genome.fa.s368.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold368
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  190673

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4298--4342	22	2.0	23	82	4	56	33	20	2	44	1.63
10786--10810	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10873--10900	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
10906--11030	52	2.4	52	90	0	196	35	19	17	28	1.94
16139--16786	128	5.1	128	80	5	503	16	26	18	38	1.92
16307--16530	84	2.6	85	85	2	272	18	26	17	37	1.93
16679--17083	42	9.5	41	75	9	190	18	25	19	36	1.94
16173--17126	340	2.8	340	83	2	1166	17	26	18	37	1.93
16139--17135	85	11.7	85	76	5	690	17	26	18	38	1.92
17422--17489	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
17443--17467	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
17424--17486	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
17508--17564	21	2.8	21	89	2	80	26	17	10	45	1.81
19909--20026	51	2.4	51	86	9	156	30	21	13	34	1.92
20008--20084	27	2.8	27	88	5	102	24	33	18	23	1.96
20037--20216	80	2.3	80	86	4	240	26	30	15	28	1.96
20149--20317	52	3.3	51	80	4	187	29	27	11	31	1.91
21842--22071	79	2.9	79	74	8	211	33	13	27	26	1.93
21890--22126	79	3.0	76	80	5	197	34	13	26	25	1.94
22059--22444	52	7.4	51	72	14	232	32	11	25	31	1.91
22060--22444	51	7.3	53	71	12	190	32	11	24	31	1.91
23227--24032	55	14.0	54	82	11	817	23	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23273--23362	26	3.3	26	66	14	74	21	18	32	27	1.97
23227--24032	116	7.0	114	83	8	949	23	20	29	25	1.99
23226--24064	412	2.1	401	87	6	1215	24	20	29	25	1.99
25024--25096	15	5.2	13	81	9	65	0	12	5	82	0.83
25024--25082	28	2.1	27	81	9	66	0	11	5	83	0.81
25042--25096	15	3.9	14	83	9	67	0	9	7	83	0.81
25030--25097	35	1.9	35	82	11	86	0	11	7	80	0.89
25021--25093	25	3.0	25	73	13	71	0	13	5	80	0.87
25049--25097	14	3.6	14	79	15	59	0	8	8	83	0.81
29214--29239	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
29947--29990	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
31752--31777	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
35689--35733	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
37950--37975	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
39151--39204	20	2.7	20	97	0	99	40	20	12	25	1.88
39171--39236	33	2.0	33	84	0	87	42	18	13	25	1.87
39256--39323	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
39278--39302	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
39259--39321	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
40207--40322	43	2.7	42	82	5	135	15	25	22	37	1.93
40198--40355	42	3.7	42	80	6	142	14	27	19	37	1.91
40249--40355	43	2.5	43	86	1	126	14	29	19	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40368--40531	85	1.9	85	83	2	213	11	23	20	44	1.84
42820--42872	20	2.7	20	85	8	65	73	3	20	1	1.08
46553--46612	14	4.5	13	76	15	52	38	0	0	61	0.96
46818--46867	18	2.8	18	75	3	57	38	2	0	60	1.09
48565--48595	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
48944--48975	17	2.0	17	88	11	50	62	0	0	37	0.95
49500--49570	20	3.7	20	75	5	56	11	11	2	74	1.17
50535--50583	14	3.7	14	73	13	50	77	0	20	2	0.87
50751--50797	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
54004--54029	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
56248--56292	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
58095--58125	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
60131--60210	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
60196--60234	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
62775--62800	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
64740--64834	19	5.7	18	72	27	93	34	11	17	35	1.86
64740--64847	32	3.4	32	96	0	189	34	12	17	35	1.88
64759--64848	13	6.0	13	70	26	54	35	13	16	34	1.88
64886--64951	20	3.7	20	73	26	83	27	15	15	42	1.86
64905--64933	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
64886--64951	33	2.0	33	100	0	132	27	15	15	42	1.86
78520--78611	1	92.0	1	71	0	67	85	11	2	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78521--78610	10	8.9	10	79	9	87	85	12	2	0	0.69
78526--78611	14	5.7	15	74	23	74	84	12	2	0	0.71
78522--78609	26	3.3	26	80	19	110	85	12	2	0	0.70
78521--78591	36	1.9	38	94	5	128	85	11	2	0	0.69
78519--78611	47	2.0	46	85	6	125	84	12	2	0	0.70
78521--78607	36	2.4	36	87	9	117	85	12	2	0	0.70
78520--78608	33	2.6	35	77	13	105	85	12	2	0	0.69
80007--80096	28	3.2	27	78	7	90	30	26	16	26	1.97
80124--80454	49	6.7	49	79	6	344	22	26	18	32	1.97
80128--80417	101	2.9	98	81	4	303	22	26	18	32	1.97
80116--80454	150	2.3	148	87	2	482	22	26	18	33	1.97
80124--80454	101	3.3	100	80	7	275	22	26	18	32	1.97
81206--81268	32	2.0	32	93	0	108	36	12	17	33	1.88
81301--81364	33	1.9	33	84	6	85	31	17	12	39	1.87
86806--86900	30	3.5	30	69	26	102	43	10	17	28	1.83
86787--86930	50	2.9	50	93	2	236	42	11	17	28	1.84
86729--86863	70	1.9	71	89	1	209	40	14	16	28	1.87
87962--89467	28	52.6	29	80	6	1471	25	17	29	27	1.97
87962--89464	86	17.5	86	80	6	1514	25	17	29	28	1.97
89474--89547	26	2.8	26	74	20	82	35	17	14	32	1.91
89474--89547	13	5.6	13	74	15	55	35	17	14	32	1.91
102954--102993	19	2.1	19	95	0	71	37	15	27	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104598--104672	20	3.8	19	78	7	87	40	13	13	33	1.83
105599--106505	28	31.6	29	78	7	703	25	18	28	27	1.98
105601--106502	86	10.5	86	76	7	602	25	18	28	27	1.98
105599--106505	287	3.2	282	81	6	923	25	18	28	27	1.98
105618--106502	145	6.2	145	77	10	594	25	18	28	27	1.98
119569--119608	20	2.0	20	90	9	64	2	12	5	80	0.98
120018--120079	32	2.0	33	87	9	94	24	19	29	27	1.98
120020--120909	28	30.9	28	77	6	325	24	17	30	27	1.97
120039--120883	230	3.7	227	80	6	871	24	17	30	27	1.97
120039--120943	144	6.3	144	81	4	877	24	17	30	27	1.97
122190--122233	18	2.4	18	88	0	61	6	0	9	84	0.79
127148--128478	666	2.0	665	93	0	2250	24	22	18	33	1.97
130581--130830	79	3.2	78	87	3	297	32	14	26	27	1.95
130762--130881	51	2.4	51	88	2	170	33	14	25	27	1.94
130683--131087	130	3.1	130	92	1	663	34	12	24	27	1.92
130815--130960	79	1.8	79	86	2	213	32	14	25	27	1.94
130894--131011	51	2.3	51	86	5	159	34	11	25	27	1.91
130576--131186	209	3.0	200	76	11	588	34	13	25	27	1.93
130943--131195	79	3.2	77	85	4	330	34	13	24	27	1.93
131206--131443	51	4.6	51	84	1	298	32	11	25	30	1.92
131206--131443	102	2.3	103	88	2	336	32	11	25	30	1.92
139289--139332	21	2.0	21	82	4	52	63	11	13	11	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143575--143649	20	3.8	20	78	3	71	41	13	12	33	1.81
146669--146729	23	2.6	22	87	10	77	32	0	0	67	0.91
147104--147147	17	2.5	17	82	10	54	25	2	2	70	1.10
148108--148158	25	2.0	26	85	7	70	64	1	0	33	1.05
149221--149252	16	1.9	17	93	6	57	43	0	3	53	1.16
150788--151506	361	2.0	361	100	0	1438	26	18	23	31	1.98
151837--151863	5	5.4	5	100	0	54	62	37	0	0	0.95
153574--153612	18	2.2	17	90	4	60	51	15	0	33	1.44
153914--153963	6	8.2	6	88	2	73	16	2	16	66	1.35
156397--156433	19	1.9	19	94	0	65	51	18	13	16	1.76

Tables:   1   2