genome.fa.s361.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold361
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  329584

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 227 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188247--188513	75	3.5	76	77	5	245	29	18	9	42	1.82
189023--189098	40	1.9	40	83	0	98	21	14	11	52	1.73
189053--189270	80	2.7	80	78	5	208	19	18	12	49	1.79
189119--189268	40	3.8	40	82	1	185	22	17	10	50	1.76
189121--189304	80	2.3	80	80	1	199	22	20	10	46	1.80
189453--190017	66	8.8	63	71	13	295	17	20	13	47	1.82
189553--189900	185	1.9	186	82	9	451	17	19	14	47	1.82
189751--189994	32	7.5	31	68	18	86	16	21	15	46	1.83
189742--190028	66	4.4	66	78	4	296	17	20	14	47	1.82
189859--190051	34	5.8	33	73	16	139	15	19	16	49	1.79
189859--190184	166	2.0	166	82	3	406	15	20	14	49	1.79
189884--190095	100	2.1	96	77	10	223	15	22	15	47	1.81
190142--191086	66	14.3	67	75	8	515	17	21	13	46	1.83
190211--190329	34	3.6	34	72	16	122	16	24	15	42	1.88
190125--191086	132	7.3	132	78	4	706	17	21	13	46	1.83
190266--190489	32	6.8	32	68	17	129	18	20	13	46	1.83
190200--191086	198	4.5	195	79	5	877	17	21	14	46	1.83
191145--191314	69	2.5	68	86	7	231	20	25	13	41	1.88
193604--193655	20	2.6	20	96	0	95	28	15	13	42	1.85
193644--193668	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
193624--193687	32	2.0	32	87	3	92	29	17	15	37	1.91
193657--193709	20	2.7	20	94	2	90	28	16	16	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195485--195535	6	8.5	6	76	8	50	25	1	3	68	1.17
195485--195541	24	2.4	25	80	14	66	22	1	5	70	1.17
195752--195784	18	1.9	17	88	11	50	21	18	9	51	1.73
196220--196288	22	3.0	22	81	12	61	68	24	1	5	1.20
197997--198102	53	2.0	53	100	0	212	30	16	33	18	1.94
198194--198339	50	2.9	51	88	2	231	28	19	9	43	1.82
199218--199256	20	2.0	20	85	10	53	23	20	10	46	1.81
211624--212250	79	7.9	79	76	6	469	36	13	22	28	1.92
211624--212217	159	3.8	156	82	4	645	35	13	22	28	1.93
211641--212250	238	2.6	237	81	4	692	36	12	22	27	1.91
212244--212270	12	2.2	12	100	0	54	66	7	7	18	1.40
214858--214997	39	3.6	39	75	8	104	24	13	12	49	1.77
214924--215026	39	2.6	39	81	3	109	28	12	14	44	1.82
215121--215313	79	2.4	79	81	3	210	26	21	12	39	1.89
215177--215332	40	3.9	41	72	13	128	26	20	12	40	1.88
216143--216205	32	1.9	33	87	3	92	42	17	15	23	1.88
216820--216863	21	2.1	21	82	0	52	38	18	2	40	1.63
220475--220499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
220539--220689	52	2.9	52	93	1	257	35	18	16	29	1.93
234385--234455	24	3.0	23	85	6	88	84	11	4	0	0.75
234411--234446	17	2.1	17	94	5	63	86	13	0	0	0.58
234385--234437	1	53.0	1	76	0	52	88	5	5	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235890--236045	29	5.3	29	85	6	199	30	29	17	23	1.97
235882--236073	85	2.2	91	85	7	261	29	31	17	22	1.96
235896--236073	29	6.0	30	86	7	154	28	30	17	23	1.97
236066--236292	43	4.9	47	80	14	285	25	25	18	29	1.98
236061--236337	92	3.0	92	91	2	437	24	25	18	31	1.97
236204--236271	22	3.1	22	62	26	54	26	25	17	30	1.97
236247--236400	52	2.9	53	77	4	175	24	23	16	35	1.94
236421--236603	49	3.8	48	80	10	214	25	22	18	33	1.96
236470--236559	43	2.1	43	89	0	135	26	22	18	32	1.97
236513--236650	52	2.6	55	83	3	174	24	23	16	34	1.95
236152--236778	266	2.3	266	94	1	1074	25	24	15	34	1.95
237535--237685	52	2.9	52	90	1	230	37	17	15	29	1.91
242147--242172	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
244390--244434	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
246238--246268	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
248264--248343	20	3.8	20	73	15	70	27	15	13	43	1.84
248329--248367	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
248488--248534	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
248490--248532	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
250886--250911	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
251694--251745	20	2.6	20	79	11	70	28	19	11	40	1.86
259945--260339	211	1.9	211	90	1	630	34	16	16	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260925--260976	19	2.7	20	87	3	70	40	11	15	32	1.83
260942--261004	32	1.9	33	87	9	94	41	12	15	30	1.85
267736--267800	29	2.2	29	91	0	103	36	10	30	21	1.88
272094--272208	51	2.3	51	98	0	221	34	18	18	28	1.94
272190--272228	20	1.9	21	94	5	71	35	15	15	33	1.89
278465--278668	110	1.8	111	95	1	374	34	25	13	27	1.93
280130--280171	22	1.9	22	85	0	57	35	9	30	23	1.87
280936--280988	19	2.7	19	85	2	61	35	18	9	35	1.84
281073--281097	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281020--281117	33	3.0	33	89	0	133	36	14	19	29	1.91
291315--291341	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
291426--291455	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
291412--291476	33	2.0	33	87	6	96	33	13	18	33	1.90
294763--294830	33	2.1	32	91	2	109	33	13	16	36	1.87
294785--294810	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
294863--294915	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
294903--294927	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
295485--295527	22	2.0	23	86	9	63	34	25	2	37	1.69
296904--296955	20	2.4	21	84	12	70	3	26	50	19	1.65
297389--297438	13	3.8	13	86	0	73	36	18	16	30	1.92
297622--297647	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
303562--303613	20	2.7	20	90	3	79	30	11	17	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303636--303688	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
303676--303700	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
304135--304353	59	3.7	58	81	6	219	49	16	8	25	1.73
304135--304353	58	3.7	58	81	6	219	49	16	8	25	1.73
304156--304384	118	1.9	118	81	6	277	51	15	6	25	1.68
305081--305110	11	2.8	11	95	5	53	0	16	0	83	0.65
305085--305135	21	2.5	20	80	17	61	1	19	1	76	0.98
305082--305131	22	2.4	22	86	6	68	2	18	2	78	0.95
307581--307642	1	62.0	1	83	0	70	0	4	4	90	0.56
315541--315589	20	2.5	18	78	18	53	38	16	14	30	1.88
318564--318611	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
319786--319810	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
321571--321609	16	2.4	16	86	4	51	48	17	12	20	1.80
322418--322476	23	2.4	23	78	15	57	30	3	1	64	1.20
322897--323265	182	2.0	180	80	7	415	45	11	23	19	1.83
323685--323760	12	6.1	12	80	8	82	43	0	1	55	1.08
323684--323780	27	3.8	24	80	15	90	44	0	2	53	1.12
325168--325209	12	3.6	12	83	6	59	50	0	0	50	1.00
325168--325233	23	2.8	23	82	8	71	48	4	0	46	1.22

Tables:   1   2

The End!