781--92811	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
92761--92827	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
95313--95337	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
95326--95377	20	2.6	20	100	0	104	34	11	23	30	1.90
99275--99314	21	1.9	21	89	0	62	25	12	5	57	1.55
101515--101567	20	2.7	20	84	0	70	32	15	11	41	1.82
108111--108214	29	3.6	29	75	3	84	25	20	12	41	1.87
108686--108739	19	2.7	21	71	5	58	40	9	12	37	1.76
108790--108817	13	2.2	13	100	0	56	35	7	17	39	1.78
112533--112741	32	6.4	32	71	7	134	37	17	11	33	1.86
112523--112964	65	6.8	64	73	6	230	37	14	14	33	1.87
112766--112871	32	3.3	32	69	10	90	33	9	17	38	1.83
115440--115705	133	2.0	133	88	1	390	31	10	14	43	1.78
116076--116798	156	4.6	154	79	6	685	26	15	17	41	1.89
116092--116798	311	2.3	312	82	6	842	26	15	16	41	1.88
116830--117418	155	3.8	154	78	7	602	27	13	17	41	1.88
119044--119121	41	1.9	41	89	0	120	33	17	11	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119047--119164	20	5.8	20	75	11	107	33	16	10	38	1.83
124219--124277	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
124559--124584	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
124538--124602	19	3.6	19	73	26	70	29	12	15	43	1.83
124538--124602	32	2.0	34	93	6	116	29	12	15	43	1.83
127100--127124	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
129205--129235	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
132964--133022	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
134478--134552	20	3.8	20	82	3	89	42	13	14	29	1.84
135392--136149	28	26.4	28	82	6	824	23	17	30	28	1.97
135392--136149	114	6.6	113	82	6	884	23	17	30	28	1.97
135376--136149	142	5.4	142	83	7	904	23	17	29	29	1.97
137360--137428	8	8.8	8	74	16	56	1	1	15	81	0.84
137360--137427	11	5.6	12	68	15	50	1	1	14	82	0.82
137360--137426	29	2.4	27	83	9	82	1	1	14	82	0.82
137366--137427	24	2.6	23	80	14	81	1	1	14	82	0.83
137360--137407	7	6.7	7	81	13	62	2	2	12	83	0.83
139578--139659	28	2.9	28	82	7	96	28	17	30	24	1.97
139642--139812	51	3.3	50	75	7	171	33	11	25	29	1.91
139795--139866	27	2.6	28	86	6	94	20	20	34	23	1.96
142348--142373	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
142327--142393	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142413--142480	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
142435--142459	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
142416--142478	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
142536--142592	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
142597--142643	1	47.0	1	93	0	67	4	2	0	93	0.40
142595--142639	23	2.0	23	100	0	90	8	2	0	88	0.58
143239--143861	55	11.3	54	93	2	930	20	20	30	28	1.98
143671--143814	27	5.3	27	60	16	64	22	18	29	28	1.98
144843--144893	1	51.0	1	80	0	57	0	3	5	90	0.56
144826--144894	31	2.3	30	82	9	79	0	8	7	84	0.79
144827--144893	15	4.4	15	78	10	73	0	8	4	86	0.69
157291--157372	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
157350--157694	105	3.3	104	70	12	272	31	11	26	29	1.92
157355--157525	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
157508--157583	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
160051--160076	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
160030--160096	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
160116--160183	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
160138--160162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
160119--160181	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
160239--160295	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
160302--160339	19	2.0	19	100	0	76	10	5	0	84	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172776--172897	20	5.6	20	69	22	75	42	11	16	29	1.83
178804--179229	28	14.6	28	71	12	243	30	28	16	25	1.96
178811--179014	61	3.4	61	88	2	286	31	29	17	21	1.96
178811--179033	60	3.7	60	84	3	261	31	30	17	21	1.96
180010--180092	41	2.0	41	92	0	139	33	20	9	36	1.85
180018--180135	20	5.8	20	76	7	114	34	16	11	37	1.85
184386--184630	132	1.9	131	87	4	368	25	17	8	48	1.74
185621--185685	35	1.9	35	84	12	91	73	1	15	9	1.15
186914--187206	88	3.3	88	80	0	327	23	17	12	46	1.82
187667--187867	60	3.3	60	76	7	183	20	16	16	46	1.84

Tables:   1   2