genome.fa.s394.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold394
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  241827

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 212 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122136--122289	70	2.2	69	94	1	263	21	29	5	43	1.74
122231--122335	49	2.2	48	98	1	201	21	30	6	40	1.79
122136--122289	35	4.4	35	85	7	215	21	29	5	43	1.74
122266--122295	14	2.1	14	100	0	60	23	40	6	30	1.80
122336--122672	172	2.0	171	92	1	568	34	18	12	34	1.88
123135--123238	42	2.5	41	80	10	113	45	11	26	16	1.81
123365--123561	60	3.3	60	90	0	286	27	20	25	25	1.99
123542--123639	39	2.5	39	94	0	169	28	21	31	18	1.97
123425--123794	194	1.9	195	87	6	543	25	20	30	24	1.98
123856--123944	28	3.2	28	63	12	74	28	20	25	25	1.99
123830--123916	27	3.2	27	65	9	68	26	20	27	25	1.99
123777--124721	55	16.4	56	84	10	1167	26	19	26	27	1.99
123581--123916	155	2.2	156	90	5	540	25	19	29	24	1.99
123778--124721	176	5.4	170	86	9	1227	26	19	26	27	1.99
124004--124092	27	3.3	27	63	20	67	28	21	25	24	1.99
123778--124721	116	8.2	116	91	3	1332	26	19	26	27	1.99
130856--131558	79	8.9	79	95	0	1174	31	14	26	27	1.95
130857--131558	315	2.2	316	94	0	1235	31	14	26	27	1.95
131488--131612	53	2.4	51	81	13	148	31	13	26	28	1.94
132909--132974	21	3.5	21	69	26	74	21	27	6	45	1.75
132835--132988	70	2.2	69	94	1	263	21	29	5	43	1.74
132930--133034	49	2.2	48	98	1	201	21	30	6	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132835--132988	35	4.4	35	85	7	215	21	29	5	43	1.74
132965--132994	14	2.1	14	100	0	60	23	40	6	30	1.80
133035--133370	172	2.0	170	92	2	566	35	18	12	34	1.88
133478--136188	476	5.7	476	83	3	3137	37	13	18	30	1.89
142840--142947	54	2.0	54	87	0	153	33	8	21	37	1.83
142373--143846	530	2.8	526	83	4	1779	36	13	18	31	1.90
143370--143477	54	2.0	54	92	0	180	32	10	22	35	1.87
144370--144477	54	2.0	54	96	0	198	31	9	25	34	1.87
144626--145851	158	7.8	158	68	11	641	37	13	18	30	1.90
144424--147317	474	6.0	474	79	9	2894	36	13	19	31	1.90
146082--147640	158	9.9	157	68	13	715	35	13	19	31	1.90
145928--147325	476	2.9	470	85	4	1792	36	13	19	31	1.90
147043--147623	313	1.9	312	87	3	873	33	13	20	32	1.92
150178--150639	79	5.9	79	87	1	613	29	25	12	32	1.93
150169--150639	157	3.0	156	88	2	665	29	25	12	33	1.92
150178--150639	236	2.0	237	87	3	671	29	25	12	32	1.93
150592--150691	51	2.0	51	89	0	155	33	26	6	35	1.81
150496--150770	130	2.1	131	89	1	410	31	26	10	32	1.89
150418--150847	209	2.1	209	85	3	582	30	24	11	33	1.91
150626--150895	79	3.4	80	84	5	327	29	23	12	34	1.92
150339--150895	288	1.9	287	87	1	810	30	24	11	33	1.91
150626--150973	79	4.4	78	81	4	320	27	23	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150643--150951	158	1.9	159	82	4	383	27	22	13	35	1.92
150198--151032	445	1.9	443	82	3	1050	28	24	12	34	1.92
163403--163556	78	2.0	78	89	2	238	27	25	12	33	1.93
163491--163606	51	2.3	52	85	7	157	31	27	11	30	1.91
163542--164103	79	7.1	79	82	1	635	27	25	13	33	1.93
163413--163686	130	2.1	129	88	0	404	28	26	12	32	1.92
163545--164103	236	2.4	236	82	2	694	27	25	12	34	1.92
165169--165848	159	4.3	155	68	18	406	37	15	17	30	1.90
166019--166123	54	1.9	54	98	0	201	30	9	26	33	1.88
165545--166599	530	2.0	525	84	3	1370	36	13	19	30	1.90
166084--167075	476	2.1	476	85	3	1352	37	12	18	31	1.89
167484--169069	464	3.4	467	80	6	1645	36	13	17	31	1.90
169283--169390	54	2.0	54	85	0	144	34	10	22	33	1.88
176661--176786	20	5.8	20	67	18	81	42	9	15	33	1.79
178199--182058	476	8.1	474	82	3	4309	36	13	18	30	1.90
182077--183212	475	2.4	475	81	6	1239	37	13	17	31	1.89
182553--183890	678	2.0	677	82	6	1627	37	13	17	31	1.89
183231--184365	475	2.4	474	82	6	1298	37	13	17	31	1.89
184188--184569	203	1.9	203	80	6	452	37	14	17	30	1.90
184860--186124	679	1.9	677	82	4	1629	36	14	17	31	1.89
188718--190016	474	2.7	473	83	3	1575	35	14	18	31	1.91
190028--194978	944	5.3	938	81	5	5475	35	14	19	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190805--194978	472	8.8	473	83	4	4806	35	14	19	30	1.92
194690--195191	159	3.2	158	70	11	443	33	15	20	30	1.93
194686--195291	314	1.9	314	88	2	921	33	14	21	31	1.93
194982--199009	476	8.6	473	78	6	3621	35	14	19	30	1.91
199387--199412	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
199467--199505	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
201629--201673	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
203477--203507	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
205525--205604	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
205590--205628	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
205750--205796	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
205752--205794	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
208171--208196	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
208948--224952	475	33.8	473	82	3	17612	35	14	19	30	1.92
211526--216487	159	31.4	157	63	15	431	35	14	19	30	1.92
221100--224952	476	8.1	476	85	2	4886	35	13	19	31	1.91
221100--224952	953	4.0	952	88	2	5288	35	13	19	31	1.91
225335--225360	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
225317--225380	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
225383--225417	10	3.5	10	96	0	61	25	20	31	22	1.98
225424--225467	20	2.1	21	87	8	63	43	20	9	27	1.82
232370--232414	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234217--234247	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
236458--236503	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
238876--238901	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
241380--241415	13	2.8	13	95	0	63	33	19	13	33	1.91

Tables:   1   2

The End!