genome.fa.s387.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold387
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  397658

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301--2330	15	2.0	15	100	0	60	20	6	20	53	1.67
8494--8571	41	1.9	40	81	2	93	39	11	11	37	1.78
8594--8667	21	3.6	20	78	7	60	29	17	13	39	1.88
9302--9475	61	2.9	60	78	7	199	36	12	25	25	1.91
9428--9576	52	2.9	52	82	5	169	41	14	19	24	1.89
9636--10186	95	5.7	95	78	7	506	20	16	31	31	1.95
9636--10173	33	16.8	32	77	9	402	19	16	31	31	1.94
9636--10195	64	8.7	63	77	9	474	20	16	32	31	1.94
10181--10481	153	2.0	150	81	4	345	38	11	25	23	1.89
10379--10449	28	2.5	28	86	4	99	33	9	29	26	1.89
10416--11627	32	38.8	33	71	15	420	38	11	27	22	1.89
10299--10482	89	2.1	88	79	6	201	38	10	27	23	1.88
10425--10578	66	2.3	67	84	3	213	40	10	27	20	1.85
10583--10758	29	5.9	30	72	13	114	32	14	27	25	1.94
10585--10789	91	2.2	92	85	1	286	34	14	26	24	1.94
10934--11598	60	10.8	60	73	14	267	37	11	27	23	1.89
11073--11131	26	2.2	27	84	3	75	37	13	30	18	1.90
10934--11598	59	10.8	61	72	15	287	37	11	27	23	1.89
12344--12384	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
12424--12494	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
12603--12633	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
12621--12675	21	2.5	22	91	5	94	25	25	10	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12752--12777	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
13256--13322	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
13824--15214	694	2.0	694	98	0	2674	26	19	21	31	1.98
24529--24589	10	6.2	10	75	11	63	86	11	1	0	0.63
24526--24598	23	3.3	21	79	9	83	84	13	1	0	0.68
24531--24599	19	3.5	19	78	11	77	84	13	2	0	0.74
24526--24586	27	2.3	26	83	10	79	86	11	1	0	0.63
24526--24598	15	4.4	17	78	16	82	84	13	1	0	0.68
24528--24598	12	5.3	14	75	14	62	85	12	1	0	0.65
24528--24586	1	59.0	1	75	0	55	88	10	1	0	0.60
26017--26246	34	7.0	34	85	6	312	19	33	11	35	1.87
26086--26300	27	7.2	27	73	18	126	20	33	12	33	1.89
26085--26334	61	4.1	61	76	14	255	20	33	12	33	1.90
26051--26334	95	3.1	94	88	4	409	20	33	11	34	1.89
26308--26402	28	3.3	28	89	2	136	34	31	16	16	1.92
26424--26887	49	9.7	49	76	9	329	25	25	17	31	1.97
26529--26690	87	1.9	82	83	6	207	27	24	18	29	1.98
26615--26887	52	5.5	49	78	6	255	24	26	17	31	1.97
26615--26887	101	2.7	101	83	2	329	24	26	17	31	1.97
27604--27704	20	4.8	20	80	14	114	30	11	20	36	1.89
27643--27684	13	3.2	13	100	0	84	35	14	16	33	1.89
27623--27714	46	2.0	46	97	0	175	31	14	19	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41587--41627	19	2.3	17	91	8	64	85	14	0	0	0.60
43047--43415	34	11.5	34	85	8	465	18	34	12	33	1.89
43183--43415	61	3.8	61	76	15	255	19	35	12	32	1.90
43044--43427	95	4.0	95	87	6	521	19	34	13	33	1.90
47281--47306	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47358--47406	19	2.6	19	93	0	80	36	16	12	34	1.86
47466--47523	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
47749--47816	28	2.4	28	100	0	136	36	29	16	17	1.92
47835--48340	49	10.5	49	76	10	395	24	25	17	32	1.97
47938--48059	43	3.0	40	84	8	167	26	24	20	28	1.99
48033--48303	52	5.5	49	78	6	242	25	24	18	31	1.97
48020--48303	101	2.8	101	82	4	310	25	24	17	31	1.97
49080--49147	20	3.8	19	74	25	76	35	16	11	36	1.85
49102--49127	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
49082--49147	33	2.0	33	96	0	123	33	16	12	37	1.86
60939--60992	20	2.7	20	88	2	72	31	12	11	44	1.78
61819--62216	52	7.7	52	75	7	290	36	15	22	25	1.93
62263--62843	52	10.8	52	76	9	452	37	15	22	24	1.93
62429--62739	165	1.9	165	87	1	462	37	15	22	24	1.93
62956--63611	32	20.0	33	76	10	454	22	16	31	29	1.96
63095--63185	44	2.1	44	95	0	164	19	21	29	28	1.98
63142--63612	158	3.0	157	79	9	411	22	16	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63139--63608	63	7.4	63	81	4	394	21	17	30	30	1.96
63655--63747	33	2.8	33	85	6	118	40	11	25	21	1.87
65161--65198	7	5.6	7	84	3	51	2	2	7	86	0.74
65159--65212	25	2.2	25	83	6	65	3	3	11	81	0.95
69679--69790	35	3.2	34	78	14	120	55	19	17	7	1.65
70097--70136	19	2.0	20	85	9	55	77	5	15	2	1.04
70087--70144	8	6.5	8	75	21	53	79	3	15	1	0.95
70087--70144	18	3.2	17	80	7	62	79	3	15	1	0.95
76810--76876	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
77355--77380	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
77457--77514	21	2.7	22	89	5	100	39	10	24	25	1.87
77499--77529	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
77553--77689	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
77659--77729	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
77769--77809	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
81669--81726	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
81683--81745	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
81670--81745	32	2.4	32	97	0	143	34	18	14	32	1.91
83331--83383	20	2.6	20	87	3	70	32	18	13	35	1.90
83331--83404	21	3.6	21	85	7	80	29	18	14	36	1.91
83351--83404	20	2.7	20	88	8	74	29	18	14	37	1.91
97507--97645	52	2.7	52	85	3	165	32	16	9	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100532--100853	164	2.0	163	79	7	350	30	9	7	52	1.62
102597--102982	147	2.6	148	81	3	452	25	18	18	36	1.94
104148--104174	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
112309--112392	22	4.0	22	71	20	72	34	3	26	35	1.74
112313--112388	21	3.8	21	69	20	63	32	3	25	38	1.74
112939--112977	13	3.1	13	77	7	53	33	12	15	38	1.85
113028--113076	13	4.2	13	75	24	63	32	12	18	36	1.88
113007--113076	33	2.1	34	89	7	108	32	12	20	34	1.90
117576--117736	5	32.6	5	71	12	100	41	1	0	57	1.07
117607--117674	16	4.2	16	75	14	68	44	0	0	55	0.99
117608--117691	32	2.4	34	78	15	91	46	0	0	53	1.00
117616--117680	32	2.0	32	87	3	94	47	0	0	52	1.00
117607--117760	15	9.4	18	75	18	85	42	1	0	56	1.07
117633--117683	16	3.2	16	72	10	50	50	0	0	49	1.00
118040--118094	14	4.0	14	77	13	60	45	0	1	52	1.11
118054--118114	28	2.1	28	82	8	70	50	0	1	47	1.10
118069--118184	41	2.8	42	85	7	141	46	0	2	50	1.21
118237--118328	22	4.0	23	69	19	66	52	1	0	46	1.07
118255--118302	24	2.1	22	84	7	60	58	0	0	41	0.98
118731--118779	11	4.5	11	77	12	57	38	0	0	61	0.96
119010--119045	11	3.3	11	84	0	54	38	0	0	61	0.96
119010--119077	22	3.1	21	81	12	66	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119129--119179	19	2.6	19	80	19	61	64	1	0	33	1.05
119149--119407	121	2.1	122	85	6	346	45	3	2	48	1.32
119174--119514	122	2.8	122	84	10	410	41	3	2	52	1.31
120152--120342	91	2.1	92	90	6	309	41	8	16	34	1.78
120282--120400	57	2.1	58	93	1	204	39	10	17	31	1.85
120191--120488	149	2.0	148	92	1	490	40	9	17	32	1.81
120339--120689	92	3.9	92	84	5	421	41	7	15	34	1.76
120339--120691	179	2.0	180	86	3	498	41	7	16	34	1.76
120625--120957	70	4.8	70	85	7	394	42	8	15	33	1.77
122745--122770	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2